初平元年春正月，後將軍袁術、冀州牧韓馥、英雄記曰：馥字文節，潁川人。為禦史中丞。董卓舉為冀州牧。於時冀州民人殷盛，兵糧優足。袁紹之在勃海，馥恐其興兵，遣數部從事守之，不得動搖。東郡太守橋瑁詐作京師三公移書與州郡，陳卓罪惡，雲「見逼迫，無以自救，企望義兵，解國患難。」馥得移，請諸從事問曰：「今當助袁氏邪，助董卓邪？」治中從事劉子惠曰：「今興兵為國，何謂袁、董！」馥自知言短而有慚色。子惠複言：「兵者凶事，不可為首；今宜往視他州，有發動者，然後和之。冀州於他州不為弱也，他人功未有在冀州之右者也。」馥然之。馥乃作書與紹，道卓之惡，聽其舉兵。豫州刺史孔伷、英雄記曰：伷字公緒，陳留人。張璠漢紀載鄭泰說卓雲：「孔公緒能清談高論，噓枯吹生。」兗州刺史劉岱、岱，劉繇之兄，事見吳誌。河內太守王匡、英雄記曰：匡字公節，泰山人。輕財好施，以任俠聞。辟大將軍何進府進符使，匡於徐州發強弩五百西詣京師。會進敗，匡還州裏。起家，拜河內太守。謝承後漢書曰：匡少與蔡邕善。其年為卓軍所敗，走還泰山，收集勁勇得數千人，欲與張邈合。匡先殺執金吾胡母班。班親屬不勝憤怒，與太祖並勢，共殺匡。勃海太守袁紹、陳留太守張邈、東郡太守橋瑁、英雄記曰：瑁字元偉，玄族子。先為兗州刺史，甚有威惠。山陽太守袁遺、遺字伯業，紹從兄。為長安令。河間張超嚐薦遺於太尉硃俊，稱遺「有冠世之懿，幹時之量。其忠允亮直，固天所縱；若乃包羅載籍，管綜百氏，登高能賦，睹物知名，求之今日，邈焉靡儔。」事在超集。英雄記曰：紹後用遺為揚州刺史，為袁術所敗。太祖稱「長大而能勤學者，惟吾與袁伯業耳。」語在文帝典論。濟北相鮑信信事見子勳傳。同時俱起兵，眾各數萬，推紹為盟主。太祖行奮武將軍。
二月，卓聞兵起，乃徙天子都長安。卓留屯洛陽，遂焚宮室。是時紹屯河內，邈、岱、瑁、遺屯酸棗，術屯南陽，伷屯潁川，馥在鄴。卓兵強，紹等莫敢先進。太祖曰：「舉義兵以誅暴亂，大眾已合，諸君何疑？向使董卓聞山東兵起，倚王室之重，據二周之險，東向以臨天下；雖以無道行之，猶足為患。今焚燒宮室，劫遷天子，海內震動，不知所歸，此天亡之時也。一戰而天下定矣，不可失也。」遂引兵西，將據成皋。邈遣將衛茲分兵隨太祖。到滎陽汴水，遇卓將徐榮，與戰不利，士卒死傷甚多。太祖為流矢所中，所乘馬被創，從弟洪以馬與太祖，得夜遁去。榮見太祖所將兵少，力戰盡日，謂酸棗未易攻也，亦引兵還。
太祖到酸棗，諸軍兵十餘萬，日置酒高會，不圖進取。太祖責讓之，因為謀曰：「諸君聽吾計，使勃海引河內之眾臨孟津，酸棗諸將守成皋，據敖倉，塞轘轅、太穀，全製其險；使袁將軍率南陽之軍軍丹、析，入武關，以震三輔：皆高壘深壁，勿與戰，益為疑兵，示天下形勢，以順誅逆，可立定也。今兵以義動，持疑而不進，失天下之望，竊為諸君恥之！」邈等不能用。
太祖兵少，乃與夏侯惇等詣揚州募兵，刺史陳溫、丹楊太守周昕與兵四千餘人。還到龍亢，士卒多叛。魏書曰：兵謀叛，夜燒太祖帳，太祖手劍殺數十人，餘皆披靡，乃得出營；其不叛者五百餘人。至銍、建平，複收兵得千餘人，進屯河內。
