1855年11月23日，革命政府頒布了第一道改革法令《訴訟程序法》。法令規定，取消教會和軍隊的司法特權，教士不得參與政治，政教分離等。法令頒布後引起極大震動。保守的教會、地主和軍官們惶恐不安，他們利用威脅、叛亂等手段向革新派反攻。12月，在保守派的壓力下阿爾瓦雷斯總統被迫辭職，將政權交給了較為溫和的柯蒙福特。柯蒙福特不讚成劇烈的社會變革，企圖使革命帶上溫和的色彩。但是，改革的中堅分子並不妥協，他們在廣大人民群眾的支持下，一步又一步將改革推向深入。
1856年初，政府頒布了出版自由、取消行會、拆除地方關卡、實行公製度量標準等一係列法令。2月，製憲會議開幕並批準了之前公布的限製特權法令，其中包括取消教會和軍隊特權的《胡亞雷斯法》。1856年6月25日，由著名的革新派領袖、財政部長米格爾·萊爾多·德特哈達起草的《關於禁止世俗和教會團體占有不動產的法令》（又稱“萊爾多法”）頒布。法令宣布，一切世俗和教會團體所占有和支配的土地及其他城鄉不動產均需在3個月內轉歸其承租人所有，如無承租者，可售予任何買主，所得款項可用作開發工、農業的投資。這一法令的執行，意味著長期以來教會等社團占有大量土地等死財產現象的結束，不僅在經濟上剝奪了教會的特權，而且使之重新投入商品流通，大大促進了資本主義的發展。1857年2月5日，墨西哥自獨立以來的又一部憲法頒布。新憲法除重申墨西哥為代議製民主共和國外，充分肯定了改革以來所取得的各項成果，沉重打擊了封建勢力，為建立現代資產階級共和政體奠定了基礎。
改革的深入使保守派再也不能忍受了。1857年12月17日，保守派軍官蘇洛阿加率部起義，宣布新憲法無效，逮捕激進派領袖，並向首都進軍。1858年1月，柯蒙福特戰敗出逃。擁護新憲法的70名議員在克雷塔羅城組成了以前司法部長胡亞雷斯為首的新政府。從此，以胡亞雷斯為首的革新派和以教會為代表的保守派間開始了長達3年之久的改革戰爭。起初，保守派由於教會和軍隊的支持在戰場上占據主動。後來，主動權逐漸轉向革新派一方。1859年7月胡亞雷斯頒布了“改革法”。改革法宣布教會是內戰的主要敵人，政府將沒收教會的一切財產用以支付戰爭的費用，同時宣布了政教分離、信仰自由、戶籍世俗化等限製教會特權的更為激烈的措施。1859年改革法及隨後頒布的關於出版自由、改革教育、廉價出售教會土地等一係列法令和1856年法、1857年憲法等一起被稱為是改革運動中最重要的文件。
從1860年初起，自由派勝利的曙光已開始出現。8月，保守派的軍隊首次戰敗。12月25日革新派的軍隊攻占首都。1861年1月胡亞雷斯政府由維拉克魯斯遷回墨西哥城。1861年6月，胡亞雷斯正式當選為墨西哥總統。革新運動以革新派的徹底勝利而告終。