離開瑪雅星球之後，杜子風和海蒂順利的穿越了雙重星門，重新回到了決戰開始之前，而晉升為超神機甲的零弑，本身具有著開啟無間星門的能力。杜子風利用這一點，集齊了所有的主力，直接在約瑟夫發動進攻之前，提前進入到了天人星域進行阻擊。
由於開啟雙重星門所耗費的巨大能量，瑪雅星球已經行風老人一族，已經徹底的消失在了宇宙之中，最後瑪雅人已經全宇宙的希望都寄托到了杜子風的身上。而這個人類少年也在瑪雅族人的幫助下，將生命還原和本源歸真都提升到了最終境界，並且以所有瑪雅人為複製源，杜子風的大腦也終於開發到了百分之百。
隻是現在的約瑟夫也通過自己的方式，將大腦強行開發到了百分之百，更讓杜子風感到意外的是，約瑟夫竟然也擁有了本源歸真的能力。
為了製止天人星域的軍隊向四大星域發動總攻，杜子風等人出現後的首要任務，便是盡所有全力，將四扇無間星門摧毀。當漢娜和山口百惠最終戰勝了曼依特，並且順利破壞了一扇無間星門的時候，杜子風和約瑟夫的戰鬥也是愈演愈烈。
在戰鬥中，杜子風漸漸的發現，約瑟夫就如同當時西斯所說的一樣，他的力量竟然是通過吞噬其他人而得來的，甚至就連福克尼，最後也是由於被他吸收完了全部的能力而死去的。並且約瑟夫終於親口承認，當時正是他自己親手殺死了漢娜的母親，並且連同漢娜母親的禁製力量也同樣吸收掉了。
而正當約瑟夫說出這些的時候，與其他人聯手摧毀了所有無間星門的漢娜，卻剛好趕到了兩個男人的戰場之中，對於自己父親口中所說的事實，漢娜實在無法接受。可是就在杜子風眼看著就要擊敗約瑟夫的時候，漢娜卻不忍心見到自己的父親死去，而在關鍵時刻救下了約瑟夫。
但是這個女人卻沒有想到，正因為自己的一時不忍，導致原本已經勝利的戰局，頓時發生了扭轉。
約瑟夫最後利用漢娜為擋箭牌，瞬間壓製住了杜子風等人，正當這個男人準備對包括自己女兒在內的所有人痛下殺手時，安德魯卻駕駛著黑羽突然出現。
最終安德魯一舉擊殺了約瑟夫，並且很快就對杜子風等人發動了攻擊，現在的安德魯已經跟杜子風一樣，不但大腦同樣開發到了百分之百，並且也同時擁有了生命還原和本源歸真的終極力量。
相比起約瑟夫，安德魯的實力更為強勁，而杜子風則是因為跟約瑟夫的戰鬥消耗巨大，所以一時也無法抵擋住安德魯的攻勢，其他人更是在這個金發少年的攻擊中節節退敗。
安德魯通過將莫利亞與自己的大腦相融合，最終突破了百份之七十的上限，而海蒂最終卻利用這一點，通過自身與莫利亞最後的感應，開啟了她們倆的自爆程序，為了保護杜子風與其他人的安全，海蒂最終選擇了與安德魯同歸於盡。
……
時間過去兩年，杜子風最終返回到了地球，過上了屬於自己的最為平靜的生活，而其餘的一幹女人們，卻是全部為了他而放棄了所有，選擇跟隨這個男人在地球上過著平凡的生活。
最後杜子風依靠自己的能力，重新造就了海蒂的身體，並且通過將數據轉換為記憶的方式，順利的替海蒂打造出了一幅真正的人類身體，從而也兌現了當時他對於海蒂的承諾。
天人星域政權最終完全瓦解，宇宙聯盟也隨之消失，四大星域完全融合在一起，連同天人星域都融合成了同一個宇宙。