於是他奮筆疾書，將真相全部書之於文，終於完成《孔子列傳》。
寫罷最後一個字，天色微亮，已是清晨。他擱下筆，吹滅燈，直起身子，望著案上竹簡，萬千滋味一起湧上心頭，一時間難辨悲喜。不由得喃喃念起兒寬帛書上的那六句：
星辰下，書卷空
高陵上，文學燔
九河枯，日華熄
九江湧，天地黯
鼎淮間，師道亡
啼嬰處，文脈懸
尤其是讀到“啼嬰處，文脈懸”，更是喟歎不已，呆坐半晌，萬千感慨最終化作一聲深歎，消散於清寒之中。
正要起身，遠處忽然傳來一聲雞鳴，他心中一動：人心鬱暗，世道昏亂，孔子一片仁心，不正是這世間的一聲雞鳴？雄雞不會因世人昏睡，便不鳴叫。仁人誌士，又何嚐會因為天下無道，便杜口噤聲？孔子一生寂寞，但為傳揚仁義，明知不可為，卻不遺餘力而為之。
癡嗎？傻嗎？的確是。
但世間若沒有了這一點癡傻，人心還能剩下什麼。
人可死，魂不可滅。他精神一振，生出一念，忙抓起書刀，將卷首《孔子列傳》的“列傳”二字削刮去，重新提筆蘸墨，寫下“世家”二字。
他寫史記，是以人為綱，獨創了紀傳體，將史上人物按身份分為“本紀”、“世家”、“列傳”三類。《本紀》記帝王，《世家》記王侯，《列傳》則記載古今名臣名士、特殊人物。孔子家世低微，故而一直分在《列傳》中。但此刻想來，孔子雖不是王侯，但孔子之重，重過曆代所有王侯。世間少一位王侯，並無損失；但世間若沒有了仁義，則暗無天日。
史記完成，隻剩下最後一件事：如何流傳？
古史部分倒還好，天子也曾看過。但當代之史，不少都是隱秘醜聞，尤其景帝及當今天子本紀，他毫無避諱，秉筆直書，一旦被天子看到，必會被焚毀。
他能托付的人，隻有女兒女婿，女兒司馬英頗具膽識，自不會推托，但女婿楊敞膽小怕事，隻要看到當今天子本紀，就斷然不敢收留史記。就算他敢，一旦被察覺，也必將禍及全族。孔壁《論語》之禍已經令人慘痛，再不能為了史記，又禍害親人、傷及無辜。但如果不能公諸於世，寫史記又有何用？
司馬遷思前想後，始終想不出一個妥善之策。
幸好柳夫人想到一個主意：抄一份副本，將該避諱的地方全部刪去，再交給女兒女婿，這樣，至少大部分史記能得以留傳。至於正本，萬萬不能托人收藏，找個隱秘的地方，埋藏起來，以待後世之人發掘。
這個法子兩全其美，很是妥當。但正本藏在哪裏好？
藏的地方既不能太顯著，也不能太荒僻。太顯著，易被當世人發現，則仍然難逃被毀之運；太荒僻，則恐怕永世都不會被人發現。最好是劉氏王朝覆滅之後，再被發現，到那時，則不用再怕觸怒朝廷。但什麼地方能保證這一點？
夫妻兩個一邊思索商議，司馬遷一邊抓緊抄寫史記副本，邊抄邊刪改：
景帝及當今天子本紀，全部刪去；
河間獻王劉德，隻留下劉德好儒學一句，藏書、獻書及死因全部刪去；
淮南王劉安，有意記得極其詳細，文中處處自相矛盾；
遊俠列傳中，硃安世段落本來篇幅最多，隻有狠下心，全部刪除。趙王孫、樊仲子、郭公仲隻錄其名，事跡全都刪去；
孔子第十一代孫中，孔延年為嫡長子，刪去其子孫名姓，以為諷戒；
孔安國、孔驩經曆全部刪除，隻留下一句“安國生卬，卬生驩”；