1.DR：利用造影劑，可以清晰地鑒別出複雜性肛瘺的瘺管、瘺道的長度、分支、走向和曲直。也可行結腸傳輸功能檢查和排糞造影，診斷頑固性便秘。可開展鋇灌腸和氣鋇造影等檢查。
2.CT：即X線電子計算機橫斷體層掃描。對肛周、直腸、結腸良惡性腫瘤進行診斷和鑒別。對先天性肛門閉鎖盲端定位方便、準確，有助於手術的選擇。
3.MRI：主要用於肛管直腸結腸腫瘤的診斷和鑒別，也是肛門直腸畸形術前評價的最好方法。可用於肛瘺術前準確定位、複雜性肛瘺難以確診內口的疑難病例診斷。
4.彩超、腔內超聲：它能夠清晰地顯示肛管周圍複雜的結構，具有無創傷、操作簡單、價格低廉等特點，對肛周膿腫、肛門直腸良惡性腫物的診斷和鑒別具有重要意義。
5.肌電圖機：應用電針、柱狀膜電極或絲狀電極分別描記恥骨直腸肌外括約肌的肌電活動，可判斷有無肌源性和神經源性變化。
6.肛管壓力檢測儀：由測壓導管、壓力換能器、前置放大器及記錄儀四部分組成。對於肛門失禁、習慣性便秘、痔、肛裂等肛腸疾病診斷具有重要意義。還可對術前病情及術後肛管直腸括約肌功能評價提供客觀指標。
五、其他常用儀器
1.結腸水療機：常用於配合纖維結腸鏡做腸道準備，清潔腸道。在慢性結腸炎、潰瘍性結腸炎、便秘等治療中效果明顯。
2.生物反饋治療儀：可用於直腸肛門、盆底肌功能紊亂的便秘患者，其長期療效較好。生物反饋治療可訓練患者在排便時鬆弛盆底肌肉，使排便時腹肌、盆底肌群活動協調；而對便意閾值異常的患者，應重視對排便反射的重建和調整對便意感知的訓練。訓練計劃並無特定規範，訓練強度較大，但安全有效。對於盆底功能障礙患者，應優先選擇生物反饋治療，而不是手術。
六、肛腸科檢查和手術常用體位
肛腸科的患者在手術或檢查時的體位，應以患者舒適、術者操作方便以及病變部位暴露清楚為原則。
常用的體位有左側臥位、截石位、胸膝位、俯臥位或蹲位。應根據患者的具體情況加以選擇。
1.左側臥位：是一種常用體位，用於老年體弱、不能起床、患有心腦血管疾病或關節炎等疾病的患者，也可用於一些簡單手術，如內痔注射、淺部膿腫切開、血栓摘除等。
2.胸膝位：是臨床檢查和門診手術的常用體位，該體位腸腔暴露清楚，便於檢查和門診手術的操作。
3.截石位：是肛門部手術的最常用體位，手術暴露充分，視野開闊，便於手術操作，但對下肢關節強直或行動不便者不宜采用此體位。
4.蹲位：這種體位適合於直腸脫垂，特別是小兒直腸脫垂、有蒂息肉脫出、晚期內痔脫肛的直視檢查及高位直腸腫瘤的檢查。
5.俯臥折刀位：患者取俯臥位，使其恥骨與手術床中下1br3處齊平，用中單固定雙下肢於手術床的腳板上，用軟海綿將患者雙髂及肩鎖部位分別墊起，避免壓迫患者的胸部與腹部，將頭部側臥於軟枕後雙臂自然彎曲，分別放置於頭部兩側。將手術床的兩腳板分開，向下垂落15°，使其間夾角成50°～60°，同時將患者頭部手術床調低，與水平位夾角成10°～15°，使用膠布從肛周約5cm處向兩側牽開臀部，並固定於手術床邊緣。適用於直腸下端及肛門部手術、經骶尾部入路行直腸腫瘤切除術等。
6．平臥位：患者仰臥於手術床上，雙上肢自然放於身體兩側，中單固定於兩側，雙下肢伸直，兩腿稍屈起分開，以使腹肌盡量鬆弛，做張口緩慢腹式呼吸。此體位適用於胸部、腹部、下肢手術。
1.DR：利用造影劑，可以清晰地鑒別出複雜性肛瘺的瘺管、瘺道的長度、分支、走向和曲直。也可行結腸傳輸功能檢查和排糞造影，診斷頑固性便秘。可開展鋇灌腸和氣鋇造影等檢查。