湄洲有嘉應和嘉佑二怪，經常出沒害民。有一天，一位船客遭遇妖魔作怪，船將沉沒。媽祖聞之即化作一貨船，前去救難。嘉佑見貨船前來，隨即來追貨船。媽祖口念神咒，將其製服。嘉佑當即叩首服罪，媽祖就將其收入水闕仙班,為己所用。為製服嘉應，媽祖施計，於山路獨行，嘉應以為隻是民間美女，便起歹心前來觸犯，媽祖一揮拂塵，嘉應見之不妙,遂傖惶逃去。時隔一年，嘉應又出來為害百姓，媽祖說道：
“你這個怪物不歸正道，經常擾害人間,我必除之!”
於是叫村民帶上符咒焚香齋戒，自己則乘小舟，到海上出其不意，用雨網罩住嘉應,嘉應願降,媽祖也將嘉應收為水闕仙班一員。
湄洲西北方向有二神，一為順風耳，一為千裏眼。二神經常出沒貽害百姓。百姓祈求媽祖懲治二神。為了降服二神，媽祖與村女們一起上山勞動，等待二神的出現.這樣一直過有十多天,二神終於出現了，當二神剛想撲捉山上的村民時，媽祖忽大喝一聲,跟著現出十丈金身,並大聲嗬斥二神.那二神弄不清所以，持斧疾視.媽祖遂拂動手中絲帕，頓時狂風大作，二神見媽祖神威廣大，嚇得並不敢近身,急化作一道火光而去.
兩年後，二神來海上再次作崇，揮動鐵斧十分厲害，媽祖用神咒呼風吹動飛石,將二神手中的鐵斧打落水中,二神隻好認罪服輸，願為媽祖效力，於是媽祖收伏二神為護法大將。
有一天，護法大將來報說,海上有一怪物叫晏公，時常在海上興風作浪，弄翻船隻。媽祖接報,遂駕船駛進東海，正遇怪物開始興風作浪.這時,媽祖乘坐的船隻搖晃的非常厲害。媽祖即令拋錨，就見前方波濤中有一大船,船上有一金冠繡袖、掀髯突睛之神在作怪。媽祖不動聲色，就掀起狂風巨浪與之抗擊,小龍女本是母龍之體,晏公哪裏是媽祖的對手,沒用三個回合,就要掀翻他的大船,晏公害怕媽祖的神威，但一時不服媽祖的法力,於是變成一條蛟龍，繼續興風作浪.媽祖說到：“此妖不除，風波不息”，遂顯現出三頭巨龍形像,將蛟龍的尾巴緊緊咬住.蛟龍負疼難忍,隻好叩拜願降.媽祖即複原身,命晏公為部下總管,負責統領十八位水闕仙班護衛海上船民.
湄洲中部,有一個叫高裏的地方出了一個瘟妖，它所過之處,人畜俱染上百病，當地百姓深受受其害，當地百姓來求媽祖治病除害，媽祖便將觀世音菩薩傳與她的免厄小咒,教給求治者，並叮囑百姓回去後，將符咒貼於病人床頭上,妖邪即不敢來擾。那妖怪知符咒有無邊法力，於是變成一隻小鳥逃去，媽祖追出，見鳥藏在樹上，鳥嘴還噴出一團黑氣，媽祖施法將鳥抓獲,原來是一隻鷦鷯，媽祖馬上用符水噴灑小鳥，小鳥突然落地變成一撮枯發，媽祖取火燒之，枯發竟現出一小鬼相來。小鬼忙叩請媽祖饒命,並願皈依佛法,請媽祖收留麾下.媽祖見他身上已無瘟疫根源,又有誠意,於是將它收在麾下服役。
宋太宗雍熙四年，媽祖時年二十八歲，重陽節的前一天，她對家人說道：
“我心好清淨，不願居於凡塵世界。明天是重陽佳節，想去爬山登高。預先和你們告別。”