叛軍不斷湧上城來，孫元化脖子上的長劍被叛軍打掉，將孫元化俘獲捆綁起來，孫元化誓死不向叛軍妥協，身陷囹圄中的孫元化對孔有德等叛將曉以利害，明以大義，孔有德回心轉意，請求招安。朝廷也同意孫元化帶罪招撫，巡按王道純藏匿了詔書，叛軍長時間求招安不得，再次反叛。孫元化又說服叛軍，讓他回朝陳明真相，孔有德念舊，將孫元化宋光蘭、王徵、張燾等人放還。王道純襲擊叛軍，致使叛軍複叛，攻打萊州，亂事擴大。
京師
孔有德吳橋叛亂的消息傳到京師，京師文武百官一片言辭激烈各省官員也是紛紛上疏，廣東道禦史宋賢上疏抨擊山東巡撫餘大成登萊巡撫孫元化：“登萊撫臣孫元化侵餉縱兵，貪穢已極。其所轄士卒，數月間一逞於江東，則劓截主將；再逞於濟南，則攻陷城池，皆法之所不赦者。”
廣西道試禦史蕭奕輔指責孫元化放任孔有德，又說張燾卸罪於波濤，借詞於風汛。崇禎帝看著山東亂成一鍋粥，地方各省官員都把目光集中到山東來，大有幸災樂禍不要在自己管轄之內，一個個站著說風涼話，崇禎帝一臉陰沉看著文武百官：“山東叛軍為患，眾愛卿說說該如何調兵平定。”
兵部尚書梁廷棟高大的身軀一張蠟黃冬瓜臉一身大紅朝服剛上任不到一年，山東的叛亂兵部也不好受，兵部剛剛接道山東的公文，孔有德再次複叛，圍困萊州城：“皇上，孔有德已經圍困萊州城，萊州巡撫徐從治和登萊巡撫謝璉拚死抵抗，請求朝廷派大軍增援，臣認為應立即調集邊軍鎮壓叛軍。”
大學士周延儒與兵部主事張國臣等提議招撫，一見兵部尚書梁廷棟又要派兵南下山東，現在山東的境內的兵馬還少嗎？這些人都是怕與江東軍作戰：“兵部不是已經派京營總兵劉同柱南下山東了嗎，卻遲遲不到萊州解圍。”
“父皇叛軍作亂已有一年，再不加以派兵鎮壓，朝廷顏麵何在，關外金寇虎視眈眈，朝廷大軍盡皆調往山東，京師豈不危也，兒臣認為當速出兵鎮壓叛軍，以儆效尤。”朱太子看著朝堂之上居然為反叛的叛軍鬧得勢不兩立，總兵鄧圮、王洪已率川兵萬人自昌邑來援，距萊州僅四十裏，卻接到命令駐足不前，指望招撫成功。此時的萊州已經被困數月，在巡撫徐從治、謝璉和萊州知府殊萬年等的帶領下，守衛萊州的軍民“備芻糧，設守具，據敵數月”。在叛軍的重重包圍之中，盡管城中已到彈盡糧絕的地步，仍拒不開城投降。而明孔有德見狀，拚命攻城，巡撫徐從治親上城樓，被叛軍炮火擊中，重傷而死。徐從治的死更激發了萊州軍民守城的決心，“萊州人感其義，卒堅守不下”
周延儒見太子殿下也主張出兵鎮壓，但山東現在是個啥情況，皇上已經派了督理欽差劉宇烈主持剿滅叛軍，底下的人都是想著招撫叛軍，一個個都按兵不動：“皇上，督理欽差劉宇烈正在招撫孔有德叛軍，山東各軍都已按兵不動。”
聽完周延儒的話，朱太子對大明朝的官員完全不敢恭維，當兵的也在等著招撫叛軍，卻見一小太監慌慌張跑進奉天殿來伏地跪拜道：“皇上，高公公連夜傳來書信，督理欽差兵敗沙河，登萊巡撫謝璉被俘，萊州知府殊萬年被德誘殺。”
“猖狂，無能。”崇禎帝聞言勃然大怒，朝廷大軍一敗再敗，朝廷顏麵蕩然無存，劉宇烈這個督理欽差是怎麼當的，居然上當受騙折損兩員朝廷大官：“劉宇烈這個混賬東西，山東是一敗在敗，傳朕旨意緝拿劉宇烈下獄，兵部速調集大軍鎮壓叛軍，一定要給朕剿滅叛軍。”