這樣，李世民逐漸擺脫了李淵舊臣的束縛，接下來就是在重要崗位安插親信了。早在武德九年六月，李世民剛被立為皇太子之時，就任命宇文士及為太子詹事，長孫無忌、杜如晦為左庶子，高士廉、房玄齡為右庶子，尉遲敬德為左衛率，程知節為右衛率，虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為洗馬。
這些人中，除了宇文士及外，長孫無忌和高士廉是親戚，其他都是秦府武將或者“十八學士”成員，大多在玄武門事變中做出過貢獻。貞觀初年，論功行賞，房玄齡、長孫無忌、杜如晦、尉遲敬德、侯君集五人位列一等。
李世民對群臣說：“我對各位的封賞，以功勞大小為依據，如果有什麼遺漏，請說出來，以便糾正。”
李世民的叔父李神通氣憤地說：“晉陽起兵時，我率兵最先起事，如今房玄齡、杜如晦等文人，卻功居第一，我實在不服氣。”
李世民心平氣和地說：“當初起兵反隋，人人有心。叔父雖然率兵而來，但沒有親臨陣地。山東沒有平定的時候，您受命鎮撫，竇建德南侵時，卻全軍覆沒。劉黑闥起事，叔父又望風而逃。房玄齡等籌謀帷幄，安定社稷，功勞就像漢代的蕭何，雖無汗馬之勞，卻有謀劃之功，所以功得第一。叔父誠然是我最親近的人，但我不能以私心濫賞。”
貞觀三年，唐太宗任命房玄齡為尚書左仆射，總領百司；杜如晦任尚書右仆射，與房玄齡共掌朝政。房玄齡善於謀劃，明達政事；杜如晦機智深算，處事果斷。當時，天下大事及典章製度，都由二人定奪。兩人相互輔助，同心協力，成為有名的賢相，後世傳為佳話，被譽為“房謀杜斷”。在房玄齡、杜如晦成為宰相的同時，秦王府其他僚屬如尉遲敬德、侯君集、高士廉、程知節、秦叔寶、段誌玄、張公瑾等也都各居要職，初步形成了以李世民為核心的決策機構。對於東宮及齊王府屬官，李世民也酌情加以任用。貞觀三年，他將原東宮舊屬王珪提拔為宰相。
李建成被殺後，李世民召拜王珪為諫議大夫。貞觀元年，唐太宗對大臣講了他心目中的君臣關係，他說：“正直的君主，任用邪惡的大臣，不能成就大事業；正直的大臣佐助邪惡的君主，也不能成就大事業。君臣相遇，就像魚和水，相互依賴，國家才能長治久安。從前，漢高祖劉邦不過是一介農夫，手拿三尺長劍而定天下，主要是有賢臣的佐助。朕雖不明，卻有幸得到諸位的佐助匡扶，所以希望大家各抒己見，以求天下太平。”
聞聽此言，王珪接著說：“我聽說彎曲的樹木，用墨繩可以修正成材。君主隻要聽從臣下的意見，就能成為聖明的人。所以，古代的聖賢君主，擁有眾多的敢於直言的諍臣。陛下聰慧，卻仍能虛心納諫，這是國家的福氣。臣等處在這樣寬鬆的環境下，還有什麼理由不坦率陳述自己的意見呢？”
唐太宗對王珪的話十分讚同，於是下令：“從今以後，凡是三品以上大臣朝會，一定要派遣諫官，以糾正得失。”
為廣泛網羅人才，李世民還打破士族門第觀念，破格提拔山東士人。開始，唐太宗對山東人有些偏見。殿中侍禦史張行成對李世民說：“臣聽說天子以天下為家，不應當以東西為限。否則，就是向人顯露他的狹隘。”這話對李世民來說，真是振聾發聵，使他慢慢改變了對山東人的看法，開始重用出身低微的山東寒士，如馬周、張亮、戴胄等人。
通過一係列的人事調整，李世民分化爭取了敵對勢力，擇優錄用山東士人，將自己的親信安排到各重要部門，牢牢掌握著軍政大權，基本形成了以李世民為核心的、由多個階層參與的決策集團，為其後的政治改革和經濟發展，奠定了良好的基礎。