另外他還要關注著各地的軍事情況，軍隊在這個時候也需要不斷的進行調整，原來的幾個鎮軍，到現在隨著大中朝掌控了越來越多的地盤之後，已經不太適應了。
每個鎮軍現在所轄的區域實在是太大，除了主帥軍權太大之外，也有些顧忌不過來，所以肖天健變有心想要在分出幾個鎮軍，像後世的幾大軍區那樣，來負責各地的軍事。
可是因為政務太忙，肖天健卻無力抽出足夠的時間來做這等事情，於是考慮再三之後，他決定成立一個內閣，設立內閣大臣，作為給他幫忙的手段。
大明的內閣大學士製度其實是有一定的可取之處的，說實在的，大明朝的皇帝勤政的根本沒有幾個，除了最初的朱元璋、朱棣和後來的崇禎之外，其餘的皇帝基本上都不太過問政事，吃喝玩樂倒是都很在行，萬曆皇帝更是罷朝近三十年，幾乎根本不理朝政，但是正因為內閣大學士撐著大明的門麵，皇帝不管事但是政務卻照常進行，也沒有因為皇帝不理朝政而導致大明垮台。
所以某種程度上這種製度，還是有一定的好處，起碼可以讓皇帝抽出身，來做些其他事情，更何況他搞出這個內閣大臣的製度，也不是說就不理朝政了，重要的事情他還是會盯緊的，而且早朝也不會廢掉，更多的實物性的事務，完全可以交給內閣大臣來處理，這樣的話他便可以抽身出來。
於是肖天健便在七月間將盧象升從北京調回了南京，雖說大中朝定都北京的事情已經確定，但是肖天健也留出了兩年的緩衝期，目前大中朝的政治中心還是在南京，而且北方在建奴山海關大敗退回關外之後，再加上有羅立、李定國等大將駐守北方，短時間之內，不管是建奴還是蒙古人都不敢再輕易犯邊，而且盧象升在這一年時間裏，也將順天府的事務處理的差不多了，留著他在北京也是浪費，故此肖天健幹脆便將盧象升調回了南京城。
通過和諸臣商議之後，肖天健在大中朝組閣，建立起了一個內閣大臣製度，盧象升充任第一任內閣總理大臣，至於諸部的尚書，則全部入閣充作協理大臣，另外肖天健還令孫傳庭也進入到了內閣之中，作為一個協理大臣，幫助盧象升來做事。
這些大臣們的行政能力都是相當強的，上麵再加上有肖天健來掌舵，有盧象升這個公心甚重之人來主持內閣，肖天健沒有什麼不放心的。
於是在八月的時候，內閣便開始了運轉，各種繁瑣的政務開始移交到了內閣之中進行處理，一般的事情內閣大臣商議之後，便可以以內閣的名義批複下去執行，一些大事特別是軍務方麵的事情，則在內閣之中議定以後，呈交給肖天健來最後拍板，如此一來大量的行政事務便轉到了內閣之中進行處理，大大的減輕了肖天健的負擔，將他從繁重的政務之中給解放了出來。
這令肖天健大大的喘了一口氣，對於這次組建內閣大臣的事情，朝中諸臣基本上沒有提出什麼反對意見，畢竟大明之前也有內閣大學士來幫助皇帝主持政務，現在肖天健推行內閣製度，也不算是出奇，而且肖大皇帝願意將一部分權力下放到他們這些重臣手中進行處理，這也是他們樂見其成的事情，雖然他們都是大中朝的大臣，但是也不想所有的大權就這麼一直都被肖天健控製著，現如今肖天健主動提出來，讓內閣大臣們來處理一些政務，對於他們來說自然是好消息，誰要是提反對意見的話，那就真是昏頭了。
盧象升非常感激肖天健對他的這種信任，他很清楚這個內閣總理大臣的分量，說白了他現在已經是一人之下萬人之上了，這個內閣總理大臣也基本上算是宰相了，不過和宰相不同的是，內閣處理政務的時候，總理大臣也要聽協理大臣們的意見，有時候需要一起商量之後才能決定，而且對於內閣的成員，總理大臣也沒有任免的權力，這樣一來也就避免了總理大臣一人獨斷專行.
至於協理大臣，權力也比起以往的各部尚書有所增大，一些事情協理大臣便可以自行處理，而且各自分管一塊，相互之間既有配合又有牽製，對於這樣的做法，協理大臣自然也很是高興。
不過最重要的是許多政務通過內閣大臣，便可以處理，這樣一下就把肖天健這個皇帝給從政務堆之中解放了出來，使得肖天健總算是可以喘一口氣了。
但是肖天健也並未就此放鬆下來，剛剛將繁瑣的政務移交給內閣處理之後的他，便一頭紮入到了另一項事務之中。
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