劉岱與橋瑁相惡，岱殺瑁，以王肱領東郡太守。袁紹與韓馥謀立幽州牧劉虞為帝，太祖拒之。魏書載太祖答紹曰：「董卓之罪，暴於四海，吾等合大眾、興義兵而遠近莫不響應，此以義動故也。今幼主微弱，製於奸臣，未有昌邑亡國之釁，而一旦改易，天下其孰安之？諸君北麵，我自西向。」紹又嚐得一玉印，於太祖坐中舉向其肘，太祖由是笑而惡焉。魏書曰：太祖大笑曰：「吾不聽汝也。」紹複使人說太祖曰：「今袁公勢盛兵強，二子已長，天下群英，孰逾於此？」太祖不應。由是益不直紹，圖誅滅之。
二年春，紹、馥遂立虞為帝，虞終不敢當。
夏四月，卓還長安。
秋七月，袁紹脅韓馥，取冀州。
黑山賊於毒、白繞、眭固等眭，申隨反。十餘萬眾略魏郡、東郡，王肱不能禦，太祖引兵入東郡，擊白繞於濮陽，破之。袁紹因表太祖為東郡太守，治東武陽。
三年春，太祖軍頓丘，毒等攻東武陽。太祖乃引兵西入山，攻毒等本屯。魏書曰：諸將皆以為當還自救。太祖曰：「孫臏救趙而攻魏，耿弇欲走西安攻臨菑。使賊聞我西而還，武陽自解也；不還，我能敗其本屯，虜不能拔武陽必矣。」遂乃行。毒聞之，棄武陽還。太祖要擊眭固，又擊匈奴於夫羅於內黃，皆大破之。魏書曰：於夫羅者，南單於子也。中平中，發匈奴兵，於夫羅率以助漢。會本國反，殺南單於，於夫羅遂將其眾留中國。因天下撓亂，與西河白波賊合，破太原、河內，抄略諸郡為寇。
夏四月，司徒王允與呂布共殺卓。卓將李傕、郭汜等殺允攻布，布敗，東出武關。傕等擅朝政。
青州黃巾眾百萬入兗州，殺任城相鄭遂，轉入東平。劉岱欲擊之，鮑信諫曰：「今賊眾百萬，百姓皆震恐，士卒無鬥誌，不可敵也。觀賊眾群輩相隨，軍無輜重，唯以鈔略為資，今不若畜士眾之力，先為固守。彼欲戰不得，攻又不能，其勢必離散，後選精銳，據其要害，擊之可破也。」岱不從，遂與戰，果為所殺。世語曰：岱既死，陳宮謂太祖曰：「州今無主，而王命斷絕，宮請說州中，明府尋往牧之，資之以收天下，此霸王之業也。」宮說別駕、治中曰：「今天下分裂而州無主；曹東郡，命世之才也，若迎以牧州，必寧生民。」鮑信等亦謂之然。信乃與州吏萬潛等至東郡迎太祖領兗州牧。遂進兵擊黃巾於壽張東。信力戰鬥死，僅而破之。魏書曰：太祖將步騎千餘人，行視戰地，卒抵賊營，戰不利，死者數百人，引還。賊尋前進。黃巾為賊久，數乘勝，兵皆精悍。太祖舊兵少，新兵不習練，舉軍皆懼。太祖被甲嬰胄，親巡將士，明勸賞罰，眾乃複奮，承間討擊，賊稍折退。賊乃移書太祖曰：「昔在濟南，毀壞神壇，其道乃與中黃太乙同，似若知道，今更迷惑。漢行已盡，黃家當立。天之大運，非君才力所能存也。」太祖見檄書，嗬罵之，數開示降路；遂設奇伏，晝夜會戰，戰輒禽獲，賊乃退走。購求信喪不得，眾乃刻木如信形狀，祭而哭焉。追黃巾至濟北。乞降。冬，受降卒三十餘萬，男女百餘萬口，收其精銳者，號為青州兵。