在東漢政權已經形同虛設時，董卓率領他的西涼騎兵來到了京師洛陽。董卓剛到洛陽時，洛陽的武裝力量主要有何進為討黃巾軍在全國各地募集的軍隊，車騎將軍何苗（何進的弟弟）的部隊，武猛督尉丁原率領的並州軍和董卓的涼州軍。在當時混亂的局勢下，董卓充分發揮自己在西北邊陲常年作戰所擁有的豐富作戰經驗，以迅雷不及掩耳之勢，收編了在洛陽的武裝。董卓先派弟弟董炆誘使何苗的部下吳匡殺掉何苗，何進、何苗的部隊群龍無首，隻得任董卓收編。然後董卓誘使呂布殺掉丁原，扶植呂布為並州軍閥的新首領，等於是基本上招降了並州軍。至此，手握重兵的董卓成為了唯一在京師說話算數的人，並順理成章地接管了東漢政府。
董卓的手段雖然並不光彩，但在東漢末年豪強並起的混亂局勢下，又有誰的手段是真正的光明正大呢？從董卓辦事的速度及其作為足見其政治手腕和行事的魄力。名士們對這一變故顯得有些措手不及，他們顯然低估了董卓的能力。不過名士的立場還是很鮮明，他們都是反對董卓的，其中的代表人物袁紹、袁術、曹操離開了京都洛陽以尋求發展。
◎ 上台後麵臨的困境
董卓上台以後，廢少帝、立獻帝，這一舉動直接導致了他在曆史書裏被扣上了“漢賊”的帽子。其實，董卓隻是做了一件別人都想做而沒有做的事情，廢少立獻這一舉動本無可厚非，在當時的情況下，換了誰控製東漢政府都不會把皇帝當回事兒。因為東漢政府已經是一段朽木，不再有重生的可能，而且當時喊著“振興漢室”口號的不是偽君子就是書呆子。隻是董卓在處理此事的時候不夠圓滑，顯得很生硬，而後來曹操的“挾天子以令諸侯”，劉備的借漢室宗親頭銜謀取天下，其實質和董卓是一樣的，隻不過所采用的手段更加巧妙陰險而已。況且，董卓廢少帝立獻帝有其充足的理由，少帝為何太後所生，獻帝為王美人所生、董太後所養，董卓與董太後是遠親。何太後的弟弟何苗死在董卓手裏，與董卓勢如水火，而且在東漢，太後有攝政的權利。董卓廢少帝殺何太後是為了自保，而立獻帝是為了使自己名正言順地以外戚身份輔政。董卓廢少帝、立獻帝完全是形勢使然，是無可厚非的，但這樣的處理也確實給了虎視眈眈的地方豪強們一個討伐董卓的理由。
董卓控製政府後一個最大的問題就是如何處理與名士的關係。他的做法與何進差不多，就是拉攏名士。他所提拔的人也與何進提拔的大同小異，但名士並不買賬。可以想象，東漢政權名正言順地存在的時候，地方豪強就不服中央政府的管轄，更何況現在控製中央政府的是董卓這樣“久習夷風”的“邊鄙之人”，那他們就可以名正言順地自立了，所以說董卓隻不過是恰好出現在這個時間的一個“倒黴蛋”而已。結成反董卓同盟軍的正是那些董卓提拔到地方任職的名士，然而雙方的戰爭並沒有分出勝負，盟軍並沒有動搖董卓的統治。
董卓認為將政府置於敵軍附近比較危險，於是要將都城遷到他勢力範圍內的長安。但如果就這麼走了，洛陽可能成為反董勢力西進的根據地，於是他一把火燒掉了洛陽，導致老百姓大舉遷徙，生靈塗炭。董卓挾持獻帝西遷長安，焚燒洛陽宮廟、官府和居所，強迫數百萬居民隨遷，致使洛陽方圓二百裏內荒蕪凋敝。雖然這樣做很殘酷，但在戰爭年代，出於戰略的考慮，燒城也是很正常的，亂世中老百姓跟著倒黴的事情也是經常重演的曆史悲劇。
董卓遷都長安後，駐防潼關，擁有潼關以西的地盤，進可攻退可守，在戰略上處於有利地位。事實上，在涼州軍與關東軍的衝突中，涼州軍始終處於優勢。不過，和許多人一樣，在董卓享受了京都的奢靡生活後，他似乎已經被腐蝕掉了，曾經那個剽悍的涼州武士，不可避免地陷入了紙醉金迷之中，為敵人留下了進攻的破綻。董卓的覆滅在於他既沒有協調好內部的矛盾，也沒有處理好民意，在輿論和內賊的夾擊下迎來了自己的滅亡。
董卓的軍隊主要分為涼、並兩派。涼州派有李炆、郭汜、胡軫等人，並州派主要有呂布、張遼、李肅、楊奉。此外，董卓麾下還有一位孤獨的名將遼東徐榮。如前所說，董卓利用呂布殺死丁原，兼並了並州軍。丁原死後，呂布成了並州軍的首領。董卓是很信任呂布的，與他“誓為父子”，但涼州兵與並州兵的關係卻十分緊張。並州軍被兼並，是不會完全甘心的，但又處於被壓抑的地位；涼州軍以勝利者自居，沒有把並州軍放在眼裏，甚至對呂布也是如此。