北方因為天災戰禍的原因，原來邊境地區很多地方重新變成了荒蕪之地，對於土地的利用率遠沒有後世那樣的見縫插針般的密集，所以還有大量的荒地可供屯耕，可是既然是偏遠之地，生存條件肯定要相對惡劣一些，普通的民眾是不願意輕易便去這些地方落戶的，唯有通過強力政策，先將一些俘虜送到這些地方安置，帶到這些偏遠之地各種生存條件改善之後，方能推出各種優惠政策，吸引內地百姓移民，這個辦法也是對偏遠地區開發的一個不錯的辦法。
肖天健提出這個想法之後，立即便得到了文武兩方的支持，於是在天元三年下半年的時候，大中軍便開始了正式的裁軍。
一批批俘兵開始被拖家帶口的遣送往了各地的偏遠地區，而一些老弱殘兵也開始在領取到遣散費之後，逐步的返回原籍接受安置，雖然這裁撤遣散這麼多兵將，對於大中朝來說，一下便要支出一大筆銀子，但是為了今後大中朝的長治久安，戶部方麵還是想辦法咬著牙將這筆錢撥了出來。
但是作為遣散人員，諸軍之中的那些在各地講武堂結業的學員兵們，卻被肖天健要求盡數保留了下來，這些人乃是肖天健好不容易培養出來的職業軍人，不同於一般招募的兵卒，他們每個人都接受過嚴苛的訓練，對於大中朝和肖天健都非常忠誠，戰場上表現的也非常勇敢，一旦將他們裁撤回家，那可就讓肖天健心疼大了。
趁著這次南方平定和裁軍的機會，肖天健又一次對大中軍進行了一次結構性的調整，對大中朝各地軍隊進行了重新編列，按照原來大中軍推行的五五編製，對諸軍進行再一次的整編。
大中軍現在基本獨立作戰單位是師一級的作戰單位，每個陸軍師除了編入五個標準戰兵營之外，還另外編入一個師屬斥候連，一個師屬炮兵營，一個師屬輜兵營，一個師屬工兵連。
而一個營則下轄五個戰兵連，一個斥候小隊，一個營屬炮兵連，如此類推，使得一個整編師齊裝滿員的話，兵力達到一萬人左右。
另外在師一級的作戰單位之外，增設一個團一級的獨立作戰單位，通過裁撤一些部隊的同時，以留下的人員組成獨立騎兵團、獨立工兵團、獨立炮兵團、獨立輜兵團等獨立兵種的部隊，平時不編入作戰師，但是在戰時可隨時按照需要，將這些獨立團編入到作戰集團之中，作為補充和加強使用。
對於多出的人員進行裁撤，不足的人員進行以其他軍中裁撤之後留下的精兵進行補充，使之都達到齊裝滿員狀態。
原來大中軍共劃分成了四個鎮軍外加一個戰區，另外還有一個直屬近衛軍，這一次趁著整編的機會，肖天健又一次對大中軍進行了重新劃分。
取消鎮軍稱呼，並且效仿後世稱呼，將鎮軍改稱為軍區，成立西北軍區、中原軍區、北方軍區、西南軍區、東南軍區、遼東軍區以及一個近衛衛戍軍區，共七大軍區。
軍區長官的稱呼也改稱為軍區司令長官，下設一個參謀長直領一個軍區參謀部，另設兩個副司令長官，來構成軍區指揮係統，根據其作戰任務的強度不同，各轄四個到七個作戰師不等。
西北軍區還是主要負責陝西、山西一帶的防務，司令長官繼續由閻重喜擔綱。
北方軍區主要負責河北、宣大、山東一帶的防務，司令長官由刁正擔綱。
中原軍區主要負責河南、湖廣、南直隸一帶的防務，司令長官繼續由劉寶擔綱。
西南軍區則主要負責四川雲貴三省的防務，司令長官由李栓柱繼續擔綱。
東南軍區則主要負責浙江、福建、兩廣一帶的防務，司令長官由石冉擔綱。
遼東軍區則主要負責遼東一帶的軍務，司令長官由羅立擔綱，但是暫時遼東還被建奴控製，遼東軍區暫時駐於已經改稱為北平府的順天府和永平府，一部分暫時駐於山東登萊一帶，下一步大中軍勢必發動第二次北伐，光複遼東之地，遼東軍區方能移駐到遼東。
還有一個近衛衛戍軍區現在情況比較特殊，暫時駐在南直隸，負責拱衛現在的臨都南京，和中原軍區防地有所交叉，但是大中朝已經決定，今後會定都北京，所以今後衛戍軍區會隨著都城的遷都，也會移至北平府駐防，第一任司令長官由劉耀本擔綱。