一、書記室
所謂書記室就是特工總部的“大腦”，所有的命令、指令都是從書記室裏發出去的。書記室下設書記和副書記各一名，職位略高於特工總部的其他科室。其中書記室的書記是濮孟九（江蘇鬆江人，留德學生），副書記王思誠（正元實業社僅次於錢壯飛的2號人物）。書記室下設四個科：指導科，科長是田昆生；行動科，科長馬嘯天；審理科，科長吳若萍；組織科，科長（無從查實）……
書記室主要負責特工總部的人事調動及工作安排，指導破壞共產黨的情報機構，逮捕、暗殺共產黨人士，並對被捕的共產黨員進行洗腦、勸降、策反等工作。
二、情報科
情報科是特工總部的關鍵部門，主要負責偵破、搜集密電，並且將密電整理成文字，傳達給上級。情報科設正負科長各一名，科長劉馥齋，副科長張國棟。情報科分別下設三個股一個室：指導股、編審股、譯電股、密電研究室。科下還分別設立了三個情報站：北平站、上海站、天津站。而各站點都配有先進的電台設備，以便與南京總部聯絡。
指導股：股長王廣來，幹事有項本善、陳文昭（中共叛徒）、張慶容、何允逸、劉求知、牛伯男、王榮生等。全國上下根據人員劃分了六個片區（類似於大區域），而這些幹事們就像大區域經理一般各自負責一個區域。指導股的主要職能是指導各地區的特務室搜集、審查、分析情報，並且每日編輯情報一份，分別送徐恩曾、陳果夫、陳立夫、葉秀峰、何應欽、陳布雷等人參考。如情報特別重要，則由徐恩曾批審後直接交蔣介石過目。
編審股：股長杜品山，該股的主要任務是將收集的情報分門別類進行整理、審查，每個月編輯一本名叫《月報》的刊物。偶爾也會針對一些特殊問題整理出版一本名叫《專報》的刊物。這些刊物也是供黨內一些高參參考之用。
譯電股：股長薛敦平。譯電股主要負責譯電和編製密碼兩方麵的工作。雖然這個科室負責譯電，但是卻不負責接收電報。接收電報的任務則由另外一個名叫“電訊總台”的科室負責。也就是說，負責譯電的隻負責譯電，負責發電報的隻負責發電報。這一點也是老奸巨猾的徐恩曾想出來的，目的在於保守秘密，防止兩個部門勾結泄密。進入譯電股的成員通常要經過半年左右的培訓，主要是熟悉並牢記明密碼，然後再把明密碼轉換成為密電碼。編製密電碼的人都是徐恩曾親手挑選的，非常可靠。在編譯密碼方麵，譯電股講究“同字不同碼，同碼不同字”的說法，而且每年都會重新變換幾次。
密電研究室：科室主任張華茂。張華茂被調走之後，由馬懋文擔任主任，副主任是陳文彬。該室共有職員三十餘人，算是特工總部裏比較大的一個科室，其主要負責搜集和破譯情報。在搜集和偵破情報方麵，以桂係白崇禧、李宗仁居多，其次是四川的劉湘、雲南的龍雲，而山西閻錫山較少。至於共產黨方麵，密電研究室的收獲微乎其微，也說明共產黨在譯電發送和保護方麵做得非常到位。1937年，陝西省黨部書記長郭紫峻又向徐恩曾推薦了李擔任和武子明等十名精英，從而又組建了第二密電研究室。
至於三個情報站，也僅僅隻是收集情報而已。其中上海站站長是鄧達謐，北平站站長是後大椿，天津站站長是張慶恩。
三、訓練科
訓練科設有科長、副科長各一名，幹事若幹。其中科長王雲亭，副科長薛秋泉，幹事有王濟漢、朱秋白、徐政等，助理幹事是李士群（後來成為汪偽76號主要頭目）。
訓練科的主要任務有三個方麵：第一，編製訓練小組，開展特務技能培訓。除了培訓之外，還組織經驗交流會。每次開會，除重拾口號外，著重解釋、處理一些訓練中出現的問題，並加以糾正。第二，編輯《動力》和《群力》兩本手冊，均為半月刊。《動力》供特工人員閱讀參考，《群力》則供特工之外的普通人員閱讀參考。第三，負責研究撰寫《特工用書》，其中就包括顧順章編寫的六本技能書。這些技能書幾乎涵蓋所有的特工技能，供黨內特務學習使用。
訓練科一共組織開展了三期特務訓練班，每期時間為三個月。其中一期教練是顧順章，二期、三期教練是大特務王傑夫。三期特訓班，一共培養了60名特務，後來這些特務成為中統中的骨幹力量，可見其訓練水平之高，不亞於蘇聯克格勃。其中二、三期的訓練班教練王傑夫就是特務叢中的一朵奇葩。
王傑夫作為一名特務訓練專家，對“殺人放火”之事非常精通。他最大的“貢獻”在於槍斃共產黨人瞿秋白一事。1935年2月，瞿秋白在轉移途中，在福建長汀縣翟田鎮水口村被地方反動保安鍾紹葵抓獲。後遭叛徒指認，瞿秋白的身份被識破，從而被關進長汀監獄。為了勸降瞿秋白，徐恩曾專門派了這個特務專家王傑夫審理。王傑夫同顧順章一樣，也是一個自大狂。剛剛來到長汀，便拍著胸脯向那些小特務們炫耀：“你們沒有辦法不要緊，我的辦法有得是，不信他不開口！”信誓旦旦的王傑夫來到瞿秋白麵前，軟硬兼施，企圖讓瞿秋白開口。結果費盡九牛二虎之力也沒有撬開瞿秋白的嘴，樣子十分狼狽。後來王傑夫無奈之下打報告給上級，上級則通知李默庵和宋希濂殺害瞿秋白。也就是1935年的6月18日，瞿秋白喊完“打倒國民黨！中國共產黨萬歲！共產主義萬歲”後被一槍打死，年僅36歲。