這天，崔富貴累得剛剛想睡著，就聽到腦袋們在喊他。崔富貴忙一個骨碌爬起來，站在那裏聽候吩咐。腦袋們問：“你說說，樹最需要什麼啊？”崔富貴想了一會兒說：“水和肥料。”腦袋們大怒道：“那還不快給我擔水、挑肥去。沒見我這段時間都瘦了。”崔富貴嚇得哆嗦了一下，慌忙跑下山去。
崔富貴從小嬌生慣養的，哪裏幹過這些粗活，可事到如今他也隻能是打掉牙往自己肚子裏咽了。半個時辰後，崔富貴一手拎著水桶，一手拎著糞桶來到腦袋樹前。腦袋們慢慢地睜開眼，它們看到崔富貴手裏的糞桶後火冒三丈，把崔富貴一頓臭罵。腦袋們說：“你竟敢讓我們吃糞便，我們雖說是樹的模樣，但我們也是人啊！”罵著罵著，腦袋樹上便又長出來七、八個腦袋。崔富貴被嚇壞了，他忙跪在地上賠禮道歉。腦袋們這才說道：“你也別賠罪了，你把糞桶裏的肥料吃下去，我就不生氣了。否則，我樹上的腦袋就會長個不停。”崔富貴沒有辦法，隻能流著眼淚，閉著眼睛把嘴往糞桶邊湊。就在這時，崔富貴的那匹馬不知道從什麼地方跑出來，一蹄子踢在他的臉上，崔富貴滿臉是血地倒在了地上。
這腦袋樹上的腦袋們脾氣怪異，喜怒無常，經常會想出些古怪的事情讓崔富貴去做。有時候會讓崔富貴自己打自己耳光，有時候會讓他滿地爬著學狗叫，有時候還會讓他撕爛自己的衣服學女人跳舞……崔富貴漸漸地明白了，腦袋們讓他做的事情，都是他以前欺負別人的時候用過的。
崔富貴在後山上伺候腦袋樹轉眼已經半年多，腦袋樹上的腦袋越來越少。崔富貴也變得又黑又瘦，又髒又臭，一身破爛的衣服，看上去連個叫花子都不如。
這天，崔大爺帶著人來看望崔富貴，當他看到侄子的樣子心裏真是又生氣又心疼。一個好端端的富家少爺，竟然被這不人不鬼的腦袋樹折磨成這般模樣。腦袋樹也看出來崔大爺的心思，他把崔大爺叫到跟前，跟他耳語了幾句。崔大爺聽完腦袋樹的話，頓時驚得目瞪口呆。崔大爺本來是帶著些衣物和好吃的，要讓侄子改善一下，聽完腦袋樹的話他竟然馬上帶著東西頭也不回地走了。
到了這年的冬天，崔富貴在後山上伺候腦袋樹已經整整三百六十五天，而腦袋樹上的腦袋也隻剩下最後兩個。那兩個腦袋把崔富貴叫到跟前說：“崔富貴，我今天再叫你做最後一件事，明天你不僅可以重獲自由，我還可以滿足你任何一個願望。”這一年的時間裏，崔富貴已經變得是逆來順受，他忙點頭答應。兩個腦袋說：“你馬上在我們兩個腦袋上一邊煽一巴掌。”崔富貴聽完，“咕咚”一聲跪在地上說：“我萬萬不能答應。”兩個腦袋臉色大變，他們怒喊道：“你竟敢違背我們的命令，我們一生氣，就讓這腦袋樹上再結滿果子！”崔富貴說：“以前我總是把自己的快樂建立在別人的痛苦之上。這一年來，我每天看著樹上的腦袋少一個，我的心裏就會很開心。我終於明白了一個道理，幫助和關心別人，才會得到真正的快樂。如果您同意，我的願望就是讓我再伺候您十年。”腦袋樹臉色鐵青，突然揮手煽了崔富貴一巴掌。崔富貴眼前一黑，暈死過去，他臉上那一年都沒有洗下去的血跡也隨之沒有了。
等崔富貴醒來的時候，他已經躺在自己家的床上。崔大爺和崔家的仆人們守在崔富貴的旁邊。崔富貴連聲問道：“大爺，你怎麼來了？管家崔二狗呢？我不是在後山上照顧腦袋樹麼？”崔大爺微笑著說：“你都病了一年，我是順路過來看看你。崔二狗因為貪汙賬房的銀子，被抓進了縣衙……侄子，你是不是病還沒有好？什麼腦袋樹？樹上怎麼可能長腦袋呢！”
崔大爺離開崔富貴家後，到客棧見了一個人。這個人正是那個變成樹的小老頭。那天，崔大爺去後山看望崔富貴的時候，小老頭告訴他，崔富貴今生應該是佛的，而他經曆的這一切也都是命中注定的。
崔富貴雖然後來沒有出家為僧，卻處處與人為善，成為遠近聞名的大善人。
十年後的一天，崔大爺又遇到了那個小老頭。崔大爺問：“你不是說我侄子今生是佛的命麼？怎麼他到現在還沒有入佛門？”小老頭笑著說：“菩提本無樹，明鏡亦非台。他已經是修煉成佛，隻是凡人看不出來罷了。”小老頭說罷，笑著離去。留下崔大爺，似懂非懂地站在那裏。