公元2048年，生化危機首先在太平洋某小島國家爆發。人類在被感染後的幾個小時內，就會變成喪屍，一種隻知道瘋狂撕咬活人，毫無理智的怪物。
麵對這種突發性災難，島國自衛隊根本無力組織有效抵抗。之後短短十天時間，國際上的一些超級大國還沒來得及做出反應，島國就已經徹底淪陷。一億多人被感染，隻有少數人類在廢棄的城鎮中咬牙堅持。
事態幾乎發展到不可控程度，為了防止喪屍擴散，聯合國成立臨時應急小組，並決定采取極端措施。在徹底封鎖海陸空的前提下，幾個超級大國接連往島國投下數百顆核彈，不論是喪屍還是幸存的人類，兩個小時後連同這個可憐的小島國家一起從太平洋上抹去。
原本以為一場末日浩劫已經被扼殺在萌芽，但讓聯合國始料不及的是，隨後短短三天時間，全球各地接連爆發十幾起屍潮。這場有預謀的生化危機，終於在全球範圍內徹底爆發。
接下來的日子，人類不得不展開一場艱苦卓絕的戰鬥。但麵對喪屍恐怖的傳播速度，以及各種變異喪屍的增多，人類漸漸束手無策。隨後僅三年時間，地球人口已經不足原先的十分之一。而這僅存的十分之一種子，被屍潮圍困隻能據守在一些要塞堡壘，如同荒原上搖擺的火苗，隨時都有被撲滅的可能。
就在人類生死存亡的緊要關頭，單人作戰機甲的研發，以及超能力者的出現，成為人類清掃喪屍的兩把利劍，以及人類文明延續的希望。
在擁有了對抗喪屍的力量之後，人類開始組織反擊，有策劃的一點一點蠶食喪屍群體。先後用十年時間，終於將絕大部分喪屍毀滅，再次獲得地球的掌控權。
大局已定，最後剩下漫長的清掃工作。由於喪屍的多樣性，根本無法研發出治療的有效藥劑。所以在接下來的幾十年裏，人類必須確保消滅每一隻喪屍，徹底杜絕喪屍死灰複燃的可能。
到今天為止，全球各地檢測點，包括人跡罕至的兩極地區，已經多年沒有一例喪屍警報。在一番論證之後，國際求生聯盟終於宣布，喪屍已經被從地球上徹底清除！同時為了紀念這代表人類新生的一刻，全球改用新元紀元，
新元1年1月1日，全球各地舉行了各種盛大的慶祝活動。新元3年，國際求生聯盟開始大肆鼓勵農林牧副漁等產業，人類漸漸離開城鎮重新回到荒野。新元7年，各種耗費巨大的喪屍監測點開始逐步拆除。隨後的新元8年，限製人口流動法廢除，人類可以自由遷徙。
生化危機過去十多年之後，人類已經漸漸從喪屍的恐懼中恢複過來。一些剛出生的孩子甚至不知道什麼是喪屍，隻能從一些媒體偶爾看到喪屍的圖像，從而了解那段恐怖的黑色曆史。
新元13年7月7日，當人類已經漸漸淡忘喪屍的時候，一具已經高度腐爛的屍體被海流從淤泥中衝刷出來，緩緩上浮。
“醒來吧……我的孩子！人類必須得到應有的矯正，他們都已經失敗，但他們的努力不會白費！是時候了，是你該醒來的時候了！”
一個充滿威嚴卻很親切的聲音在耳畔不斷的回蕩，在這個聲音的呼喚下，屍體猛然抽搐睜開眼睛。
由於身體高度腐爛，視網膜早已脫落，即使不是在漆黑的海底，他也看不到任何東西。但相應的，他的嗅覺和聽覺極其明銳，觸覺也沒有完全喪失。