寓居中國的阿拉伯士兵、商人，以及一些留華的阿拉伯貢使、避難歸附者等等，可以說都是外國人。但是，當他們為了滿足自身的宗教生活需要，開始在中國興建禮拜寺(清真寺)、建公共墓地後，他們和中國的關係一天一天地密切起來，從而把伊斯蘭教從西亞的阿拉伯半島帶入東亞的中國。元時，朝廷文書中把伊斯蘭教與信奉伊斯蘭教的民族混稱為“回回”。這些人以前僅能在通商口岸長期居住，現在則可在內地各大都市居住，身份上也發生了變化，被稱為“番客回回”。以前他們在中國僅是作客，現在則可作主人翁，由僑居之“番客”漸至“土生番客”，成為中國穆斯林的先祖。留居下來的番客在華娶妻生子，世代相傳，改宗伊斯蘭教者日漸增多，與外界的聯係日益頻繁和擴大。
元末明初，大批西域回回散居全國各地，伊斯蘭教在我國廣泛傳播，穆斯林聚居區大量出現，“大分散、小集中”的分布格局初見雛形。《明史?西域傳》說“元時回回遍天下”。穆斯林聚居區普遍興建起清真寺，作為穆斯林宗教活動的場所，這也是伊斯蘭教在中國獲得官方承認的主要標誌。
明洪武元年（1368年）明太祖高皇帝頒旨在金陵修築敕建清真寺，朱元璋親筆題寫《百字讚》讚美伊斯蘭教。《百字讚》寫道：“乾坤初始，天籍注名。傳教大聖，降生西域。授受天經，三十部冊，普化眾生。億兆君師，萬聖領袖。協助天運，保庇國民。五時祈祐，默祝太平。存心真主，加誌窮民。拯救患難，洞徹幽冥。超拔靈魂，脫離罪業。仁覆天下，道冠古今。降邪歸一，教名清真。穆罕默德，至貴聖人。”(《百字讚》譯文：天地日月初分，人類剛剛誕生，伊斯蘭教和天籍《古蘭經》已經形成。真主將伊斯蘭教傳授給至聖先知穆罕默德，讓他降生在天方阿拉伯國。真主頒降給穆罕默德多達30本的《古蘭經》，指示他普遍地教育民眾，轉移人心風俗。先知穆罕默德成為億萬民眾的君王和導師，也是所有聖賢的最高領袖。他協助真主行使符合天道的職權，庇護人間的國王，通過每天五次的禮拜，祈禱保佑萬眾安寧，默默祝願天下太平。先知穆罕默德一心敬奉真主，立誌於引導陷入困窘的世人，把民眾從患難中拯救出來，他洞徹陰與陽、生與死、善與惡、智與愚。先知穆罕默德使世人的靈魂受到滌清獲得超拔，永遠脫離罪孽的苦海，使真主的仁慈覆蓋天下。正教的道理自古流傳到現今。人們將降伏邪魔歸於唯一真主的正教尊稱為清真教即伊斯蘭教，把先知穆罕默德尊奉為最高貴的聖人。)
清朝初期，伊斯蘭教不僅在葉爾羌汗國被奉為官方宗教，也已成為維吾爾族全民的信仰，並被新疆哈薩克族、柯爾克孜族和塔吉克族普遍接受。
迄今發現的最早的一部中國穆斯林繕寫《古蘭經》的手抄本，現存在北京東四清真寺，抄寫時間為伊斯蘭教曆1718年6月。中國第一部《古蘭經》漢文通譯本，是李鐵錚根據日文譯本、參照英文譯本，轉譯而成的《可蘭經》，1927年由北平中華印刷局出版發行。中國穆斯林的第一部直接譯自阿拉伯文的《古蘭經》漢文通譯本，出自王靜齋之手，分別用文言體、經堂語及語體文先後譯竣印行了甲(1932年)、乙(1941年)和丙(1946年)三種譯本。1981年，中國社會科學出版社出版了馬堅(1906～1978年)的《古蘭經》漢譯全本，這是目前最為流行的譯本，其文“忠實、明白、流利”三者並舉，受到中國穆斯林的肯定和高度評介。
世代居住在中國的穆斯林除受伊斯蘭文化影響外，同時受到中國傳統文化的強烈影響。經過1000多年的發展，伊斯蘭教不僅在我國回族、維吾爾族等10個少數民族中紮下了根，而且形成了中國化的伊斯蘭教，主要表現在教坊製和經堂教育兩個方麵。所謂教坊，就是以清真寺為中心的穆斯林聚居區。為了宗教活動和生活習俗上的便利，穆斯林習慣在住地修建清真寺，並圍寺而居。當代，清真寺民主管理委員會協助當地政府管理穆斯林宗教事務。中國伊斯蘭教經堂教育開創者是陝西關中的經學大師胡登洲(1522～1597年)。兼熟漢文儒家經典和阿文伊斯蘭經典的胡登洲最初在家收徒講學，後移至清真寺中，從而將以清真寺為中心的教學形式與中國傳統的私塾教育相結合，並在教學結構、課程設置、授課形式、考核、畢業等方麵形成了一套製度，奠定了中國伊斯蘭教經堂教育的基礎。全國穆斯林聚居地區紛紛效法，至明末清初，各地都興起了較大規模的經堂教育。經堂教育提倡中阿文兼授，因此培養出的學生對中國社會具有良好的適應性。