天啟五年六月，也就是在朱燮元的捷報和奏章抵京之後的兩天，魏忠賢繞過內閣首輔葉向高和趙南星等東林黨大臣，以司禮監和內閣的共同名義，奏請皇帝的同意，直接給朱燮元下旨，令其盡快在貴州布政使司的土司舊地實行改土歸流，穩定地方。
魏忠賢的這一番操作，不僅驚呆了同是閹黨的官員，更讓東林黨的一眾官員目瞪口呆。
按照多年來形成的慣例，皇帝的旨意隻有在經過內閣的票擬和司禮監的批紅後，才具有合法性，才會被官僚集團接受。若是皇帝的旨意繞過內閣，直接交付給某一部門執行，被稱為中旨。
大臣們對中旨是很抗拒的，一旦皇帝有中旨，大臣們都會消極對抗，若是有人去迎合皇帝的中旨，就會被官僚們孤立。
大明兩百年下來，皇帝和大臣們都對這一規則心照不宣，維係著雙方的平衡。
但現在，魏忠賢打破了這一慣例，手抓票擬和批紅的權力，在皇帝的授意下，讓中旨有了合法性。更關鍵的是，魏忠賢不是孤身一人，他還有整個閹黨做支撐，瓦解了東林黨的孤立之策。
並且，貴州的改土歸流，勢必會空缺出大量的官位，導致東林黨和其他各黨連消極對抗都不敢幹，那是在坐視閹黨的壯大。
這些還都隻是表麵上的，像趙南星這樣的官員，已經看到了魏忠賢背後的天啟皇帝。說到底魏忠賢不過是個太監，他的權力完全來自於皇帝。
貴州布政使司的改土歸流，加劇了閹黨和東林黨的鬥爭，也讓雙方的鬥爭愈加血腥。
且不提朝政因西南之事的變動，遠在貴陽府的朱燮元接到朝廷旨意後，立即昭告全省，在原土司之地實施改土歸流，被解放的奴隸“編戶齊民、按戶均田”。
原本各地就在進行著改土歸流的事，現在的到朝廷的確認後，改土歸流的速度更快了，同時因為戰爭和改土歸流空缺出來的官位也被整理出來，一並交到朱燮元手裏。
朱燮元沒有人事任命權，空缺出來的官位被他提交給朝廷，在官位明細下還有一份他要舉薦的人。
以朱燮元的身份和功勞，閹黨和東林黨都不會忽視朱燮元舉薦的人。
朱燮元舉薦的名單裏，包含兩個部分，一部分是跟隨他平叛的文官，另外一部分則是安置反抗軍的武官。
在改土歸流中，反抗軍中絕大多數人都選擇的是回家分田，少部分人選擇繼續從事行伍。對於這部分反抗軍，朱燮元把他們分為三部分，一部分安置到赤水衛，靠近重慶府，也就是譚良棟剛進貴州時駐紮的地方。
另外一部分則安排到平越衛，靠近湖廣，最後的則放到水西城，建立水西衛，用來監視安氏餘孽。
從朱燮元對反抗軍的安排，可以看出他對反抗軍很不放心，都放到明軍實力較強的地方。
在整個貴州布政使司在進行著改土歸流的同時，水西城的劉羽也決定了自己的選擇。