了凡先生因為這件事當麵指責李如鬆，不應用詭詐的手段對付日寇，這樣有損大明朝的國威；而且李如鬆手下的士兵隨便殺害百姓，並以頭來記功。了凡向李如鬆據理力爭，李如鬆發怒；不但不接受勸誡，反而獨自帶著軍隊東走，使得了凡所率領的軍隊孤立無援。日寇因而乘機攻擊了凡的軍隊，幸賴了凡機智應對，將日寇擊退。而李如鬆的軍隊，最後終於被日寇擊敗了；他想要脫卻自己的罪狀，反而以十項罪名彈劾袁了凡；了凡很快地被提出審判，終於在“拾遺”（諫官）的仕內，被迫停職返鄉。在家裏，了凡非常懇切，認真地行善直到去世，過逝時享年七十四歲。
明熹宗天啟年間，了凡的冤案終於真相大白，朝廷追敘了凡征討日寇的功績，贈封他為“尚寶司少卿”的官銜。了凡先生從當學生時，就非常喜歡研究學問，書不論古今，事不分輕重，他都認真研究，並且非常通達。例如：星象，法律，水利，理數，兵備，政治，堪輿等。
了凡先生在寶坻縣當縣長時，非常注重人民的福利，常常想做些有利地方的事情；寶坻縣當時常有水災泛濫，了凡先生於是積極興辦水利，將三汊河疏通，築堤防以抵擋水患侵襲；並且教導百姓沿著海岸種植柳樹，每當海水泛濫，挾帶沙土衝上岸時，遇到柳樹就積擋下來，久而久之變成一道堤防。於是了凡先生又督導百姓在堤防上建造溝渠，並鼓勵百姓耕種；因此，荒廢的土地漸漸地開墾，了凡先生又免除百姓種種雜役以便民，使得百姓安居樂業。
了凡先生家裏並不富有，可是卻非常喜歡布施，家居生活儉樸，每天誦經持咒，參禪打坐，修習止觀。不管公私事務再忙，早晚定課從不間斷。在這當中，了凡先生寫下四篇短文，當時命名為“戒子文”，用來訓誡他兒子，就是後來廣行於世的“了凡四訓”這本書。
了凡先生的夫人非常賢慧，經常幫助他行善布施，並且依照功過格記下所做的功德，因為她沒有讀過書，不會寫字；因此用鵝毛管沾紅墨水，每天在曆書上做記號。有時了凡先生較忙，當天所做功德較少，她就皺眉頭，希望先生能多做些善事。
有一次，她為兒子裁製冬天的大袍子，想買棉絮做內裏。
了凡先生問：“家裏有絲綿又輕又暖和，為什麽還買棉絮呢？”了凡夫人答：“絲綿較貴，棉絮便宜，我想將家裏的絲綿拿去換棉絮，這樣可以多裁幾件棉襖，贈送給貧寒的人家過冬！”了凡先生聽了非常高興說：“你這樣虔誠的布施，不怕我們孩子沒有福報了！”他們的兒子袁儼，後來中了進士，最後以廣東省高要縣的縣長退休。