明清之交——西藏佛教與滿族的來往
滿族與西藏佛教建立聯係始於入關前。1639年，西藏方麵主動派使者出使內地拜訪清統治者，曆經長途跋涉，西藏地方朝清使團於1642年到達盛京。皇太極麵對千裏迢迢而來的西藏使者尤其興奮，幾乎是同時，他已經遣使過去西藏迎請高僧，隻不過兩路人在路上可能沒有碰到。可見，在1644年滿族入關之前，西藏佛教僧人已經得到滿族王室的極度重視。
1639年(明崇禎12年，清崇德4年)，皇太極專使一批人去西藏，致書當地的掌佛法大喇嘛，說明清朝願意與西藏通好，共同弘揚佛教。此時，明朝統治已經到了後期，腐朽不堪，國內農民起義風起雲湧。西藏當時各種勢力並存，有以達賴喇嘛為首的格魯派寺院集團，還有掌管西藏地方政權的藏巴汗和紅帽係佛教，他們之間存在複雜的鬥爭。這些集團派的代表於1642年到達盛京，受到皇太極的隆重接待。
在好幾派西藏勢力中，聰明的皇太極根據當時西藏的局勢，將達賴喇嘛派作為主要傾向對象，給其使者帶去了熱情的回信，表示願意長久通好。1643年皇太極去世，1644年其子福臨即位，即順治皇帝。這年也是農民起義軍推翻明朝統治，清軍順利入關占領北京的關鍵一年。
入關之後，清政府在隨後的幾年內，明確了對西藏地方各派勢力的取舍態度，多次請達賴喇嘛(當時為達賴五世)前往京城。但是謹慎的達賴五世，顧慮到當時清朝奪取政權沒有多久，欠缺穩固，且清統治集團內部鬥爭仍在持續，南方還有許多抗清勢力在活動。清軍安定全國，還有待時日，也可能出現夭折的情況。而且西藏內部還有其他勢力幹擾，故達賴五世猶豫再三，持保留態度，一拖再拖。
終於，在1652年，在清朝官員的陪同下，達賴五世自西藏啟程，隨從達三千人，保衛森嚴，擔心清朝的突然變卦對達賴安全造成威脅。1653年，浩浩蕩蕩的西藏使團終於到達京城，順治予以厚重的賞賜，給予他們共同信奉的西藏佛教的最高禮遇，以團結藏地，獲得民心。
清朝——藏傳佛教在皇帝心中的崇高地位
順治及其後任幾位清朝皇帝青睞藏傳佛教，幾乎達到登峰造極的地步，喇嘛教開始在全國占到舉足輕重的位置。
順治皇帝對佛教的喜愛達到了癡迷的地步。他有一位董鄂妃，原是其弟襄親王的王妃，因丈夫死去而被順治選入宮中為妃(滿族有兄納弟妻的習俗)。這董鄂妃美麗與賢德並舉，深得順治皇帝的喜愛。但她生的一個唯一的男孩卻夭折，這令她悲傷過度，年僅22歲就病逝了。順治因為董鄂妃的死，遭受很大的打擊，整日悲痛欲絕。他用佛教葬儀將她火化，希望她能得到佛教的庇佑。董鄂妃死後很久，順治皇帝仍無法走出悲傷，有傳說他因此到五台山出家當了和尚。
雍正皇帝，自號“圓明居士”，崇佛之心無其他帝王能比。他自幼喜讀佛典，廣交僧衲，親自編著佛教禪宗語錄。他曾在大師指點下專心禪坐，突破了佛教中的“三關”，自認為達到了很高的佛法境界。他當皇帝前居住的雍王府，在即位後改為雍和宮，乾隆時期被改為喇嘛寺廟，香火極旺。直到現代還有許多人來上香，認為在這裏許下的心願，尤其靈驗。
雍正的兒子乾隆皇帝也虔誠地信仰佛教，自號“長春居士”。他六下江南，到達過許多名山大寺，並書賜匾額。他提倡用“周孔”的思想指導禪學，從而達到統一佛教的境地。
如此重視喇嘛教的政策，到了清朝後期嘉慶、道光時代，才稍有鬆弛。這與當時帝王邊疆政策調整、國力日衰有一定關係。總體來說，滿人對西藏地區的宗教拉攏，對其邊境民族政策有著莫大的功績。
興旺於邊疆的藏傳佛教——蒙藏共同的宗教信仰
蒙古和西藏地區，均處中國邊疆，一個是西北，一個是西南，對於國家邊防均有極重要的戰略性意義。而且，這兩個邊疆少數民族聚居區，長期以來形成了自己信奉的宗教與習俗，在西藏幾乎是全民信教。兩地區人們信奉的宗教，恰恰都是藏傳佛教。其中西藏的佛教是從古印度傳過來的，而蒙古的佛教則是從西藏傳過去的。
蒙古族領袖鐵木真於1026年統一了漠北，建立強大的蒙古汗國。在其擴張過程中，雪域藏土地域遼闊，對於其勢力擴張十分有誘惑力。但那兒地勢險要，隻能通過其信仰的宗教來“柔”其人。所以，早在12世紀，蒙古族上層就與藏族上層因藏傳佛教而形成了“施主與上師”的關係。而蒙古族也開始接受藏傳佛教，用這種新的宗教思想代替舊有的薩滿教。之所以這樣選擇，除了藏傳佛教比原始薩滿教更符合崛起的蒙古帝國要求外，也與藏蒙兩地民族風俗習慣有較大類似有關。
有了相同的宗教信仰，蒙藏兩個民族的統治階級得以互相利用、兩得其利：蒙古族找到了治理西藏的代言人，藏傳佛教當時主導教派薩迦派(花教)也得以“憑蒙古人之威對西藏進行統治”。隨著蒙古族的日益壯大，元朝統一中國，藏傳佛教在蒙古地區大規模傳播，連元朝皇帝即位前都要受佛戒九次才能正式即位。蒙古王室與藏傳佛教各宗派建立了廣泛聯係，蒙古各地都留下了藏傳佛教傳播的足跡。