好在參加遠東國際軍事法庭的美國、蘇聯、英國、法國、中國、澳大利亞、新西蘭、加拿大、荷蘭、菲律賓和印度這十一個國家中，持印度這種態度的隻有一個，而同樣是殖民地，剛剛在1946年7月才從美國那兒得到獨立的菲律賓對日本卻持強硬態度。因為日本占領菲律賓之後進行過好幾次大屠殺，最後山下奉文在抗擊美軍反攻時還是毫不猶豫地把馬尼拉變成了戰場，菲律賓人不能原諒日本人。
遠東國際軍事法庭在1948年11月4日進行最後的開庭。
首席大法官、澳大利亞人韋伯爵士從上午9：30開始宣讀最後的審判書，和平常開庭不一樣，這回自始自終是韋伯大法官一個人在宣讀，而且這次的“審判書”是如假包換的一本書，還是厚厚的書。韋伯大法官一直保持著每10分鍾讀7頁這種略微稍快的速度，法庭的預想是包括周末的休庭在內，整個審判書讀完需要一個星期。實際上判決書的正文一直讀到了11月12日下午15：30才算讀完。讀完之後在宣布印度法官對判決有異議，荷蘭和法國的法官有部分異議之後，經過短暫的休庭，從15：50開始宣讀對各被告的判決，到最後宣布“遠東國際軍事法庭閉庭”時已經是16：12了。
實際上一邊在宣讀正文的時候，因為有3名已經亡故而隻剩下了25名的被告，在不同程度上就已經開始預測判決書的內容，還有人準確地預測到了判決的結果。
在一開始，被告中，還有人指望法庭會作出無罪判決。根據是紐倫堡的歐洲國際軍事法庭的21名被告中，有3名最後被判無罪，因此，在遠東國際軍事法庭的被告中也應該有幾個人被判處無罪，有人就開始夢想自己會不會就是哪怕隻有一人的無罪者了。
每天在閉庭時會把當天宣讀了的審判書部分發給被告，被告們都分別用功來研究這部分審判書。這些被告都不是普通人，都是陸軍大學、海軍大學以及東京帝國大學這三所日本帝國的高等學府出來的精英人物，他們想讀出韋伯大法官還沒有宣讀的部分。
法庭辯論早在4月15日就已經結束，這大半年這些被告都是在心神不定中度過的，而且他們都有一種東京審判可能會比紐倫堡審判更加嚴厲的不詳預感。因為在審判過程中不管是監房分配還是出庭審理的順序，一直是按照姓名的羅馬字母順序來，而這次在審理結束之後立即對這些被告進行了X線檢查和口腔肛門觸檢之後，全部搬到另一座樓裏去了，戰犯們住二樓，一樓和三樓全部空著，而且新樓的監房分配，再也不是按照姓名的羅馬字母順序，而是以東條英機為中心，按照太平洋戰爭開戰時的官位大小左右排開來，這就讓人猜出起碼東條英機可能逃不脫絞刑架了。
夥食也不一樣了，這些戰犯在到巢鴨之前是由美第八集團軍供他們吃飯，即使美第八集團軍給他們吃得是最簡單的戰地夥食，就已經把這些被美國鬼畜圍困了多時的惡鬼吃的分不清東南西北了，後來到了巢鴨，美國人不管飯了，讓日本政府出錢，這一下子又掉進了地獄。後來由賀屋興宣在牢房裏打零工幫助大藏省造預算，總算改善了一點夥食，但一搬家之後，又變成由美軍負責了，廚房裏的夥夫也全部換成了美國人。