1948年，國民黨已經是江河日下，解放軍已經進入戰略大反攻時期。此時國統區物價飛漲、經濟混亂，民不聊生，老百姓更加渴望和平、幸福、美好的生活。蔣介石為了穩住人心，開始玩弄“施政於民”的把戲，搞出了一個“憲政”，並匆匆召開“憲政國大”，先過了把“總統癮”。
在“憲政”實施前，中統局的局長還是葉秀峰，而中統局的頭目們如熱鍋上的螞蟻一樣焦灼，因為一旦“憲政”實施，國民黨的黨務經費便不能由國庫開支。如果失去了國庫支持，中統局就會像斷奶的嬰兒般無法繼續生存了。於是中統局急於在“憲政”前重新尋找一個奶媽，投身其懷中“吸奶”！
時任立法院副院長的陳立夫，焦灼不堪。中統局乃他一手創辦，中統局之於陳立夫，就像是兒子之於父親一樣。兒子斷奶，最著急的莫過於這個“無奶”的父親。陳立夫非常糾結，但為中統局找一個“後媽”並非一件容易事，他找來葉秀峰和季源溥。
季源溥大膽提出了自己的想法：“過去我在鐵道部工作時，咱們的外延組織不就掛靠在鐵道部的名下嗎，如今我們也可以轉而掛在鐵道部名下吧。”
“如今哪個部門日子都不好過，誰願意接收我們這樣一個龐大的組織呢？”
季源溥又提議，“我覺得我們還可以效仿美國聯邦調查局的模式，掛靠在司法院的門下！”
“你說說看！”
“中統局成立以來，一直以情報‘調查’工作為主，其工作範圍和性質也是司法範疇內的。”
陳立夫接受了季源溥的建議，向司法部部長居正提出，將中統局掛靠在司法部名下。然而居正是個老古董，這個人的思維很陳舊，而且不喜歡CC係，所以盡管陳立夫找到居正，與居正談了很長時間，居正也沒有給陳立夫麵子。他最後直言道：“司法乃清靜之地，你把特務們都轉移到我這裏來，難道把我的司法院當成收容所？不成，不成！”居正強烈反對，陳立夫也隻好作罷。
前麵已經提過，陳立夫後來還想到了內政部，盡管內政部部長是CC係成員張厲生，張厲生同意將中統局轉歸內政部，然而反對聲一片，最後，在陳立夫和陳果夫的威壓下，中統局終於轉歸了內政部。
1949年5月，內政部調查局在廣州掛牌成立。此時蔣介石的總統職位已由李宗仁代理，而內政部部長張厲生也下台了，由桂係軍閥李漢魂代替。李漢魂剛剛上任，不敢得罪高高在上的二陳，於是允諾中統局掛靠內政部門下，唯一的交換條件，就是讓自己的心腹張益民出任內政部調查局副局長一職。
內政部調查局雖然成立了，但內部矛盾重重，麻煩多多。首先，原中統局局長葉秀峰一直自認為是部級幹部，所以不願意屈尊在內政部調查局擔任局長工作。他既想保留原黨通局局長的名義，又想“垂簾聽政”，遙控指揮內政部調查局。於是他大力推薦自己的親信王保身出任內政部調查局局長，以達到其目的。不過覬覦此職位的不僅僅隻有王保身一人，還有季源溥和王思誠。
第一候選人就是季源溥。季源溥是葉秀峰的親信，也是陳立夫的親信。由於季源溥在交通部勞工科擔任科長時，成立了“中國勞工組織”，為中統局培養了大批優秀特務。因此季源溥在中統局的呼聲很高，而且他還是中統局的副局長。
第二個候選人是王思誠，此人是中統局骨灰級特務，畢業於黃埔六期。此人進入中統局後，先後擔任組長、秘書、主任秘書一職，長期從事黨派調查工作，在徐恩曾時期紅極一時。但是葉秀峰上任之後，便對中統局進行了一番大清洗。王思誠遭到清洗後，在二陳的安排下重新上崗，擔任了糧食部督導處處長。
相比這兩人，王保身並沒有什麼勝出的優勢可言。
最後，季源溥在陳立夫的推薦下榮升內政部調查局局長，終於坐上了中統局最後一任局長的寶座。
新官上任三把火，季源溥一上任就點了三把。其中第一把就點在了前任葉秀峰的身上。葉秀峰本打算推薦王保身出任副局長一職牽製季源溥，但是沒想到季源溥並不給前任麵子，而是接受李漢魂的交換條件，讓張益民出任副局長一職。失去了對中統局的控製，葉秀峰暗暗怒罵季源溥是過河拆橋的小人！不過罵歸罵，此時的季源溥已與葉秀峰平起平坐，葉秀峰也奈何他不得。
季源溥的第二把火，就是重新組建新的中統局。就在這時，一個新問題擺在了季源溥麵前，那就是如何才能在保證中統局“原汁原味”的同時又能適應當前形勢呢。在這個問題上，季源溥請教了二陳。二陳與季源溥商議後，決定保留中統局賴以生存的首腦部門和情報部門，而其他部門和外延單位則采取化整為零的辦法，對龐大的組織機構進行有效瘦身。所以內政部調查局除局長季源溥外，隻設立副局長一名，兼任秘書一名，下麵隻設四處四室。
1949年，解放軍渡江解放南京之後，中統局便從南京瞻園遷至廣州抗日中路55號和法政路77號。隨著國統區的麵積越來越小，各省市內的特務室也隨之逐一取締。無奈之下，季源溥隻能不斷精減人員，壓縮編製，規定各地區特務室隻設立處長、副處長各一名，秘書一名，下設總務、業務、交通三個科，並對其旁支機構進行了大幅度的裁減。
1949年的內政部調查局，下設四處：