1493年1月16日開始返航。期間遭到風暴的猛烈襲擊，他擔心自己的偉大發現不被人知曉，就把航行經過記下來，裝進一隻木桶，扔到海裏。3月15日，他們返回西班牙，受到國王陛下的隆重接待。當時的專欄作家熱情地讚揚道：“……最偉大的事件就是發現印度。”哥倫布獲得了預期的權力、榮譽和財富，同時也招致敵意和嫉妒。
之後他又去了三次他所發現的“亞洲”。1493年的航行，他到達牙買加島和古巴島西南，並確信自己已經到了中國邊境，那麼印度也就不遠了。1498年的航行，本來可能到達亞馬孫河，卻擦肩而過，把榮譽留給了別人。更加糟糕的是，由於他拙劣的管理能力，國王任命了新的總督來代替他。哥倫布不服，結果竟然是戴著鐐銬返回了西班牙。與此同時，跟隨而來的侵權者蜂擁而至，竊取他的勞動成果。哥倫布抱怨道：“啊!先前你們都取笑我，現在呢，連裁縫都搞起發現來了!”1502年的最後～次航行，他到達了今天洪都拉斯與危地馬拉的交界處，認為那裏就是柬埔寨，而堅持著要去恒河、印度——因為1498年，由葡萄牙王室投資的達·伽馬船隊，經非洲南端的好望角，成功到達了印度。
一直到死，哥倫布都堅信自己到達的是“亞洲”。生命的最後幾年，還寫了很多關於西印度和金礦的回憶錄。他始終沒有找到黃金和亞洲，在淒涼、苦澀和無人問津中悄然死去。
摘取了他榮譽的人卻在冉冉升起。那位名叫阿美利哥·韋斯普奇的人，是在為哥倫布的第二次和第三次航海準備船隻時，認識了哥倫布本人。哥倫布在第二次航行時得罪了代主教大人豐塞卡，豐塞卡對他的成就萬分眼紅。聽說哥倫布在帕裏亞發現了珍珠(第3次航海)，豐塞卡就在1499年5月，“準允”幾個年輕人去那裏搞“發現”，阿美利哥·韋斯普奇正在其中。
他與哥倫布的最大不同也許在於，哥倫布一直堅持著自己的神聖使命——尋找黃金和亞洲，到死也沒有放棄。這執著成就了他，又約束了他，使他對黃金之外的事物冷眼旁觀，錯過了很多成果。
新大陸的奇花異草，還有水果、生物等，都是歐洲人見所未見、聞所未聞，居民的膚色、生活習性、黃金飾品等，也跟《馬可·波羅遊記》所記載的大不相同。黃金沒有找到，桂皮、胡椒、麝香等香料也不見蹤影。這些本是很重要的信號，但哥倫布對此沒有做任何他想，隻一相情願地追尋著自己的理想。
“阿美利哥·韋斯普奇在1499年5月的航行中擔任領航員，有文獻挖苦他說，“這個阿美利哥·韋斯普奇，連領航的資格都沒有”。他似乎並不未盡到職責，而把精力放在了那些奇花異草、陌生的動物、獨特的地形、氣候、土著的婚姻習俗等上麵。也許在很短的時間裏，他就把主次顛倒過來了，以考察為主，以領航為次。那次航行他到達了亞馬孫河河口。
他本想進行第二次航海，但遭到西班牙政府的拒絕，就轉而為葡萄牙王室服務，於1501年5月再次遠航。這次他發現了南美洲的裏約熱內盧灣，還到達拉普拉塔河，他是發現該地的第一位歐洲人。據說，還有可能到達阿根廷南部的聖胡裏安灣，離最南端的合恩角就很近了。
通過這次航行，他給他的老板、美第奇家族寫信說：“哥倫布發現的哪裏是什麼亞洲，明明是一塊新大陸!”公開提出了“新大陸”這個概念。學者們認可了他的說法。1505年～1510年，他的關於南美州的幾封信件發表之後，引起巨大轟動，翻譯成多種文字，影響非常廣泛，以至於人們以為是他發現了新大陸。