匈牙利革命的巨大勝利，使國際反動派大為震驚。無力鎮壓匈牙利革命的奧皇急忙請求沙皇派兵援助，沙皇俄國也竭力主張鎮壓匈牙利革命。5月29日，14萬沙皇俄國軍隊兵分兩路進攻匈牙利。沙皇俄國出兵幹涉，使匈牙利革命處於腹背受敵的境地。6月，10多萬奧地利軍隊又從西麵進攻，這樣為數僅17萬的匈牙利軍隊不得不與24萬奧俄軍隊兩麵作戰。匈牙利軍隊懷著對祖國的無限熱愛和對侵略者的滿腔仇恨，同奧俄軍隊進行了激烈的戰鬥，多次擊潰了奧俄軍隊的進攻。但是，匈牙利軍隊在科馬羅姆同奧俄軍隊展開的會戰中，遭到了慘重的失敗。這時，在特蘭西瓦尼亞戰場上，貝姆將軍指揮的匈軍仍然在同奧俄聯軍進行殊死的戰鬥。這支部隊在廣大人民群眾的熱情支持下，采用機動靈活的戰略戰術，重創了奧俄聯軍，粉碎了他們的進攻，取得了輝煌戰果。但這支疲憊不堪的部隊在7月31日的吉格爾什瓦爾戰役中被擊敗，裴多菲也在此役中英勇犧牲。
7月中旬，俄國侵略軍占領了匈牙利東部和東北部地區後，繼續向首都佩斯推進，打算在那裏同奧地利軍隊會合，兩麵夾攻集中在西部邊境的匈牙利軍隊。但是，奧軍沒有理會俄軍的行動計劃而單獨向南推進，致使俄軍處於孤立無援的地步。在這種有利形勢下，科蘇特命令匈牙利軍隊總指揮戈爾蓋在科馬羅姆要塞留下一支強有力的衛戍部隊，將其餘主力部隊向西部開進，以便同西部的匈牙利軍隊會合，共同打擊俄軍。但戈爾蓋拒絕執行命令，並暗中同俄軍頭目進行投降談判。迫於革命軍官和廣大士兵的強大壓力，戈爾蓋不得不率領匈牙利軍隊向西南推進。但當匈牙利軍隊在瓦茨迂回到俄軍先頭部隊前麵時，他不僅不指揮匈牙利軍隊打擊俄軍的先頭部隊，反而命令匈牙利軍隊向南轉移。表麵上好像與西部的匈牙利軍隊會合，實際上把匈牙利軍隊引進了俄軍的包圍圈裏。8月13日，戈爾蓋在維拉哥什向俄軍繳械投降，無恥地出賣了匈牙利的革命事業。守衛在科馬羅姆要塞的匈牙利軍隊也於9月底被迫向俄軍投降，匈牙利民族解放戰爭最終失敗。
在投降前的8月10日，科蘇特在戈爾蓋等投降派的威脅下，交出了政權，與貝姆等其他匈牙利革命領袖離開匈牙利，流亡土耳其。
匈牙利民族解放戰爭失敗後，沙皇俄國指使奧地利統治集團和戈爾蓋叛徒集團，在匈牙利土地上恢複了舊的封建秩序，對匈牙利革命者和匈牙利人民進行了瘋狂的反攻，開始了殘酷的大屠殺。整個匈牙利處在白色恐怖之中。
匈牙利民族解放戰爭的失敗是諸多因素綜合作用的結果。不利的國際形勢和沙皇俄國的武裝幹涉是失敗的直接原因，但沒有先進的階級及其政黨的領導是根本原因。同時沒有廣大農民群眾的有力支持以及沒有正確解決好匈牙利內部的民族問題也是失敗的重要原因。
匈牙利民族解放戰爭沉重打擊了奧地利和匈牙利的封建製度，推動了匈牙利資本主義的進一步發展，為被壓迫民族的解放鬥爭樹立了光輝的榜樣，在波瀾壯闊的1848年歐洲革命史上寫下了光輝的一頁。它是具有全歐意義和深遠曆史意義的一場革命戰爭。