這種管理體製是在垂直分工的組織結構基礎上，再增加一種水平分工的組織架構。這樣的管理體製不可避免地會帶來組織關係的複雜化，存在多頭管理、各自為政、互相掣肘的痼疾。比如，各地農村合作醫療辦公室從行政上隸屬於鄉政府和鄉衛生院，在運作上屬於當地勞動社會保障局或衛生局的一個職能辦公室，由縣衛生局、鄉（鎮）政府和衛生院共同管理。形成了對新農合多龍治水的分散管理格局，由於這些部門所處地位和利益不同，在管理和決策上經常發生矛盾，管理十分混亂。
（二）農村社會醫療保險製度行政管理體製創新
由以上分析可知，要在全國推行統一的省級統籌，就必須打破既有的地方利益格局，而要排除阻力重重的利益格局障礙，就要依靠中央政府的強製力，改革現有的行政管理體製，實行省級統籌垂直管理。
在設計之前，必須要解決的一個問題是農村社會醫療保險應該由衛生行政部門管理還是社會保障部門管理。筆者在東部沿海某省新農合調研過程中，發現B縣和C縣的新農合由縣社會保障局管理。筆者查閱調研文獻資料，發現其他省也存在類似現象。有學者提出：衛生部門作為農村醫療保險的主管部門，扮演著農村衛生服務係統的管理者與農村衛生保障係統的管理者雙重身份，它實際上代表了農村醫療保險製度中需方（農民）和供方（醫療機構）兩個矛盾雙方的利益，在這種既要維護矛盾雙方利益，又要規範雙方行為的職責要求下，從管理理論上認識，這種管理體製很難實現農村醫療保險製度的公平與醫療機構效益的一致性。
筆者對此並不認同，理由如下。第一，從世界各國醫療保險的行政管理製度看，各國逐步把醫療保障從社會保障中分離出來，與健康管理職能加以合並。例如，巴西在1988年，把社會健康保險製度從社會保障製度中拆出來，與衛生部合並組成新的衛生部，全麵負責衛生籌資和服務管理；日本2001年把厚生省和勞動省合並為厚生勞動省，統一管理衛生、社會保障和社會福利事務；德國2002年把原來勞動和社會政策部的社會保障分支與原衛生部合並，組建成新的衛生和社會保障部。目前，世界上有70%的國家和地區，其醫療服務與基本醫療保險是由同一個政府部門管理，尤其在發達國家這一比例更高。在經合組織和七國集團中，這一比例分別為83%和100%。第二，從農村醫療保險發展的實踐看，衛生部新聞辦主任鄧海華指出衛生部“一手托兩家”的管理體製對於醫療服務和醫療保障的結合非常有利，不能被人為地割裂。第三，由衛生部門管理農村醫療保險，並不會激化供需雙方矛盾，而是緩和雙方矛盾，同時也減少部門之間的談判協調成本。相反，如果由其他部門，如社會保障部門管理，供需雙方矛盾並不會由此消失，更可能凸顯，而且兩部門力爭各自的部門利益，反而導致交易成本增加。製度經濟學認為，判斷一種製度是否有效率，主要看它能否有效降低交易成本。因此，筆者認為，農村社會醫療保險由衛生部門管理，可以降低交易成本，是一種有效率的組織結構。
這種管理體製是在垂直分工的組織結構基礎上，再增加一種水平分工的組織架構。這樣的管理體製不可避免地會帶來組織關係的複雜化，存在多頭管理、各自為政、互相掣肘的痼疾。比如，各地農村合作醫療辦公室從行政上隸屬於鄉政府和鄉衛生院，在運作上屬於當地勞動社會保障局或衛生局的一個職能辦公室，由縣衛生局、鄉（鎮）政府和衛生院共同管理。形成了對新農合多龍治水的分散管理格局，由於這些部門所處地位和利益不同，在管理和決策上經常發生矛盾，管理十分混亂。
（二）農村社會醫療保險製度行政管理體製創新
由以上分析可知，要在全國推行統一的省級統籌，就必須打破既有的地方利益格局，而要排除阻力重重的利益格局障礙，就要依靠中央政府的強製力，改革現有的行政管理體製，實行省級統籌垂直管理。
在設計之前，必須要解決的一個問題是農村社會醫療保險應該由衛生行政部門管理還是社會保障部門管理。筆者在東部沿海某省新農合調研過程中，發現B縣和C縣的新農合由縣社會保障局管理。筆者查閱調研文獻資料，發現其他省也存在類似現象。有學者提出：衛生部門作為農村醫療保險的主管部門，扮演著農村衛生服務係統的管理者與農村衛生保障係統的管理者雙重身份，它實際上代表了農村醫療保險製度中需方（農民）和供方（醫療機構）兩個矛盾雙方的利益，在這種既要維護矛盾雙方利益，又要規範雙方行為的職責要求下，從管理理論上認識，這種管理體製很難實現農村醫療保險製度的公平與醫療機構效益的一致性。
筆者對此並不認同，理由如下。第一，從世界各國醫療保險的行政管理製度看，各國逐步把醫療保障從社會保障中分離出來，與健康管理職能加以合並。例如，巴西在1988年，把社會健康保險製度從社會保障製度中拆出來，與衛生部合並組成新的衛生部，全麵負責衛生籌資和服務管理；日本2001年把厚生省和勞動省合並為厚生勞動省，統一管理衛生、社會保障和社會福利事務；德國2002年把原來勞動和社會政策部的社會保障分支與原衛生部合並，組建成新的衛生和社會保障部。目前，世界上有70%的國家和地區，其醫療服務與基本醫療保險是由同一個政府部門管理，尤其在發達國家這一比例更高。在經合組織和七國集團中，這一比例分別為83%和100%。第二，從農村醫療保險發展的實踐看，衛生部新聞辦主任鄧海華指出衛生部“一手托兩家”的管理體製對於醫療服務和醫療保障的結合非常有利，不能被人為地割裂。第三，由衛生部門管理農村醫療保險，並不會激化供需雙方矛盾，而是緩和雙方矛盾，同時也減少部門之間的談判協調成本。相反，如果由其他部門，如社會保障部門管理，供需雙方矛盾並不會由此消失，更可能凸顯，而且兩部門力爭各自的部門利益，反而導致交易成本增加。製度經濟學認為，判斷一種製度是否有效率，主要看它能否有效降低交易成本。因此，筆者認為，農村社會醫療保險由衛生部門管理，可以降低交易成本，是一種有效率的組織結構。