”、“約克城號”和“富蘭克林號”被日本轟炸機炸傷，其中“富蘭克林號”傷勢最重。兩顆炸彈擊中了“富蘭克林號”的飛行甲板，引起停在那裏的裝滿燃油和彈藥的一些飛機起火，接著發生了一連串爆炸。僅僅由於艦上官兵英勇頑強的努力，“富蘭克林號”才幸免沉沒。既使如此，全艦陣亡724 人，另有265 人受傷。然而，這些挫折並沒有影響登陸的時間表。
和瓜島海軍陸戰隊被遺棄在灘頭陣地的境況不同，第5 艦隊站穩了腳跟。盡管遭到了有史以來最猛烈攻擊，它依然堅守在衝繩島海麵。從4 月6 日到7 日，日軍用神風隊飛機進行大規模攻擊，派出了355 架自殺飛機撞擊盟軍艦船，還派了數目大抵相等的轟炸機進行輪番轟炸。空中巡邏戰鬥機和密集的高射炮火將這些飛機大批擊落，卻仍有一些自殺飛機突破了防禦。有的自殺飛機企圖撞擊灘頭陣地附近的運輸船和火力支援艦，但是，在衝繩島周圍擔任雷達警戒任務的驅逐艦和補給船遭到的打擊最重。這次攻擊，美軍一共有19艘艦船受傷，有的傷勢很重。
日本人不單用自殺飛機攻擊美軍，“大和號”也投入了戰鬥，踏上了一去不複返的征途。它受命用它的18英寸大炮殲滅美軍登陸部隊。4 月7 日上午，米切爾的飛機在中國東海發現“大和號”，於是起飛了一支280 架飛機組成的攻擊部隊。“大和號”射出了密集的高射炮彈幕，但一波又一波美國魚雷機和轟炸機突破了防禦，實施了攻擊。“大和號”中了10條魚雷和5 顆炸彈，在戰鬥開始兩小時後翻倒沉沒。全艦2,500 來名官兵“大和號”這次出擊，艦上官兵總共有2,767 人。，隻有269 人幸存。同時擊沉的還有伴隨這艘戰列艦的1 艘輕巡洋艦和4 艘驅逐艦。美方在攻擊中隻損失10架飛機。
4 月和5 月整整兩個月，盟軍艦隊遭到了神風隊飛機一次又一次大規模攻擊，同時還遭到普通轟炸機的襲擊。除了米切爾的旗艦“邦克山號”被兩架自殺飛機迅速擊中並損失396 人外，其它航空母艦沒有受到嚴重損失。這位將軍把他的將旗轉移到了“企業號”，偏偏它也被一架神風飛機撞擊。米切爾隨後又轉移到了“倫道夫號”航空母艦上。“可怖號”、“勝利號”和“無敵號”也遭到自殺飛機的撞擊，但由於它們的裝甲飛行甲板和牢固的結構，僅僅受了輕傷。一位美軍聯絡官評論說：“如果一艘美國航空母艦被一架神風飛機撞中，它就要在珍珠港修理6 個月，如果撞中一艘英國佬的航空母艦，艦上就會傳來命令：‘清道夫，快拿起你的掃帚吧。’”美軍轟炸神風飛機起飛的機場連日不停，自殺飛機連續不斷遭到損失，以及缺少敢死隊員和燃油，這一切，終於使這種自殺攻擊逐步減少。7 月2 日，正式宣布衝繩島戰役結束。美國海軍總計有34艘艦船被擊沉，368 艘受傷；4,900 多名艦上官兵陣亡或失蹤，另有4,800 人受傷。
這時，日本人在海上和空中的力量都十分單薄，對於航空母艦艦載機和美國陸軍B-29飛機為所欲為地飛到日本本土上空，一愁莫展。最後，盟軍飛機把帝國海軍趕到瀨戶內海這個最後庇護所，在那裏擊沉了殘餘的幾艘日本戰列艦和航空母艦。它們掃射機場，轟炸火車站和其它重要設施，準備向日本發起總攻擊。這時，美國在長崎、廣島投下了原子彈，蘇聯對日作戰，日本人的繼續抵抗已經毫無意義了。
1945年9 月2 日( 星期日) ，正式投降簽字儀式在“密蘇裏號”戰列艦上舉行。“密蘇裏號”那巨大的艦體，由幾百艘海軍艦船簇擁著，赫然聳立在陰雲覆蓋的東京灣裏。但是，在迫使驕橫一世的日本帝國屈膝投降的作戰中起了關鍵作用的盟軍航空母艦，這時卻在水天線外。遵照哈爾西的命令，它們在海上嚴陣以待，一旦日本人的投降成為騙局，就立即讓飛機起飛。當穿著黑色晨禮服和黃褐色陸軍服的11個毫無表情的日本人登上戰列艦時，嚴肅的盟國官員，用沉默來迎接他們。
“我們主要交戰國的代表，聚集在這裏來締結一項莊嚴的協定，以圖恢複和平。”麥克阿瑟將軍說。他直挺挺地站著，近旁的人看到他的雙手直打顫。他呼籲世界各國拋棄過去的仇恨，“保護高度的尊嚴，隻有這樣才符合我們即將達到的神聖目的。”接著，在意味深長的沉默中，開始在投降書上簽字。戰敗國首先簽了字。麥克阿瑟在投降書上簽字並宣布投降儀式結束後，他走到率領盟國快速航空母艦駛入東京灣的哈爾西海軍上將跟前，拍著他的肩膀說：“讓它們開始吧！”