周總理的報告在首都高校引起了強烈反響。為了學習好周總理的指示精神，首都高校成立了京津高等教育學習委員會，簡稱“總學委會”，由當時的教育部部長馬敘倫任主任委員，委員有北大校長馬寅初、清華大學校務委員會主席葉企孫、燕京大學校長陸誌韋等。1951年12月15日，中央教育部向全國高校發出了通知，介紹京、津兩地高校教師學習情況和初步經驗並推向全國。
由此，一場轟轟烈烈的思想改造運動以燎原之勢迅速遍及全國。
1951年底，清華、北大發出通知：該學期的期末考試暫停，學生配合教師做好思想改造運動和“三反”運動。
這是新中國為知識分子準備的第一份“禮物”。在巨大的社會浪潮之下，連普通的學生、工人都領會到其中的意義，而作為“社會名流”的葉企孫竟保持著他孩童式的天真。他對薩本棟的仗義執言就是一例。他是清華大學的第一號人物，有表達自己思想的機會，所以他說：“高校教育與科研，要‘自由、民主’”，“共產主義我讚成，最恨的是很多材料不讓人看”，“戰爭永不會消除，帝國主義消滅後，共產黨內部又要打了，南斯拉夫就是一例”。他還批評馮友蘭發表的“美國法西斯化”太過分了……這樣一個“不識時務”的校務委員會主席，不批他批誰？
1952年1月16日，葉企孫在全校幹部大會上作第一次檢討，他概括地談了自己的工作：“辦公時間很少，每天隻一點半到兩點半”，“過去對政治學、經濟學一向不感興趣，解放後在政治學習上時間也花得很少，因此，水平不高，思想領導做得不夠。”這確實是葉企孫的肺腑之言，天真的他以為這樣就是檢討，就是所謂的思想改造，他還幻想著讀完檢討趕緊回去做他的某項物理實驗。可是他沒有想到，這個時候似乎整個清華大學都比他這個校務委員會主席對運動領會得深刻，比他更深地吃透了這個運動的精神。工學院的老師批評他“以理壓工”，化學係教授張子高批評他“對新鮮事物感覺遲鈍”，地質係張席褆批評他“對政治太不熱情，在旁觀”，連他的好朋友陳岱孫、張奚若也批評他“今天講興趣太無關了，每年畢業生都是統一分配，而你還講個人興趣。以後不應再認為政府就是政府，學校就是學校，兩不相幹”。最後張仙洲更是一語中的：“葉企孫應向教育部自請處分！”許多人還認為葉企孫的檢討過於空洞，沒有發自肺腑，不能通過。群眾也自由發言，紛紛對他的檢討表示不滿，致使當晚的幹部會議繼續舉行直到深夜一點多鍾。
這種結果，葉企孫是缺少思想準備的，他沒有想到他在清華人心目中的形象原來是這個樣子的。他是讚成社會主義的，但不能理解這場運動的本質；他讚成大家端正一下思想，卻對於這種疾風暴雨式的批評心存疑惑。他原來隻希望大家在這場運動中互相提一下意見，有所進步就算過關了，但他沒有想到這場運動的最根本的目的，是讓知識分子脫胎換骨。葉企孫有些迷惘了。難道此身不換就不能進入社會主義？難道過往堅持科學救國的信念已成罪孽？葉企孫好像一葉突然失去動力的小船，在風暴即將到來的海麵上掙紮、旋轉、調整，企圖認清方向，劃向海岸。但風暴已經來臨，小船躍上了波峰，隻能被一種不可抗拒的力量推著向前走。
由於葉企孫的“嚴重問題”，校黨委建議他多作自我批評，多找老朋友給自己提意見，準備作第二次檢討。為此，葉企孫特地找來好朋友陳岱孫，花了一個上午給自己寫檢討。1952年1月22日，葉企孫在全校師生員工大會上再作檢討。在這次檢討中，他按陳岱孫給他寫出的大綱，給自己提出了9點錯誤、4點思想根源及3點改正的辦法。這次他是用學術研究的精神來作這次檢討的，從根源到現象再到解決的辦法，一步步緊緊相扣，內容深刻，言辭懇切。他在檢討中說自己“脫離群眾，脫離政治”，“調查、檢查及審查工作做得不好”，“不民主，搞本位主義，在院係調整時覺得清華應保持它的‘傳統’的綜合性大學的形式，主觀地搞出一套調整清華院係的方案，不考慮這方案對全國各大學的影響，還影響了一些增設的係的開辦”等等。會後群眾反映這次檢討比上次進步，但仍不深刻，要求葉企孫深挖自己思想深處的汙穢和肮髒。