1997年底，他帶著他的一班人馬來到北京，參與開發了國家外貿部的官方站點及網上中國商品交易市場。在不到2年的時間裏，網上中國商品交易市場的淨利潤就達到了287萬元。成績雖然顯著．但由於他與其上司的發展思路不同，決定重返杭州。
1999年初，馬雲回到了杭州，以50萬元人民幣創建了阿裏巴巴網站；2001年，阿裏巴巴推出“中國供應商”服務．向全球推薦中國優秀的出日企業和商品，同時推出“阿裏巴巴推薦采購商”服務，與國際采購集團沃爾瑪、通用電氣等結盟，共同在網上進行跨國采購；同一年，阿裏巴巴與全國工商聯、國務院研究發展中心等部門共同發起和倡導在中國設立“誠信網”，並在全球率先推出企業級網上信用管理產品“誠信通”。在此期間，他借助互聯網幫助中國企業乃至全世界的企業做進出口貿易。具體來說，借助互聯網做了兩件事：一是向全球買家展示中國企業；二是向中國企業提供買家。
2004年，阿裏巴巴提出今後幾年該企業將進入一個戰略轉型期：從MEET AT ALi—DADA轉向WORK AT ALIDADA，讓中小企業不僅將市場、銷售放在阿裏巴巴網站上，還會把人事、財務等其他運作平台，也都放在阿裏巴巴網站上，形成一個虛擬的商業王國。就在這一年，被成為網絡“狂人”的馬雲喊出了：要用互聯網影響亞洲和世界經濟。
2005年8月，馬雲在阿裏巴巴與雅虎公司的全麵戰略合作新聞發布會上說：“我們合作的主要目的是為了電子商務，為了搜索引擎——未來的電子商務，全世界的電子商務離不開搜索引擎，全世界的搜索引擎也離不開中國的搜索引擎。”阿裏巴巴的理念是：創辦中國人創辦的全世界最好的公司。現在，在阿裏巴巴公司中除了有中國人外，還有美國人、日本人、法國人……各個國家的人都有。2005年，阿裏巴巴成立“海外部”，其工作任務就是在全世界100多個國家建立阿裏巴巴平台。現在，阿裏巴巴已經在倫敦、日內瓦、香港、紐約設立了辦事處。阿裏巴巴重點設在美國、歐洲、日本，並且已經跟新加坡華商總會、意大利外貿組織、麥肯錫、普華永道等各種組織簽署了推廣協議，並準備在全球範圍著名的展台上，對阿裏巴巴平台上的中國企業進行全麵介紹。
阿裏巴巴的發展，來源於馬雲對企業全球化、國際化的理解。他認為，中國企業全球比不是買設備、技術，也不是到國外建立銷售渠道、設立工廠，全球化首先是要求領導和員工要有全球化的心。全球化的真正含義就是“在全球化範圍內創造價值”。今天，阿裏巴巴網站已經成為全球最大的B2B網站，在世界上許多國家都有知名度。每天，他要向全球200多個國家、550萬商人會員提供640萬條商業供應信息，年交易額達100億美元。現在，在阿裏巴巴網站上，美國和阿根廷、法國和阿根廷之間的交易非常火爆。一個印度商人曾從印度專程到美國舊金山阿裏巴巴的辦公室感謝，因為阿裏巴巴網站使他和阿根廷成交了2000萬美元的一筆大生意。然而，所有這一切用馬雲的話說都是為了“長城上的夢想和誓言”：“我們一定要做一個中國人創辦的令全世界感到驕傲的公司，忘記錢，忘記一切，用東方的智慧、西方的運作，在全世界大市場上創業。”目前，阿裏巴巴正向100億美元的目標進軍。
辦公司就要有這樣的雄心，要做就做最好的，要做就做最大的。可是許多老板往往成功走出第一步後，卻陷入了茫然之中，他們不知道如何使自己的公司向更好的方向發展，甚至在商海中失去了目標。“不想當元帥的兵不是好兵”，不圖謀發展的公司不是好公司。要想發展首先要有宏偉的目標，要有堅持的勇氣，而後才談得上發展。而發展的道路又各有不同。你要敢於冒險，要大膽融資，大膽出擊；同時，你又要踏實，要穩健，要慎重，要腳踏實地做好每一件事，因為跳躍的基礎是平地。但千萬不要忘了：“我一定要躍起，要更上一層樓！”
1997年底，他帶著他的一班人馬來到北京，參與開發了國家外貿部的官方站點及網上中國商品交易市場。在不到2年的時間裏，網上中國商品交易市場的淨利潤就達到了287萬元。成績雖然顯著．但由於他與其上司的發展思路不同，決定重返杭州。