但是國有企業改革一波三折，許多理論問題有待突破。在1980年代後期，理論界開始了關於股份製的激烈爭論。爭論的焦點主要集中在股份製是不是國有企業改革的目標這個大方向問題上。在這場爭論中，有的專家積極主張以股份製作為國有企業改革目標和方向。提出股份製本身沒什麼社會性質，其性質取決於投資者的性質，二者的關係如同形式與內容的關係一樣。股份製是一種符合商品經濟發展的企業組織形式，並不是資本主義製度所特有的，社會主義實行股份製並不意味著改變企業的公有製性質，而是以新型的公有製代替傳統的公有製。1986年9月，北大教授厲以寧在《人民日報》上發表了《我國所有製改革的設想》一文，從理論上詳細地討論了我國改革以後的所有製體係以及股份公司的構造。在厲以寧之後的一係列著作中，他仍然不斷地為國有企業股份製改造大聲疾呼。這一年，美國紐約時報刊登了一篇介紹中國的文章，文章中把厲以寧稱為“股份先生”，消息傳到國內，“厲股份”的綽號不脛而走。
1986年，厲以寧隨當時的中共中央辦公廳主任胡啟立到四川去考察，提議在四川搞股份製的試點，因為那裏國有企業多，當時的四川省委書記楊汝岱也很支持。12月5日，國務院作出《關於深化企業改革增強企業活力的若幹規定》，提出各地可以選擇少數有條件的全民所有製大中型企業進行股份製試點。
1986年前後，除了四川，深圳政府也在國營公司係統大力推行股份製試點，當時國營企業的日子還比較好過，很多人認為搞股份製設置董事會，又增加了一個婆婆，所以沒有企業響應。隻有萬科的總經理王石自告奮勇，他意識到，“萬科正處在十字路口，股份製改造是一個讓萬科能獨立自主經營的機會”。因為自從1984年組建後，萬科與其母公司——深圳特區發展總公司就摩擦不斷。1985年，母公司要從萬科賬上調走800萬美元，王石抵死不從，自此雙方在萬科的控製權上就明爭暗鬥。對於萬科提出的股份製改造，深發特也斷然拒絕，時任董事長對王石說：“你就是孫悟空也跳不出我如來佛的手心。”王石對人感慨地說：“萬科不是孫悟空，卻感到一隻無形的手掌攤在下麵，隨時可能收攏。”可見當時即使是國有企業本身，對於股份製試點都並不十分接受。
在承包製大行其道的1980年代，大中型企業有80％實行了承包製。但是許多事實讓人們看到。承包製作為一種製度安排，具有本質性的缺陷，它在把部分剩餘控製權和剩餘索取權交給承包者以後，企業產權的界定不是清晰了，而是更模糊了，發包者與承包者之間的利益衝突加劇，雙方侵權的行為更容易發生。承包製沒有也不可能使企業獲得充分的自主經營權，也不可能實現政企分開和企業間的平等競爭。它不但沒有改革現行體製，反而在一定程度上固化了現行體製，加大了改革的難度。
所以在1987年後，專家們指出承包製隻是傳統企業體製的一種改良，不可能成為現有國有大中型企業的目標模式，企業承包製應向股份製轉變。認為與承包製相比，股份製有很多優越性，比如：能夠轉換企業經營機製，促進政企職責分開，實現企業的自主經營、自負盈虧、自我發展和自我約束，能夠開辟新的融資渠道，籌集建設資金，促進生產要素的合理流動，提高國有資產的運營效率等等。
對於如何由原來的承包製過渡到股份製企業，專家也提出了幾種途徑：本廠職工購買股票，轉為職工內部持股的企業；通過企業合並建立新的股份企業；企業相互參股或交換股票，形成緊密型的企業集團；與外資合營，建立股份製的中外合資企業；發行B股，將企業改為中外合資企業；利用銀行貸款把企業改造成股份製企業；若幹家企業聯合投資，創辦一家投資公司，後者向原企業參股，把它們分期分批改造為股份企業，等等。
1990年，關於怎樣深化企業改革，存在“承包為本論”與“承包過渡論”兩種意見。1992年無論是對中國經濟改革還是國企改革進程，都是具有標誌性的年份。這一年，鄧小平南方談話中提出對市場經濟的卓越見解，並體現到了黨的十四大報告中，即我國經濟改革的目標是建立社會主義市場經濟體製。
鄧小平在南方談話中，針對股份製問題的爭論指出：“允許看，但要堅決地試。”之後，中央主要領導曾專門找不同學科的學者來談股份製，學者們一致認為股份製不僅是必要的，而且是可行的。當時的中央領導也表示讚同。
鄧小平南方談話和黨的“十四大”報告極大地刺激了我國股份製改革的步伐。直到此時，政府和社會各界才認識到，要想搞活國有企業，必須從產權製度入手，從所有製入手，隻有讓企業認識到，如果虧損了，國家不會拿納稅人的錢替他們還債。而股份製是其中最有效的、最能被社會各界接受、實踐中也最可行的一種製度。此刻，股份製改革開始從理論探討真正進入大規模實施階段。