037 續編 集部 三山鄭菊山先生淸雋集一卷 據林佶手鈔本景印 宋 鄭起
038 續編 集部 所南翁一百二十圖詩集一卷錦錢餘笑二十四首一卷鄭所南先生文集一卷附校勘記一卷 據林佶手鈔本景印 宋 鄭思肖
039 續編 集部 先天集十卷附錄二卷. 山屋許先生事錄一卷 據明嘉靖本景印 宋 許月卿
040 續編 集部 蕭冰厓詩集拾遺三卷 據明本景印 宋 蕭立
041 續編 集部 存複齋文集十卷附錄一卷 據明本景印 元 朱德潤
042 續編 集部 張光弼詩集七卷 據明鈔本景印 元 張昱
043 續編 集部 茗齋集二十三卷. 據手稿刊本鈔本景印 清 彭孫貽
044 續編 集部 明詩九卷 據手稿刊本鈔本景印 清 彭孫貽
045 續編 集部 雍熙樂府二十卷 據明嘉靖本景印 明 郭勳
046 續編 集部 白雲齋選訂樂府吳騷合編四卷 據明崇禎本景印 明 張楚叔
047 三編 經部 詩集傳二十卷 據宋本景印 宋 朱熹
048 三編 經部 中庸說殘三卷（存卷一至三） 據宋本景印 宋 張九成
049 三編 史部 編年通載殘四卷（存卷一至四） 據宋本景印 宋 章衡
050 三編 史部 太宗皇帝實錄殘二十卷（存卷二十六至三十五、卷四十一至四十五、卷七十六至八十） 據宋館閣鈔本舊鈔本宋鈔本景印 宋 錢若水
051 三編 史部 元朝秘史十卷續集二卷 據景元鈔本景印 元 口 口
052 三編 史部 明史鈔略殘七卷 據石門呂氏鈔本景印 清 莊庭鑨
053 三編 史部 罪惟錄九十卷 據手稿本景印 清 查繼佐
054 三編 史部 東山國語不分卷 據海寧張氏鐵如意館傳錄本景印 清 查繼佐
055 三編 史部 天下郡國利病書不分卷.顧亭林先生年譜一卷 據手稿本景印 清 顧炎武
056 三編 子部 圖畫考七卷 據鈔本景印 元 盛熙明
057 三編 子部 丞相魏公譚訓十卷附校勘記一卷 據舊鈔本景印 宋 蘇象先
058 三編 子部 景德傳燈錄三十卷 據宋本景印 宋 釋道原
059 三編 子部 文始眞經三卷附校勘記一卷 據明本景印 周 尹喜
060 三編 子部 新雕洞靈眞經五卷附校勘記一卷 據宋本景印 周 庚桑楚
061 三編 集部 頤堂先生文集五卷 據宋本景印 宋 王灼
062 三編 集部 蟻術詩選八卷 據明本景印 元 邵亨貞
063 三編 集部 蟻術詞選四卷 據明本景印 元 邵亨貞
064 三編 集部 居易堂集二十卷集外詩文一卷 據淸康熙二十三年本景印 清 徐枋
065 三編 集部 虛齋樂府二卷 據景宋鈔本景印 宋 趙以夫
066 三編 集部 梨園按試樂府新聲三卷附校記一卷 據元本景印 元 口口
《四部叢刋》與《四庫全書》相同書目（清 乾隆以後書目）
序號 編序號 部序號 書名 版本 著者
001 初編 集部 惜抱軒文集十六卷詩集十卷 據淸嘉慶十二年本景印 清 姚鼐
002 初編 集部 戴東原集十二卷. 戴東原先生年譜一卷 據經韻樓本景印 清 段玉裁
003 初編 集部 鮚埼亭集三十八卷外編五十卷. 全謝山先生年譜一卷經史問答十卷 據淸姚江借樹山房本景印 清 全祖望
004 初編 集部 鮚埼亭詩集十卷 據舊鈔本景印 清 全祖望
005 初編 集部 洪北江詩文集六十六卷. 洪北江先生年譜一卷 據北江遺書本景印 清 洪亮吉
006 初編 集部 孫淵如詩文集二十一卷. 長離閣集一卷 據淸嘉慶蘭陵孫氏本景印 清 孫星衍
007 初編 集部 抱經堂文集三十四卷 據淸嘉慶二年本景印 清 盧文弨
008 初編 集部 潛硏堂文集五十卷詩集十卷詩續集十卷 據淸嘉慶十一年本景印 清 錢大昕
009 初編 集部 述學內篇三卷外篇一卷補遺一卷別錄一卷. 春秋述義一卷 據汪氏本景印 清 汪中
010 初編 集部 容甫先生遺詩五卷補遺一卷附錄一卷 據汪氏本景印 清 汪中
011 初編 集部 揅經室一集十四卷二集八卷三集五卷四集二卷詩十一卷續集九卷外集五卷 據淸道光阮氏本景印 清 阮元
012 初編 集部 大雲山房文稿初集四卷二集四卷言事二卷補編一卷 據淸同治本景印 清 惲敬
013 初編 集部 定盫文集三卷續集四卷補五卷 據吳氏本景印 清 龔自珍
014 初編 集部 定盫文集補編四卷 據淸朱氏本景印 清 龔自珍
015 初編 集部 茗柯文初編一卷二編二卷三編一卷四編一卷 據淸同治八年本景印 清 張惠言
016 初編 集部 茗柯文補編二卷外編二卷 據淸道光陳善本景印 清 張惠言
017 初編 集部 曾文正公詩集三卷文集三卷 據淸同治本景印 清 曾國藩
018 續編 史部 嘉慶重修一統誌五百六十卷 據進呈鈔本景印 敕撰
019 續編 史部 嘉慶重修一統誌索引 據進呈鈔本景 敕撰
《四部叢刋》與《四庫全書》書目對照
《四庫全書》版本主要是敕撰本、內府本、各省采進本、私人進獻本、通行本及《永 樂 大 典》本。雖廣博而不精良加之刪削或禁毀使其失真。《四庫全書》版本在《四庫提要》中略提一二但並無版本出處具體說明。《四部叢刊》之版本得益於張元濟先生改定書目，反複嚴選，原版景印。收入《四庫全書》未收之精品書目，彙萃名藏古籍，至此所得善本甚多。以下資料以《四部叢刊》477種書目為主與《四庫全書》全部書目對照。對照表中《四庫全書》書目空白處為《四庫全書》未收入書目。
1.書名相同者共計：245種 。占百分之51.36 例：《六臣注文選》等
2.同書不同名者 共計：143種 占百分之29.99例：《四部叢刊》稱做《汲塚周書》而《四庫全書》稱做《逸周書》。
3.《四庫全書》未收錄的書目 共計：89種 占百分之18.65例：《四部叢刊》中 的《罪惟錄》《曾文正公詩集》等。