我素信學術上的派別，是相對的，不是絕對。所以每一種學科的教員，即使主張不同，若都是“言之成理、持之有故”的，就讓他們並存，令學生有自由選擇的餘地。最明白的，是胡適之君與錢玄同君等絕對的提倡白話文學，而劉申叔、黃季剛諸君仍極端維護文言的文學；那時候就讓他們並存。我信為應用起見，白話文必要盛行，我也常常作白話文，也替白話文鼓吹。然而我也聲明：作美術文，用白話也好，用文言也好。例如我們寫字，為應用起見，自然要寫行楷，若如江艮庭君的用篆隸寫藥方，當然不可；若是為人寫鬥方或屏聯，作裝飾品，即寫篆隸章草，有何不可？
那時候各科都有幾個外國教員，都是托中國駐外使館或外國駐華使館介紹的，學問未必都好，而來校既久，看了中國教員的闌珊，也跟了闌珊起來。我們斟酌了一番，辭退幾人，都按著合同上的條件辦的。有一法國教員要控告我，有一英國教習竟要求英國駐華公使朱爾典來同我談判，我不答應。朱爾典出去後，說：“蔡元培是不要再做校長的了。”我也一笑置之。
我從前在教育部時，為了各省高等學堂程度不齊，故改為各大學直接的預科。不意北大的預科，因曆年校長的放任與預科學長的誤會，竟演成獨立的狀態。那時候預科中受了教會學校的影響，完全偏重英語及體育兩方麵；其他科學比較的落後，畢業後若直升本科，發生困難。預科中竟自設了一個預科大學的名義，信箋上亦寫此等字樣。於是不能不加以改革，使預科直接受本科學長的管理，不再設預科學長。預科中主要的教課，均由本科教員兼任。
我沒有本校與他校的界線，常常為通盤打算，求其合理化。是時北大設文、理、工、法、商五科，而北洋大學亦有工、法兩科；北京又有一工業專門學校，都是國立的。我以為無此重複的必要，主張以北大的工科並入北洋，而北洋之法科，刻期停辦。得北洋大學校長同意，及教育部核準，把土木工與礦冶工並到北洋去了。把工科省下來的經費，用在理科上。我本來想把法科與法專並成一科，專授法律，但是沒有成功。我覺得那時候的商科，毫無設備，僅有一種普通商業學教課，於是並入法科，使已有的學生畢業後停止。
我那時候有一個理想，以為文、理兩科，是農、工、醫、藥、法、商等應用科學的基礎，而這些應用科學的研究時期，仍然要歸到文理兩科來。所以文理兩科，必須設各種的研究所；而此兩科的教員與畢業生必有若幹人是終身在研究所工作，兼任教員，而不願往別種機關去的。所以完全的大學，當然各科並設，有互相關聯的便利。若無此能力，則不妨有一大學專辦文理兩科，名為本科，而其他應用各科，可辦專科的高等學校，如德、法等國的成例，以表示學與術的區別。因為北大的校舍與經費，決沒有兼辦各種應用科學的可能，所以想把法律分出去，而編為本科大學，然沒有達到目的。
那時候我又有一個理想，以為文理是不能分科的。例如文科的哲學，必植基於自然科學；而理科學者最後的假定，亦往往牽涉哲學。從前心理學附入哲學，而現在用實驗法，應列入理科；教育學與美學，也漸用實驗法，有同一趨勢。地理學的人文方麵，應屬文科，而地質地文等方麵屬理科。曆史學自有史以來，屬文科，而推原於地質學的冰期與宇宙生成論，則屬於理科。所以把北大的三科界限撤去而列為十四係，廢學長，設係主任。
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北大關於文學、哲學等學係，本來有若幹基本教員；自從胡適之君到校後，聲應氣求，又引進了多數的同誌，所以興會較高一點。預定的自然科學、社會科學、文學、國學四種研究所，止有國學研究所先辦起來了。在自然科學與社會科學方麵，比較地困難一點。自民國九年起，自然科學諸係，請到了丁巽甫、顏任光、李潤章諸君主持物理係；李仲揆君主持地質係；在化學係本有王撫五、陳聘丞、丁庶為諸君，而這時候又增聘程寰西、石蘅青諸君；在生物學係本已有鍾憲鬯君在東南、西南各省搜羅動植物標本，有李石曾君講授學理，而這時候又增聘譚仲逵君。於是整理各係的實驗室與圖書室，使學生在教員指導之下，切實用功；改造第二院禮堂與庭園，使合於講演之用。在社會科學方麵，請到王雪艇、周鯁生、皮皓白諸君；一麵誠意指導提起學生好學的精神，一麵廣購圖書雜誌，給學生以自由考索的工具。丁巽甫君以物理學教授兼預科主任，提高預科程度。於是北大始達到各係平均發展的境界。