威斯克找到阿萊克茜亞並向她討要維羅尼卡病毒。阿萊克茜亞和威斯克一交手便打跑了威斯克。克裏斯和克萊爾即將逃離南極基地之際阿萊克茜亞追至，通過一番艱難的對決，克裏斯最終借助這一區域的高能武器消滅了阿萊克茜亞並引爆了南極基地。威斯克則在此之前回收了斯蒂夫身上感染的維羅尼卡病毒。
（於2012年發行的TPS遊戲《生化危機：浣熊市行動》揭示了一係列浣熊市背後的劇情，不過和正統劇情有一定衝突，可視為平行世界劇情參考。）
在1998年浣熊市生化危機爆發後，實際上有兩支部隊被派去擊敗守在浣熊市底下研究所的雇傭兵，並回收威廉博士持有的G病毒，分別是由漢克帶領的U.S.S（安布雷拉秘密工作部隊）Alpha小隊和“狼母LUPO”帶領的Bravo小隊，在G病毒回收期間Alpha小隊除隊長漢克外全數陣亡，並導致威廉博士變異與病毒散入浣熊市下水道（生化危機2），而Bravo小隊則在逃脫變異威廉博士的追殺後來到浣熊市市區，並且接到新任務——殺掉裏昂.S.肯尼迪，期間遇到以EchoSix為首的美軍特種部隊，並在市政府，警察局等地與其激戰（一定程度上接上了生化危機3和爆發的劇情），在與“複仇女神”等變異體激戰後，USS部隊得知裏昂躲了起來，並被美軍保護著，而且得知浣熊市即將被摧毀，USS小隊要想撤退就必須殺掉裏昂，於是USS部隊內部起了矛盾，一方主張放走裏昂，一方主張殺掉（由玩家選擇），之後的劇情由玩家腦補。
之後添加了美軍特種部隊Echosix的劇情，是與USS部隊反向的，回聲小隊的任務是找到藏於地下的安布雷拉設施，摧毀它，並且調查病毒事件的真相，不過期間遇到吉爾，而最後的決戰則是無選擇的與威廉博士對弈，裏昂與克萊爾乘坐美軍的直升機逃脫。
2002年，和裏昂一起接受特工訓練的戰友傑克·克勞撒（Jack·Krauser）在一次直升機事故中遇害身亡。實際上他借此機會投靠了阿爾伯特·威斯克。此時，世界三大巨頭的公司合並，由迷之組織引導，成為三聯公司。它涉及到生物醫藥、礦產開發、工業兵器生產三個領域。阿爾伯特·威斯克加入三聯公司。
2004年（生化危機4遊戲劇情），薩德勒的研究員路易斯·賽納（Luis·Sera）發現了教主的野心並且意識到自己的力量不足，於是向曾經的同學約翰求救。收到求救信息的卻是艾達。克勞撒為了取得薩德勒的信任而綁架了美國總統的女兒阿什莉·格雷厄姆（Ashley·Graham）。此後，完成了特工訓練已經成為總統私人保鏢的裏昂·斯科特·肯尼迪受命前往西班牙救援總統千金。威斯克為了取得寄生蟲樣本，派遣艾達前來協助克勞撒。裏昂在村莊裏受到暴民的圍攻，艱苦脫險後擊倒村長進入城堡。裏昂重遇艾達，兩人卻形同陌路。阿什莉被城主拉蒙·薩拉查送往遙遠孤島上的軍事基地，裏昂則與城主開戰，裏昂擊倒城主，與艾達一同前往孤島。裏昂遇到了兩年前在事故中喪生的傑克·克勞撒，並與之一戰，最終打倒了克勞撒。救下被教主薩德勒抓住的艾達後裏昂與艾達協力擊倒了薩德勒，艾達回收了寄生蟲樣本後啟動了自爆裝置，裏昂與阿什莉乘坐救生艇逃脫，孤島沉入海中。而路易斯為了幫助裏昂被薩德勒殺死。艾達把寄生蟲樣本交給了阿爾伯特·威斯克。此時威斯克已經成為三聯公司的首席。此後數年，三聯公司繼Umbrella繼續開發T病毒和G病毒，並將LasPlagas用病毒該良，使其擁有更高的攻擊能力，可以在青年人身上寄體，使寄主失去理智，但擁有更高的智能和攻擊意識。