上次敗在伊賀忍者手中的織田信雄此次也率領大約13000人參加了軍事行動。
麵對織田信長的進攻，伊賀忍者集團感到了莫大的壓力。
四萬多的軍力，再加上相當豪華的將領團，可見織田信長是勢在必得。
九月七日，得到消息的伊賀忍者集團在平樂寺城召開了軍事會議，商討如何應對危機。主持會議的還是十二人評定眾，參加了大概有兩百多個中高級忍者。
有的人提出了投降，因為明擺著打不贏，沒有任何的勝算。伊賀一國，麵積也就是大概三十六平方公裏的樣子，男女老幼所有人加在一起，也不過兩萬多人，所有的兵力不過四千人的樣子。
忍者也是人，不是神，沒有傳說中那麼神通廣大，可以以一敵百。這次是一比十的兵力對比，死定了。
但也有人提出，織田信長非常殘暴，是著名的第六天魔王，殺俘殺降是常事，當年在長島鎮壓一向宗（日本佛教的一個流派）起義的時候，就曾經把戰敗被俘的兩萬多男女一向宗門徒全部燒死。咱們伊賀忍者上一次把織田軍隊打敗，讓織田信雄幾乎成為天下的笑柄，織田信長心裏肯定不爽，很有可能要殺降，等咱們投降後來個一窩端全部哢嚓掉。
這種觀點在參會的忍者中有很多人認同。
當時織田信長的輿論造得很凶，他的那句要殺掉所有伊賀人的口號已經在伊賀傳播開來。事實上，這種擔心並不是杞人憂天，織田信長那家夥是完全做得出來的，而且當時他似乎也的確打算這樣做。
在這種情況下，伊賀似乎已經被逼上了絕路，隻有死戰到底了。
“人生如朝露，沒有長久不滅之人。就算這副血肉之軀為敵人所滅，我們的魂魄也會回到伊賀守護故土。”參會的忍者有人喊出了悲愴的口號。
討論了許久，伊賀忍者最終還是決定迎戰。很難說這個決定是錯誤的，因為織田信長完全有可能在伊賀投降後繼續下黑手。
頓時，伊賀大地處處都燃起了戰火。
伊賀的軍力並沒有集中起來，而是分散在各地以家族為單位組織抵抗。集中起來也沒用，集中起來正中織田信長的下懷，可以聚而殲之，快刀斬亂麻。
伊賀國人不分男女老幼，不分僧侶忍者，全都與織田大軍展開了慘烈的搏殺。
在這場力量完全一邊倒的戰爭裏，伊賀忍者的失敗是注定了的，隻是時間問題。他們的戰鬥不過是拖延一下戰鬥的時間而已，但是，對於伊賀國人來說，這是為榮譽而戰，為了生存的信念而戰。
伊賀忍者依然采取拿手的忍者戰術，對織田軍進行奇襲。但是，織田信長絕非浪得虛名之徒，他對忍者的戰術有所準備，加強了警備，一到晚上就四處點燃火把，讓伊賀忍者藏不住，還專門組織小股部隊對伊賀忍者進行突襲，加上手下還有伊賀叛徒的協助，還有就是巨大的兵力優勢，所以伊賀忍者的各種忍術這次也改變不了戰局。
伊賀各地的忍者家族相繼戰沒，一個個堡壘先後失守，到處都有火焰在燃燒，到處都有殺戮在發生，忍者、百姓、僧侶，不分男女老幼，一個個倒在了血海之中，伊賀之地成為一片焦土。
史料記載，“不論男女老幼，不論僧侶平民，每天有三五百人被斬首。昔日的忍者之裏，今成血海之鄉。”
直到現在，伊賀的居民對於幾百年前發生的大屠殺都還是不能釋懷，說起織田信長仍然是罵不絕口。作為天正伊賀之亂的見證，著名的“斷首地藏”佛像仍然立在伊賀的風中，似在訴說那逝去的慘痛記憶。
最後的戰鬥發生在柏原城。
柏原城是上忍瀧野十郎吉政的居城，這裏聚集了最後的兩千餘戰力。其中，光上忍級別的就有大約四百來人，其餘的多數是下忍和一些老百姓。
憑借著易守難攻的防禦工事，伊賀忍者們進行著最後的的拚死抵抗。麵對頑抗的伊賀忍者，勝局已定的織田軍一時也難以將柏原城攻下，於是采取了圍城的辦法，準備困死城中的守衛者。
這次圍城戰出現了一個很有意思的現象。
織田軍似乎在學習忍者的戰法。他們在夜晚也想忍者那樣派出小分隊進行夜襲，還時不時製造出巨大的噪音，讓城中的守衛者吃不香睡不好。
當然，這麼打下去肯定是伊賀忍者被全部殺死，這點上毫無疑問。但出人意料的是，這一次，伊賀忍者居然在瀧野十郎吉政的率領下向織田信雄投降了，而一直痛恨伊賀忍者的織田信雄居然很爽快地接受了忍者的投降而沒有趕盡殺絕，給伊賀留下了種子。據說，這其中是有一個奈良的和尚進行調停的結果。