李自成脫險後，連克麟遊、永壽、靈台、白水等地，隊伍迅速擴大到20餘萬人。閏八月，進抵隴州。守城的是明參將賀人龍。洪承疇獲悉，立即派梟將左光先馳援隴州。李自成以部將翻山鷂高傑為前鋒，圍城41天，未能克城，主動撤軍。
陳奇瑜解職後，洪承疇被任命為兵部尚書、總督五省軍務，仍兼三邊總督，獲賜上方寶劍、旨準便宜行事，自西安馳赴河南，立足未穩，獲悉鳳陽失守，驚惶萬分，一麵上書請求給予處分，表示要與農民軍決一死戰;同時遣各路官兵駐防湖廣、河南，以便相機援剿。四月十二日，他在汝州召開重要軍事會議，製定作戰方略，重新布置戰局，左良玉、湯九州駐守內鄉、淅川要道之吳村堡，尤世威、徐來朝駐守朱陽關南的藍草川，陳永福駐守盧氏、永寧諸隘口;又令尤翟文、張應昌自鄖陽轉赴興安、漢中，與總兵左光先、趙光遠會合，自率秦將賀人龍、劉成功等將領入關。
戰事的發展，沒有按照他們所想象的軌跡運行。汝州會議剛結束，明軍兵變的消息接連傳來。參將徐來朝奉命守朱陽關，士兵畏怯，不肯入山，兵嘩於盧氏。總兵鄧
率部防守漢江，士兵因缺餉而嘩變，登樓越牆逃避，不少人墜落火巷燒死，全營騎兵潰散，步兵也遲遲不願出動。五月初，楚、豫兩省各大股農民軍，先後都回到陝西。張獻忠、馬守應等整軍耀武於商州、雒南之間;高迎祥、李自成等出終南山，北渡渭河，連營50裏，直趨西安。
這年六月，闖將李自成偕同過天星、亂世王等部，在亂馬川俘獲明前鋒中軍劉宏烈，又在寧州襄樂鎮會戰明軍，副總兵艾萬年、劉成功、柳國鎮與遊擊王錫命等，率兵3000人在襄樂鎮陷入埋伏，奮力突圍退入巴家寨，複遭農民軍的圍困，艾萬年當場遭擒殺，柳國鎮戰死，劉成功、王錫命負重傷逃歸，官軍千餘人被殲。總兵曹文詔得知艾萬年被殺，拔刀砍地，號叫一定要報仇雪恨。他急切向洪承疇請戰，洪給他打氣:“非將軍不足辦此賊，顧吾兵已分，無可策應者，將軍行，吾將由涇陽赴淳化，以為將軍後勁。”曹文詔以其侄曹變蛟為前鋒，自領步卒殿後。二十八日，與農民軍相遇於真寧縣(今甘肅正寧)東60裏之湫頭鎮。農民軍誘敵入伏，退兵30裏，曹變蛟持勇窮追，遭到伏兵的突然襲擊。農民軍分別把曹文詔、曹變蛟包圍在兩地，起初還不知陷入伏中的將官是誰，忽聽一俘虜高喊:“曹將軍救我”，才知道原來被困在重圍中的就是赫赫有名的總兵曹文詔。農民軍戰士異常振奮，倍加勇猛，過天星張五正麵力戰，闖將李自成、亂世王藺養成左右夾擊。一時萬箭齊發，喊殺聲驚天動地。曹文詔身受重傷，自知難以得脫，拔刀自刎，部下遊擊材官死者20餘人，部卒潰散。
明政府再次調整地方封疆大吏的人選。罷去湖廣巡撫唐暉，以鄖陽巡撫盧象升出任湖廣巡撫，任命宋祖舜為鄖陽巡撫。罷去河南巡撫玄默，以陳必謙出任河南巡撫。罷去陝西巡撫李喬，以甘學闊出任陝西巡撫。任命盧象升總理直隸、河南、山東、四川、湖廣五省軍務，賜上方劍，專門負責中原的防務。而五省總督洪承疇的防務重點則在西北。