端方的死因，直接導源於四川保路風潮。民營的鐵路被收歸國有，且出賣與外人，從中又抽取回扣，政府大張巧取豪奪之幟。這個政策的出台，又直接生發於盛宣懷。5月份，清廷聽從郵傳部大臣盛宣懷的主意，下決心將四川、湖北、廣東鐵路收歸國有，以端方為川漢粵鐵路督辦。說收就收，此前四川民眾投入的股本一分不退。本來農民的血汗錢，有的甚至賣兒賣女投入管督商辦的鐵路修築，現在血本無歸，生計茫茫，那就隻有自殺或拚命了。
端方入川之際，正值趙爾豐當政。兩個人都看好總督的位子，一個守，一個攻。端方把保路風潮的責任算在趙氏頭上。為奪得要津，端方為民眾所做開脫，尚屬實情。對民間頗能理解，對皇朝來說，則屬於典型的第二種忠誠。趙爾豐也沒有閑著，他也上疏數落端方，指摘端方並不直接從陝西入川，反而跑到重慶去做迂回，成都周邊的土匪蜂起，等他來剿，他又不來。這樣，大員之間的火拚已經到了“上綱上線”的地步，且無限上綱，足以致命。
端方到重慶時，其寓所大門被人乘夜貼紙書對聯一副:端要死在江南館，方好抬出通遠門。藏其名於上下聯之首，江南館乃城中奢華之地，而通遠門外則為叢葬之所。聯語透著威脅，詞為不祥之兆。
盡管端方在後來的某些學人看來也屬開明，但他此時仍然手持重器，即國家機器最鋒利的一端，向他索命的人至少想到了一個曆史問題，那就是徐錫麟的慘死。1907年，端方直接指揮殺害徐錫麟。7月初，清廷偵探在上海捕獲黨人葉仰高，端方派員酷刑訊審，得知打入官場之黨人名單。徐錫麟知事已迫，乃決計刺殺恩銘。徐錫麟被捕獲後，端方率先給安徽地方首長馮煦一通電文，要他速將徐錫麟斬首。馮煦是江蘇出身的江南才子，他不願對徐錫麟下此毒手，但也沒有辦法。恩銘家屬申請將徐錫麟挖心剖肝，炒食以祭祀恩銘，端方也予以批準。
晚清以來，民眾的對立情緒遂益形緊張、尖銳。端方雖沒有大舉開火殺人，也沒有拿著洋火四麵點火，但畢竟是手持火柴，走在到處散落的火藥之上。1910年1月1日端方還在忙著花大價錢重新上位，不久他就如願以償。五百九十六天後，他以為安全的利器終於擦槍走火，也就死於非命了。至今想象他晃晃悠悠、逍遙入川的情形，都不免要為之捏一把汗，甚至心急如焚、繃著神經，而他本人似乎懵懵懂懂，所以也就在劫難逃了。