隨著傭兵的後退，GdI部隊很快就接替了他們的位置，兩台戰狼式動力裝甲頂在最前麵，以20毫米三聯裝機炮橫掃整條通道——他們不敢在地下設施中使用威力更大的武器，比如戰狼式動力裝甲上配備的導彈、小口徑磁軌炮，所以機炮就成為了眼下可以使用的威力最大的武器。
但是效果還是很不錯的，那些曾經在紐約泰晶結晶區出現過的，被凱恩命名為器官獸的變異生物，在所處區域內沒有泰晶存在的時候，並不會比動力裝甲強大，麵對使用高爆彈的機炮，它們很快就在金屬風暴中被撕成了不再動彈的惡心碎肉。
雖然這兩台頂在最前麵的動力裝甲外殼上也被噴濺上了器官獸的腐蝕液體，但密閉性更佳、裝甲厚度更高、裝甲材質更優秀的它們並沒有受到多大的損害，至少不會令它們就這樣被破壞至無法使用。
而當兩台動力裝甲掃清了埋伏在通道中的那些器官獸後，更多的區域裝甲兵順著他們開出的通道，進入到了地下二層。隻是這一次，他們比那些傭兵更加謹慎細致，為了防範再一次出現傭兵們遇上的那種情況，開路的區域裝甲兵還使用了盾牌（那種可以抵禦電漿武器，附帶有力場發生器的盾牌，重量極大，就算是以區域裝甲兵們的動力盔甲力量輸出，也隻能使用盾牌後，再多用上一支手槍，磁軌步槍是絕對無法正常使用了）。
隨著GdI部隊成功控製地下一層到二層之間的坡道通道，並在出口位置處設立了防禦陣地，他們對地下二層的搜索也即將展開。
由於在通道處遭遇到器官獸並發生交戰，並損失一名傭兵，因此對地下二層的調查搜索工作，是在等待地麵增援部隊進入抵達後，才繼續進行的。
這一次，打頭陣的，就不再是人類，dI並沒有吝惜傭兵的性命，隻是在用光那些本就不屬於GdI的戰鬥機器人之前，傭兵還能多留一會兒——真正的原因自然是因為這些披著GdI外皮的克隆人更討厭機器人一些罷了。
地下設施內在展開搜索行動，地麵上的戰鬥也沒有停歇，除了之前派來壓製傭兵的三架奧格攻擊機，此時GdI又派出了五架奧格總共八架VtoL攻擊機在工廠區域上空提供著對地火力支援。而巴寧格中校手上的地麵部隊也全部進入工廠，並以研究中心為基點向外展開防線，將那些不斷襲來的泰晶感染體一一消滅。
他們並不擔心那些感染體會不會四散亂走而進入到工廠附近的村鎮中去造成更大的傷亡，因為此時，工廠區域內所有泰晶感染體不知為何都像是突然有了某種神智一般，隻顧盯著研究中心進行衝鋒，根本不會向著外圍區域散離以造成泰晶汙染擴散。
這個行為讓GdI部隊隻需要堅守住研究中心就行，那些泰晶感染者自會衝到槍炮麵前來送死。這也是為何地麵部隊還有餘裕向地下派出增援部隊。在現代先進武器麵前，那些隻是憑著本能和肉|體來進攻GdI陣地的泰晶感染體，並不會比普通生物強大多少，就算是那種巨型蠍子的幾丁質外殼，能夠抵擋大多數單兵槍械攻擊的它們，麵對穿透力極強的磁軌炮時，也不會比紙張堅韌多少。
GdI地麵部隊防禦陣地外圍，很快就堆積起大量泰晶感染體的殘肢斷臂、破爛肉塊，就像是一堵牆似的。很快，區區數千的泰晶感染體就在無畏進攻人類槍炮陣地中被逐一消滅——它們數量其實也並不占有優勢。
地麵局勢已經得到完全控製，地下的進展卻不怎麼令人滿意。
在得到近百台哥頓式戰鬥機器人和數十名傭兵的支援後，GdI上尉又派出一台完好的戰狼式動力裝甲以及十名區域裝甲兵參與，可是看似空間寬敞的地下二層區域，結構與上一層完全不同，就像是一個迷宮，進入到這一層的作戰部隊很容易就會被分散開來，加上周圍環境導致的通訊不暢，一旦有人員與大部隊走散，就很難再找回原來的路。
“這一層的結構可以隨時變化！”當看到一條剛剛還有人走過的路變成了一堵圍牆後，上尉終於忍不住要發火了，“之前繪製的路線圖完全就派不上用場！想辦法把所有牆壁、隔板都給我炸穿！不讓人好好走，那我們就自己炸出一條路來！”