2.活化土壤養分，提高化肥利用率有機肥料中所含的腐殖酸中含有大量的活性基團，可以和許多金屬陽離子形成穩定的配位化合物，從而使這些金屬陽離子（如錳、鈣、鐵等）的有效性提高，同時也間接提高了土壤中閉蓄態磷的釋放，從而達到活化土壤養分的功效。應當注意的是，有機肥料在活化土壤養分的同時，還會與部分微量營養元素由於形成了穩定的配位化合物而降低了有效性，如鋅、銅等。
有機肥料與化學氮肥配合施用，化學氮肥能促進有機肥料的分解，分解產生的有機酸可與化學肥料中的銨相結合，形成氨基酸可減緩硝化作用，從而提高化學氮肥的利用率。有機肥料與化學磷肥混合施用，能增加磷的溶解度，有利於植物吸收利用。
3.增加土壤有機質，改良土壤理化性質有機肥料含有大量腐殖質，長期施用可以起到改良土壤理化性質和協調土壤肥力因素狀況的作用。有機肥料施入土壤中，所含的腐殖酸可以改良土壤結構，促進土壤團粒結構形成，從而協調土壤空隙狀況，提高土壤的保蓄性能，協調土壤水、氣、熱的矛盾；還能增強土壤的緩衝性，改善土壤氧化還原狀況，平衡土壤養分。
4.改善農產品品質和刺激植物生長施用有機肥料能提高農產品的營養品質、風味品質、外觀品質；有機肥料中還含有維生素、激素、酶、生長素和腐殖酸等，它們能促進植物生長和增強植物抗逆性；腐殖酸還能刺激植物生長。
5.提高土壤微生物活性和酶的活性有機肥料給土壤微生物提供了大量的營養和能量，加速了土壤微生物的繁殖，提高了土壤微生物的活性，同時還使土壤中一些酶（如脫氫酶、蛋白酶、脲酶等）的活性提高，促進了土壤中有機物質的轉化，加速了土壤有機物質的循環，有利於提高土壤肥力。
6.減少能源消耗，改善生態環境生產1t合成氨，理論上要消耗22.78×106kJ能量，每施用1kg化肥，相當於消耗0.8kg標準煤或與其相當的石油，“石油農業”的道路顯然是不可取的。至於磷、鉀資源，我國也是比較缺乏的。所以無論從肥料的經濟效益來分析，還是從能源和資源來著眼，都必須十分重視有機肥料這項再生物質的充分利用，通過增施各種有機肥料，來減少能源的消耗。
施用有機肥料還可以降低植物對重金屬離子銅、鋅、鉛、汞、鉻、鎘、鎳等的吸收，降低了重金屬對人體健康的危害。有機肥料中的腐殖質對一部分農藥（如狄氏劑等）的殘留有吸附、降解作用，有效地消除減輕農藥對食品的汙染。
二、常用有機肥料的種類與合理施用
（一）糞尿肥
糞尿肥包括人糞尿、家畜糞尿、禽糞、廄肥等，是我國農村普通施用的一類優質有機肥料。
2.活化土壤養分，提高化肥利用率有機肥料中所含的腐殖酸中含有大量的活性基團，可以和許多金屬陽離子形成穩定的配位化合物，從而使這些金屬陽離子（如錳、鈣、鐵等）的有效性提高，同時也間接提高了土壤中閉蓄態磷的釋放，從而達到活化土壤養分的功效。應當注意的是，有機肥料在活化土壤養分的同時，還會與部分微量營養元素由於形成了穩定的配位化合物而降低了有效性，如鋅、銅等。
有機肥料與化學氮肥配合施用，化學氮肥能促進有機肥料的分解，分解產生的有機酸可與化學肥料中的銨相結合，形成氨基酸可減緩硝化作用，從而提高化學氮肥的利用率。有機肥料與化學磷肥混合施用，能增加磷的溶解度，有利於植物吸收利用。
3.增加土壤有機質，改良土壤理化性質有機肥料含有大量腐殖質，長期施用可以起到改良土壤理化性質和協調土壤肥力因素狀況的作用。有機肥料施入土壤中，所含的腐殖酸可以改良土壤結構，促進土壤團粒結構形成，從而協調土壤空隙狀況，提高土壤的保蓄性能，協調土壤水、氣、熱的矛盾；還能增強土壤的緩衝性，改善土壤氧化還原狀況，平衡土壤養分。
4.改善農產品品質和刺激植物生長施用有機肥料能提高農產品的營養品質、風味品質、外觀品質；有機肥料中還含有維生素、激素、酶、生長素和腐殖酸等，它們能促進植物生長和增強植物抗逆性；腐殖酸還能刺激植物生長。
5.提高土壤微生物活性和酶的活性有機肥料給土壤微生物提供了大量的營養和能量，加速了土壤微生物的繁殖，提高了土壤微生物的活性，同時還使土壤中一些酶（如脫氫酶、蛋白酶、脲酶等）的活性提高，促進了土壤中有機物質的轉化，加速了土壤有機物質的循環，有利於提高土壤肥力。
6.減少能源消耗，改善生態環境生產1t合成氨，理論上要消耗22.78×106kJ能量，每施用1kg化肥，相當於消耗0.8kg標準煤或與其相當的石油，“石油農業”的道路顯然是不可取的。至於磷、鉀資源，我國也是比較缺乏的。所以無論從肥料的經濟效益來分析，還是從能源和資源來著眼，都必須十分重視有機肥料這項再生物質的充分利用，通過增施各種有機肥料，來減少能源的消耗。
施用有機肥料還可以降低植物對重金屬離子銅、鋅、鉛、汞、鉻、鎘、鎳等的吸收，降低了重金屬對人體健康的危害。有機肥料中的腐殖質對一部分農藥（如狄氏劑等）的殘留有吸附、降解作用，有效地消除減輕農藥對食品的汙染。
二、常用有機肥料的種類與合理施用
（一）糞尿肥
糞尿肥包括人糞尿、家畜糞尿、禽糞、廄肥等，是我國農村普通施用的一類優質有機肥料。
1.人糞尿其主要成分組成與施用要點。
在施用前要充分腐熟，一般用作基肥，在施用豬糞尿時要注意飼料添加劑殘留成分對土壤的影響。