大家鬆了一口氣。其實，這時桓玄可能有點野心，但在行動上還沒有完全暴露，司馬元顯怕他，主要是因為從他的老爸那時就開始怕他了。
桓玄最終沒有從這事中得到什麼利益。
不過，還是有受益者的。
這個人就是劉裕。
司馬元顯知道劉裕隻憑少量的部隊，連續把孫恩的主力打得滿世界亂跑，就覺得應該讓他來負責對付孫恩，因此任命劉裕為下邳太守——一下就成了地方第一把手。
劉裕被提拔之後，馬上趕到鬱州，上門去找孫恩打仗，連著打了幾場，都取得連勝。孫恩在劉裕不斷地打擊下，隻得又沿海岸南下，可劉裕仍不放過他。
劉裕要是放過他，劉裕就不是劉裕了。
他現在隻有靠孫恩發家致富了，要是沒有孫恩這個腦後有反骨的家夥跳出來，到處毫無原則地亂打，估計他連冒頭的機會都沒有，最後隻能把這個基層軍官做到老了。
十一月，劉裕終於追上孫恩，在滬瀆、海鹽一帶又把孫恩收拾一頓。孫恩隻得從陸地上跑開，重新回到島上。
大家知道，桓玄還很小的時候，心裏就已經很不平衡，一直仇視著這個社會，一直想著殺掉很多人。可那時手中沒力量，因此隻在心裏氣憤，在行動上最多欺負一下殷仲堪之類的人，其他的事還不敢亂來——也沒有條件亂來。
這時他把全國的地圖拿來一看，天下三分之二的領土都控製在他的手中了，而且還是全國最發達的地區。於是野心就茁壯成長起來。他給司馬道子寫了一封信，口氣很強硬地猛批了司馬道子一頓，說司馬道子害死王恭，可對孫恩的到來，一點辦法也沒有，這算什麼領導人？這是徹頭徹尾的禍國殃民。
司馬道子看過之後，沒什麼話說，可司馬元顯卻嚇得發呆。他比他老爸聰明得多，看到桓玄敢這麼牛，接下來就要跟他們攤牌了。他被孫恩猛打幾頓，就知道自己的軍事能力實在太差了，而且桓玄不管是個人能力，還是手中的實力，比那個孫恩都強很多。這家夥要是打過來，拿什麼來對付啊？
司馬元顯想不出辦法，可那個張法順卻很快想出了辦法——當然不是好辦法。
他對司馬元顯說：“老大，其實桓玄囂張全是靠他老爸積累下來的威望，他本身沒有什麼能力。而且他現在控製了大量的發達地區，中央隻有這麼一小塊地皮，剛剛發生了孫恩事件，他現在一定輕視中央。其實他剛得到荊州，人心還很不穩定。我們馬上請劉牢之當先鋒，先跑過去把他狠狠教訓一下，一戰就可以把他拿下了。”
司馬元顯一聽，好啊，就這麼辦了。
正好，武昌太守庾楷這時也怕桓玄跟中央對抗，最後失敗，自己可就不妙了，就派人秘密過來麵見司馬元顯，表示不管桓玄做什麼，自己永遠跟中央保持高度一致。
司馬元顯更高興，以為既有天時，又有內奸——這可是人和啊，勝利已經向他這邊無情地傾斜了。他馬上派張法順到京口，請劉牢之出征。
可劉牢之卻認為，現在討伐桓玄是很困難的，很不願出手。
張法順浪費了很多口水，仍沒有說服劉牢之，隻得鬱悶地回去，對司馬元顯說：“老大，現在劉牢之也有點牛起來了。我看他的臉色，完全是要造反的臉色。所以，得趕快把他調到京城裏來，把他搞定。否則，咱的大事全完。”
可司馬元顯卻不聽這話，隻是下令緊急征兵，大量製造戰艦，做好對抗桓玄的前期工作。
整個事件在元興元年（402年）正月初一拉開。
司馬元顯認為準備工作已經完畢，因此全麵公布桓玄的罪狀，並任命司馬元顯為驃騎大將軍、征討大都督、都督全國十八州諸軍事，假黃鉞；再任命劉牢之為前鋒都督、司馬尚之為後衛。他還宣布大赦，改年號為元興元年。後來，他又把他老爸提拔為太傅。
張法順仍勸司馬元顯先搞定劉牢之，說劉牢之以前是王恭的手下，後來卻叛變。哪能讓他當這個前鋒司令？最好的解決辦法就是叫劉牢之去殺桓謙（桓衝的兒子），表示他願跟桓玄對抗到底；如果下不了手，咱就向他下手了。應該說，張法順的這一招還是很毒的。
可司馬顯卻不聽。他對自己的軍事能力比誰都清楚，知道除了劉牢之外，誰也不是桓玄的對手。因此，在別的事上，他很聽張法順的意見，但在這個事上，堅決不聽張法順的。
在司馬元顯要向桓玄攤牌時，桓玄居然還一點不知道。在他的意識裏，司馬元顯現在根本沒有這個膽。因為現在晉國東部剛受孫恩事件的破壞，到處都在缺吃缺穿，而他死死地控製著長江水道，一切商品全部停運。因此桓玄就很天真地認為，現在中央內部問題多多，肯定沒有精力和能力來對付他，所以可以再休整一段時間，把精力養足，把工作準備到位——那時政府就更弱了，而他則更強了，隻怕不用打仗就勝利了。
哪想到司馬元顯硬是聽了張法順的話，突然發布討伐命令。桓石生知道後，馬上寫了一封信，飛快地向他報告。
桓玄這才知道自己對形勢的估計全部錯誤，心裏也慌亂起來，打算死守江陵。
他的長史卞範之卻不同意：“老大為什麼這麼怕？司馬元顯就是一個小孩，除了腐敗很厲害之外，別的本事還沒有發現呢。至於劉牢之，雖然能砍能殺，可這家夥曆來不是什麼好人，早就失了民心。如果我們的大軍硬是衝過去，他們立馬崩潰。為什麼要讓他直接打到咱們的心髒？這可是找死的辦法啊。”
桓玄一聽，馬上叫桓偉留守江陵，一麵上書為自己申辯，一麵發布司馬元顯的罪行，同時帶著部隊順江而下。