許多人指出葉企孫是“以資產階級觀點辦清華”，“他是繼續梅貽琦的傳統”，“北大馬校長到任後，工作有了很大的進展，為什麼我們卻沒有一個好的領導？”有的教授還批評葉企孫“不積極參加政治活動，土改也不去，而且還推行天才教育論”等等，要求葉企孫再作第三次檢討。也有人幹脆提出了“這樣思想落後的人該不該留下”等問題。不過這個問題馬上遭到了反對，大家都認為葉企孫是物理學界的元老，學術水平高，優秀門生多，而且物理離社會科學遠，如果能好好幫助他，還是能起用的，特別是在一些具有舊道德觀點的科學家教授中他還有其一定影響。此外，他的廣博的物理（及一般自然科學）知識還是能起一定作用的。隻要大家一起幫助他，觸及他的精神，洗滌他的靈魂，他還是可以找到一條新的人生道路的。
1952年1月24日，葉企孫作第三次檢討。葉企孫態度誠懇地說：“我看清楚了批評與自我批評是改正我的毛病的武器，今後一定要好好地改造自己……站穩人民立場……”直到大家熱烈地鼓掌表示滿意。運動似乎達到了它的目的。心理學係討論時提出“我們以後互相提意見時，要向葉先生看齊”，並認為“清華園很少看到這樣的民主氣氛”。外文係楊周翰說：“對葉企孫與周培源的批評感動了我，這樣的民主在外國連想也想不到。”
在關於葉企孫的情況報告中有一段文字：“他（指葉企孫）現已在清華失去了威信。故擬不再采取群眾大會的方式對之進行批評，打算找一些人幫助他一下，如沒有什麼變化，就拖著尾巴過關，以後再耐心地在長期中給以教育。”“葉企孫能這樣檢討是不容易的，應讓他過關。”（《北大與清華》，國家行政管理學院出版社1998年版，第489—490頁）
1951年4月，葉企孫再次讓全校師生為他的政治遲鈍蒙羞。那是在大禮堂接待班禪額爾德尼的大會上，葉企孫致辭，竟當著眾師生和許多高官的麵說了許多“不應該說的話”。這些不合時宜的話與他的領導身份相去甚遠。第二天，物理係的一些同學就把對他講話的意見寫成材料交給了他，葉企孫看後，專門在課堂上向大家作了道歉，他虛心地向同學們說：“同意你們的意見，謝謝！”但是，自從那次會議以後，在重大的政治活動中校行政領導的名單裏就再也找不到葉企孫的名字，而是由副主任委員周培源先生出麵了。
二
葉企孫漸漸感到他要被拋棄了。
他仿佛嗅到了那場即將到來的風暴的氣息。
果然不出葉企孫所料，1952年，全國範圍內的高等學校院係調整開始了。為了學習蘇聯老大哥，中國高校教育進行了全國一盤棋式的改革，提出了“以培養工業建設幹部和師資為重點，發展專門學院和專科學校，整頓和加強綜合性大學”的調整方針，將北京工業學院、燕京大學工業科學係並入清華大學。清華大學文、理、法3個學院並入北京大學。
憑著教育家的經驗，葉企孫知道，這種全國一盤棋的做法雖然對全國大環境來說有一定的好處，可以使一些地處邊遠的地域也能有發展教育的機會，但對於清華、北大這樣的重點綜合性大學，卻是一次傷筋動骨的肢解，應該具體問題具體分析。清華大學的理工結合在曆史上是經過長期努力才形成的，其中蘊涵著幾代人的心血和智慧，沒有一流的理科就沒有一流的工科，這是經過實踐證明的。美國麻省理工學院就是最好的例子。早在20世紀30年代，美國麻省理工學院校長康普頓就意識到了單純的工科隻能培養出一般的技師和工匠，及時將學校改造成理、工、文兼容的新型理工大學，這才有了現在譽滿全球的麻省理工學院。把每一門專業過分具體化的做法勢必會造成學生知識結構過於單一、缺乏創造性的弊端，對學生的成長極為不利，也必定為國家的發展埋下隱患。對於像清華這樣的具有理、工、文、法、農、醫等學院的基礎較好的學校，如果采取添磚加瓦的做法，而不是用分、拆的辦法，效果可能會更好。當時清華的許多教授建議葉企孫向中央反映一下情況，並寫好了一個“大清華”的教改方案。葉企孫何嚐不想保住眾多教授合力共創的清華事業，但他那時已“人微言輕”了。“以大局為重”的思想使他忍痛割愛，將這個“大清華”的教改方案壓了下來，他曾對當時和他一個辦公室的樊恭傑說過，他“感情上很難過”，“不過政府既已決定，政府有政府的想法，我們應該尊重，應該按政府的決定去做”。