留日學生的學生生活因各學校的嚴格程度以及所修科目的內容而異。景梅九在他的自傳記述學校程度高，一不努力便追趕不上；周作人卻說學科程度低，幾乎一年完全不上學也可以拿第二。醫學校的學生楊步偉說她在日本留學5年7個月，一直都忙於學習和實驗，所以除了到鐮倉1星期以及箱根3天之外，什麼地方也未曾涉足。軍校留學生的蔣介石表示他在日本所接受規律嚴格的士兵生活的訓練，是他一生事業的基礎。汪精衛也認為在日本求學雖然不懂日文，通過翻譯也仍是可以吸取新知識。而在法政大學速成科攻讀的胡漢民作了一個有趣而中肯的總結，他說主修理科的學生，一味埋頭苦讀，對身邊事物毫不關心，主修文科的學生卻整天交際議論，少有用功讀書的現象。
考察留日學生學校生活的另一個角度是關於日本學生以及中國人學生之間的差別待遇問題。陸軍留學生上課時，每逢有觸及日本軍隊機密時他們都被請出課堂，海軍留學生則在接受6個月水雷教育之後，被拒絕參加最重要的課程部分——上軍艦。景梅九及其四川同誌分別想學火藥專科與造兵專科，卻發現日本當局根本上不對留學生開放這兩科目。對日本而言可說是為了保持國家機密，但在留學生心中造成芥蒂也是可想而知的。楊步偉自傳報告在解剖學實習時，中國學生另編一組，分派給他們的死屍有多次是患結核病的死者，這在日本法律上本是不容許的；此外做化學實驗和製作標本時常常發生不夠材料的事情。據說每次舉行留學生大會時都有關於被歧視或是不平等待遇的報告。
魯迅在仙台醫學專門學校觀看日俄戰爭新聞影片時，看到中國人被日本兵處死的情景而大受刺激，終於決定棄醫學文這段插話是非常有名的。
另外值得注意的是中國留學生和日本學生的交流似乎不多。黃尊三在他8年所寫的留學日記中，一共隻有5名日本人登場。楊步偉說和日本人來往是可氣可恨的，同班同學的人情非常薄，也不願借筆記給留學生。魯迅在考試時取得60分僅僅合格也被同學懷疑老師偏心。留學生在學校生活所遭遇的日本同學很多是對好留學生妒嫉，對壞的看不起。
留日學生普遍是在日本修讀中學程度的普通學。他們中間有絕大部分是進入短期的速成班，這些課程雖然是由日本人教授，但學生是通過中文翻譯聽講，班上當然就隻有中國學生，嚴格來說不算是過真正的日本學校生活。而且一般為準備留學生進大學的預科學校，也是隻有中國同學，因此在這階段留學生和日本學生接觸的機會仍少。到了真正進入一般大專學校，和普通學生一同聽課時，留學生和日本學生交往的情形仍限於上文所述的程度，留日學生回國後，一般反日派比親日派多，而且反日親日各走極端，反日者恨極日本，親日者則做“漢奸”，這可能是一個原因。
留日學生的社會生活
留日學生和日本社會的接觸與他們的學校的所在地有關係。在地方都市因為留學生人數少，魯迅的經驗表示他因此在仙台受到歡迎。蔣介石等軍事留學生首次隨隊駐留高田市時，高田新聞特別致歡迎詞，以後對他們的起居飲食也時有報道。
但留學生大多數聚集於東京，而以神田為中心，牛込、本鄉、麹町、赤阪、四穀、小石川等地次之。他們的住所可以分為學校宿舍，在日本人家租房間，或是自己租公寓。
黃尊三首先住在宏文學院的宿舍，翌年自己在外租房間，以後不斷遷居，8年間搬家20次。魯迅、周作人兄弟多次進出於和日本學生同居的公寓。景梅九則和其他中國學生同租一所房子；楊步偉情形相同，她和朋友共同使用日本的下女。住公寓之外，也有在日本人家裏寄宿的，曹汝霖就曾在中江兆民家寄宿，不過章宗祥的《日本遊學指南》指出，一般上流中流日本家庭不輕易接受外國人寄宿，而下層社會人家，卻又不是留學生理想的居處。
結果留學生的社會生活的範圍非常狹窄，大部分時間是和其他中國人，特別是同省同鄉的人相聚一起。宏文學院上課也是按省別分班，這也可見地緣關係是多麼受到重視，黃尊三指出，中國留學生獨自形成一圈子，每天隻和相熟朋友交往，浪費時光，過的是玩樂器、猜拳、唱歌，開下女玩笑的頹廢生活。有人甚至說留學生和日本人的接觸隻局限於下男下女之輩。
為什麼留學生難以打進日本人的生活圈子裏？語言問題是其一個因素。此外，如果考慮到當時中國麵臨的國際環境，又可以明白到作為屢次被西洋及日本列強打敗的中國人民一分子的留學生的微妙、屈辱的“國恥心理”。但事實上留學生受到侮辱的事例有不少，景梅九在長崎上陸時被日本小孩子嘲笑他是中國人，使他覺得十分羞恥，跟著到了下關，發覺那是李鴻章在甲午戰爭後和日人講和談判之地，又覺到恥辱難當。就是連一直對日本保持相當好感的曹汝霖，也言及日本人崇尚西洋，留學生出外常被日本小孩恥笑。黃尊三則對他搬入宿舍時被警察檢查行李一事表示憤激之至。
1905年有8000名留學生參加的反對日本文部省《清國留學生取締規則》的運動裏麵，也可以發現到這種國恥心理的存在，因為留學生列舉的反對理由中，有一個是不能忍受日本政府以對待朝鮮學生的方法來對待中國學生，他們認為朝鮮半島事實上已被日本支配，中國的地位不應視與朝鮮相同。
留學生在學校生活或社會生活的處境，經常覺得被歧視，被侮辱的心理狀態，結果造成留學生很強的“我是中國人”的意識，一種超越省的界限，甚至滿漢分歧的國家主義意識，愛國家愛民族的心情。黃尊三的日記記述他來日之初，一位學長提醒他要注意日常生活，免得被日人恥笑，有傷中國體麵。留學生一般抱著自己是代表整個中國人民的使命感，這樣的使命感也是愛國主義的一種表現。