而通過對抓捕的少量被俘土匪的審問，穿越者才知道綠林大會的事情，原來山東的土匪們己經聯合起來，準備要向華東政府展開全麵的反擊了。應該說土匪們釆取的手段確實不錯，化整為實、避守擊虛、速戰速決，這些戰術通常都是弱勢的一方對抗強勢一方的手段，有幾分遊擊戰的意思，也是最令正規軍隊頭痛的戰術。而且土匪竟然懂得使用宣傳戰術，把責任都甩給華東政府，這顯然是受了高人的指點。
華東政府當然不可向土匪妥協，再回到過去清廷統治山東，任由土匪橫行的局麵，因此隻能迎接這一次挑戰，和山東的綠林土匪們進行一場決戰。而且經過了一年多的在山東的全麵統治，土地改革己經完成了八成以上，華東政府己經初步的建了自己的行政體係結構，也有足夠的實力來清剿山東地區的綠林土匪勢力。
不過由於抓到的土匪對綠林大會的詳情細節所知並不多，因此華東政府並不知道其中還有王克複參與，而且現在的當務之急是對付土匪的這種騷擾戰術，也沒空去追查。
而經過軍委的研究分柝，並谘詢濟南駐軍應對土匪的經驗之後，製定出了六項實施措施：
一是和土匪勢力接近時各村莊都要抓緊時間，修建圍牆等防禦設施，因為土匪的攻堅能力不強，因此修建了村牆以後，可以大大提升對土匪的抵禦力；
二是盡快完善各村莊的民兵組織建設、訓練，各地政府都要盡力給民兵提供相應的武器，當然主要是冷兵器、槍支還是要謹慎發放，並且建立地方村莊的防禦體係，使各村莊有足夠的能力來抵禦土匪的突襲，等待救援；
三是做好人民軍的分布駐守工作，加強對各村莊的保衛，做到迅速反擊，迅速行動，抓住時機，堅決打擊，但首先要保護好在基層工作的穿越者和政府工作人員；
四是徹底截斷土匪和老百姓之間的聯係，嚴厲打擊任何未經政府允許和土匪的交流來往，更是絕對禁止和土匪進行交易，凡事有違者將以通匪治罪，並且加強群防群治工作，鼓勵發動基層群眾，監督、防備土匪的行蹤，並極時向政府機關報告，而且對提供情報的群眾給予獎勵；
五是通過種種有效手段，查詢土匪的山寨、據點俱體位置，然後以絕對優勢的兵力直接搗毀山寨、據點，讓土匪失去生存的基礎、經濟物資來源。
六是加強宣傳工作，著力的宣傳華東政府在山東主政以來所做的惠民政策，包括土地改革、打擊地主、廢除苛捐雜稅等等，以及老百姓從中所獲得的好處利益，揭穿土匪的挑撥離間，同時還要強調老百姓相信政府、相信人民軍可以消滅土匪，重新還地方以安寧，並且絕對支持政府打擊土匪的行動。
這六項措施上呈到行政院之後，也得到了行政院的認同，並且由行政院、軍委聯合向各地方政府、駐軍正式下令，要求各地執行，同時全麵開展打擊土匪的專項運動戰爭，還正式將這運動定名為“清除土匪計劃”，提出目標，在半年到一年的時間內，力爭清除掉山東地區的主要土匪勢力，使山東不在存在超過50人以上的大中土匪勢力，並確保山東的大部份地區不再受到土匪的威脅。
命令下達以後，各地的地方政府和地方駐軍也立刻行動起來，一方麵是人民軍加強了警戒；一方麵各村莊也都加強了自身的防禦，使整個局麵頓時得到了明顯的改觀，同時通過對俘虜的審問，找到了一些土匪的剿穴山寨，主動出擊，也有力的打擊了土匪的氣焰。
而後來的局勢發展也證明，“清除土匪計劃”確實是恰逢其時，正是這一次長達9個月的行動，基本清剿了山東省境內的綠林土匪勢力，不僅確保了山東地區的安定局麵，也使華東政府在以後的行動中沒有了後顧之憂，能夠集中全部的精力來應對國內外的局勢。
時間很快就進行12月，在這個1902年的最後一個月裏，華東政府的工作也相當繁忙，除了各部門以及行政院例行的季度、年度總結，製定來年、下一季度的計劃之後，還多了“清除土匪計劃”，另外還有兩件大事，一是赴徳國接收軍艦的代表團要出發了；二是上海新區的第一批建設工程結束，上海新區政府也將正式入住，同時成立以電影業為龍頭的綜合商業中從正式開業，向華東政府申請人手幫忙，因此華東政府的工作人員都忙得不可開交。
首先是在12月1日，鐵甲艦分艦隊的鎮威號、鎮揚號兩艦正式轉為預備役訓練艦。這本來就是早就確定好的計劃，鐵甲艦分艦隊的四艘軍艦都將轉為預備役，這兩艘軍艦是第一批。