關於全國的山脈體係認識，清初顧炎武等仍引用明末王士性《五嶽遊草》的論述，闡述當時人們對全國山脈(稱“龍”、“龍脈”)大勢的認識。清初康熙在國內進行了大規模的地圖測量，尤其是乾隆時期對新疆等地的擴測，使當時人們對中國的山川地理大勢的認識有了較大進步。其中對中國山脈體係也有了新的認識，如清代後期魏源的《蔥嶺三幹考》雲：
清朝自1644年入關後，經過幾十年的征戰，到乾隆時期，才最後形成一個幅員遼闊的統一大帝國。乾隆時期(公元1736—1795年)，清朝國內轄地除盛京、吉林、黑龍江三將軍轄區以外，還包括稱為本部的18行省(山東、山西、陝西、甘肅、四川、河南、湖北、湖南、安徽、江蘇、江西、浙江、福建、廣東、廣西、貴州、雲南、直隸)和稱為藩部的內蒙古、青海蒙古、喀爾喀蒙古、西藏、新疆等地。清王朝的疆域：北至恰克圖，南至海南島、團沙群島，西至蔥嶺(帕米爾)，東至外興安嶺、庫頁島。清王朝不僅擁有這樣廣闊的疆域，而且對之實行了有效的統治和管理。建成的是一個國勢強大的統一國家，特別是經過康熙、乾隆兩次組織的大範圍全國地圖測繪工作，使當時人們對中國領土內的地理狀況有了相當深入的了解。較之前代、清人對境內山脈體係、江源、河源、氣候分布規律等，都有新的認識。
此記載非常形象、生動，這樣準確具體記述該地區的氣候特點，是以前著作中所看不到的。
對全國河流水汛特色認識上，清代也有進步。明末清初思想家王夫之從補給角度(雪、雨等)分析了河流水汛的成因，及其發生的時間，具有重要的科學意義。
他認為中國境內的主要山脈體係有三條。其中北幹為阿爾泰山、杭愛山、外興安嶺一線，其南天山為北幹的分支山脈。中幹以昆侖山向東，經積石山、阿尼瑪卿山分為三支：北支由此向東北經賀蘭山、陰山、興安嶺、長白山；中支為秦嶺、伏牛山；南支為大巴山。南幹似自岡底斯山、巴顏喀拉山、橫斷山脈到南嶺。
他清楚地記述了峨眉山腳為常綠闊葉林植被(“積葉在足”)；山的上部為針葉林(“鬆杉夾道”)；再向上則為灌木叢(“灌木層累”)；到山頂就變成了高山草地景觀(“荒漠蔓草”)。
變盈流謙，其變之說亦有可異者。有因時而變(漸變)、有因人而變(人為因素)、有因變而變(突變)者。因時而變者，如大雨時行，山川洗滌(指散流、暴雨衝刷)，洪流下注，山石崩從，久久不窮，則高下易位。因人而變者，如鑿山通道，排河入淮，雍水溉田，起險設障，久久相因，地道頓異。因變而變者，如土雍山崩，地震川竭，忽然異形，山川改觀，如此之類，亦為變盈流謙。
除了一般潮汐規律認識外，清代對我國著名的錢塘江潮的成因，也提出了比較合理的解釋。錢塘江潮是一處著名自然景觀，曆來注意的人不少，從地理、水文角度解釋其成因的也有頗多論述。如漢代王充認為主要是喇叭形河口地形的影響所致(王充：《論衡·書虛》)，晉代葛洪則提出了潮汐能量的概念(葛洪：《抱樸子·外佚文》，載《四部備要》子部)，唐代盧肇在繼承二人觀點基礎上，又進一步提出江水的作用，認為大潮是因江水與海水在狹窄河道相遇：“激而為鬥”，形成怒潮(盧肇：《海潮賦》，載《海潮輯說》卷上)。此後，燕肅經過調查，發現錢塘江河口存在南北互連的“沙潬〔dan擔〕”(攔門沙坎)，認為它是暴潮產生的重要原因(燕肅：《海潮論》，載姚寬《西溪叢語》卷上)。此後，各代的論述基本囿於以上各說。直到清代，人們才用綜合因素解釋錢塘江潮的成因。周春(公元1728—1815年)在他的《海潮說》中指出，錢塘江潮不同於他處的原因是：“他處之潮，海自海而江自江，故其勢雜。”而錢塘江潮，“海自東來，經東南大洋，入尖山口而一束，其勢遠且猛；江自西南，前揚波後重水，龕赭海門而亦一束，其勢隘且急，兩潮會於城南，激蕩衝突”。這種江潮和海潮共同作用形成暴漲潮的理論，已得到現代暴漲潮理論的證實。表明清中葉，人們已能正確解釋錢塘江潮的成因。
盡管魏源的論述中，還有許多不全麵的地方(如太行山、祁連山、喜瑪拉雅山的位置)，但基本勾勒出幾條主要山脈幹線，尤其是去掉了關於東南丘陵作為山脈體係的觀念，擴大了正確認識山係的範圍。
近日黃河屢決，皆在南岸，誠為無益；即北決，而僅在下遊徐、沛，歸德之間亦無益；惟北決於開封以上則大益。何則？河、濟，北瀆也，而泰山之伏脈界其中，故自封丘以東，地勢中隆高起，而運河分水龍王廟，遏汶成湖，分流南北以濟運，是河本在中幹之北。自有天然歸海之壑。
古代關於植被分布規律，季風、信風等自然地理分布現象，都有一定的認識。較之過去，清代主要有以下幾方麵的發展，即關於中國第二條植被分界線的明確認識，植物分布垂直帶譜，以及台風的深入認識。
關於國內各區域的地理大勢，清初也已有比較清楚的認識。顧炎武《天下郡國利病書》中，就論述了全國各省會(政治、經濟中心)的形成與周圍地理環境的關係。
關於區域氣候特點也有新的認識，如對新疆周圍地區的氣候特征，這時有了比較係統的了解。清肖雄在《聽園西疆雜述詩》卷四《氣候》中所述：
在自然地理規律認識上，最為突出的當推孫蘭關於流水地貌發育的理論——“變盈流謙”說。孫蘭把侵蝕和堆積看作是地貌發育過程中，相互關聯的二個方麵，它們共同塑造和改變著地表麵貌，並認為：在以流水為中心的地形演變中，有三種演變形式，即：漸變因素、突變因素和人為因素。他在《柳庭輿地隅說》卷上中說：