楊漣這份奏疏，是東林黨人投向宦官的一顆炸彈，也是刺向方從哲的一把尖刀。因為方是內閣首輔，朝廷第一大臣，是他不究治崔文升，楊漣才要求把崔文升送法司治罪。
朱常洛得到楊漣的上書，感到了問題的嚴重性，立即下令第二天在乾清宮召大臣，並讓朱由校也參加召見。
八月二十六日，朱常洛病情沉重，還伴有痰喘諸症。這一天，他強打著精神，再次於乾清宮召見大學士方從哲、劉一燝、韓爌、英國公張維賢、吏部尚周嘉謨、戶部尚書李當華、禮部尚書孫如遊、兵部尚書黃嘉善、刑部尚書黃克纘、左都禦史張問達、給事中範濟世、楊漣，禦史顧造等人。
朱常洛在東暖閣內禦床上，半倚著身子，靠著小幾。皇長子朱由校、皇五子朱由儉當時也都侍立於前。
大臣們問安後，朱常洛見大家稍微向前移近一些。接著說：“朕見到你們很高興。朕在東宮感寒症，調溫未愈，值皇考妣相斷大喪，典禮殷繁，悲傷勞累。朕不進藥已兩月餘。卿等大臣勿聽小臣言。”所謂“小臣言”，是指外麵流傳的朱常洛病起於女寵。說完，他怕自己的聲音太小，各位大臣沒有聽明白，又叫朱由校重複一遍。
這朱由校雖然一天到晚隻知玩樂，不問政事，但為人倒還聰明。他明白父親讓他重複一遍的用意，不僅是怕大臣們沒有聽明白，更重要的是希望他能記住父親所說的話。於是他一五一十地重複了一遍。又因為事關重大，他把這些話牢牢地記在了心裏。後來，他就一直堅持這麼說。
方從哲請求說：“皇太子已經16歲了，應該讓他移居慈慶宮。”
朱常洛非常不放心地說：“不能讓他到別處去。”
方從哲說：“請聖上審慎用藥。”
朱常洛說：“朕十多天都不服藥了。”
過了一會兒，朱常洛傳旨，要封李選侍為皇貴妃。西李選侍立即從後麵挽著16歲的皇長子朱由校的胳膊出來，大為不滿地將皇長子朱由校推到前麵。
李選侍見朱由校沒有吭聲，就直接對朱常洛大聲說：“我要封皇後!”朱常洛沒有答應。群臣見狀，十分驚訝，立即退出。
由此可見，朱常洛雖然在美女麵前不能自持，但他內心對鄭貴妃和西李先侍還是有清醒的認識的。鄭貴妃封後願望的落空，應該是朱常洛和禮部孫如遊的雙簧戲。三十九歲、長期在宮廷鬥爭中成長起來的朱常洛完全具備這個政治能力。他重用曾經支持自己的東林黨人，也體現了他的清醒。在崔文升進藥後，他幹脆不吃藥了，除了對醫官們醫術的不信任，也怕被暗算。不過，他最終沒有躲過李可灼這一劫，這也是有病亂投醫。
八月二十九日，朱常洛又一次在乾清宮召見內閣首輔方從哲等十三名大臣，此時他已經預感到自己病勢沉重，命在旦夕。當朱常洛伸出有些顫抖的手握住方從哲的手，說：“朕這幾日頭目眩暈，身體軟弱，不能臨朝，一切大事都煩先生操勞了。”
方從哲趕緊道：“萬歲天恩浩蕩，從哲敢不竭盡全力報效國家?”
朱常洛說：“朝中政事先生可代朕朱批，太子生性懦弱，也望先生扶持，後宮妻妾尚未來得及冊封，先生可依舊例擬定名分。”這幾句話無疑是交代後事了。
方從哲：“原定頒旨冊立太子之日期應移到近期，早日辦完此吉祥大典使皇上心中得到安慰。”
朱常洛因此回頭看太子，訓示道：“你們輔佐他成為堯舜之君。”
方從哲忙安慰說：“萬歲春秋正富，偶染小疾，原無大礙，望安心調養，千萬不要誤信流言，作踐龍體。”
朱常洛搖了搖頭突然問道：“壽宮可曾齊備?”
方從哲感到十分為難，思索了一陣才說：“萬歲放心，大行皇帝已安葬完畢，天壽山地宮於前天開始複土……”
沒等他說完，朱常洛打斷說：“朕問的是朕之壽宮。”
方從哲慌忙顫聲勸道：“太醫院禦醫已稟報，萬歲目前不過是體質虛弱而已，哪裏會有天崩地裂的事?”
朱常洛厭煩地說：“太醫院一幫庸醫，朕信不過。”
“萬歲若信不過太醫院，臣當再次傳檄天下，廣召名醫。”