二年正月，帝複次於武功，岐人堅壁不下，乃回軍於河中。二月，聞晉軍大舉南下，聲言來援鳳翔，帝遣朱友寧帥師會晉州刺史氏叔琮以禦之，帝以大軍繼其後。三月，友寧、叔琮與晉軍戰於晉州之北，大敗之，生擒克用男廷鸞。帝喜，謂左右曰：“此岐人之所恃也，今既如此，岐之變不久矣。”四月，岐人遣符道昭領大軍屯於虢縣，康懷英帥驍騎敗之。丁酉，唐丞相崔允自華來謁帝，屢述艱運危急，事不可緩；又慮群閹擁昭宗幸蜀，且告帝，帝為動容。允將辭，啟宴於府署，帝舉酒，允情激於哀，因自持樂板，聲曲以侑酒。帝甚悅，座中以良馬珍玩之物賚，既行，命諸將繕戎具。
五月丁巳，帝複西征。六月丁醜，次於虢縣。癸未，與岐軍大戰，自辰至午，殺萬餘眾，擒其將校數百人，乘勝遂逼其壘。七月丙午，岐軍複出求戰，帝軍不利。是月，遣孔勍帥師取鳳、隴、成三州，皆下之。是時，岐人相率結寨於諸山，以避帝軍；帝分兵以討，浹旬之內，並平之。九月甲戌，帝以岐軍諸寨連結稍盛，因親統千騎登高診之。時秋空澄霽，煙靄四絕，忽有紫雲如傘蓋，凝於龍旌之上，久之方散，觀者鹹訝之。是時，帝以岐人堅壁不戰，且慮師老，思欲旋旆以歸河中，因密召上將數人語其事。時親從指揮使高季昌獨前出抗言曰：“天下雄傑，窺此舉者一歲矣；今岐人已困，願少俟之。”帝嘉其言，因曰：“兵法貴以正理，以奇勝者詐也，乘機集事，必由是乎！”乃命季昌密募人入岐以紿之，尋有騎士馬景堅願應命，且曰：“是行也，必無生理，願錄其孥。”帝淒然止其行，景固請，乃許之。明日軍出，《北夢瑣言》雲：時因朱友倫總騎軍且至，將大出兵迓之。諸寨屏匿如無人，景因躍馬西走，直叩岐闉，詐以軍怨東遁為告，且言列寨尚留萬餘人，俟夕將遁矣，宜速掩之。李茂貞信其言，案：李茂貞即宋文通，此紀前後互異，蓋仍當時軍檄之文，未及改從畫一。遽啟二扉，悉眾來寇。時諸軍以介馬待之，中軍一鼓，百營俱進，又分遣數騎以據其闉。岐人進不能駐其趾，退不能入其壘，殺戮蹂踐，不知其數。茂貞由是喪膽，但閉壁而已。十一月癸卯，鄜帥李周彝《新唐書》作“李茂勳”，茂勳即周彝也。統兵萬餘人屯於岐之北原，與城中舉烽以相應。翼日，帝以周彝既離本部，鄜畤必無守備，因命孔勍乘虛襲下之。甲寅，鄜州平。周彝聞之，收軍而遁。茂貞既失鄜州之援，愕然有瓦解之懼，由是議還警蹕，誅閹寺以自贖焉。
三年正月甲寅，岐人啟壁，唐昭宗降使宣問慰勞，兼傳密旨。尋又命翰林學士韓渥、趙國夫人寵顏齎詔押賜帝紫金酒器、禦衣玉帶。丙辰，華州留後李存審遣飛騎來告，青州節度使王師範遣牙將張厚輦甲胄弓槊，詐言來獻，欲盜據州城，事覺，已擒之矣。是日，師範又遣其將劉鄩盜據兗州。丁巳，昭宗遣中使押送軍容使韓全誨已下三千餘人首級以示帝。甲子，昭宗發離鳳翔，幸左劍寨，權駐蹕帝營。帝素服待罪，昭宗命學士傳宣免之，帝即入見稱罪，拜伏者數四。既而促召升殿，密邇禦座，且曰：“宗廟社稷是卿再造，朕與戚屬是卿再生。”因解所禦玉帶麵以賜帝；帝亦以玉鞍勒馬、金銀器、紋錦、禦饌酒果等躬自拜進焉。及翠華東行，帝匹馬前導十餘裏，宣令止之。己巳，昭宗至長安，謁太廟，禦長樂樓。禮畢，謂帝曰：“朕生入舊京，是卿之力也。自古救君之危，曾無有如是者。況今日再及清廟，得親奉觴酒，奠於先皇帝室前，卿之德，朕知不能報矣！”即召帝執手，聲淚俱發者久之。翼日，誅宦官第五可範等五百餘人於內侍省。三月庚辰，製以帝為守太尉、兼中書令、宣武宣義天平護國等軍節度使、諸道兵馬副元師，加食邑三千戶，實封四百戶，仍賜回天再造竭忠守正功臣。
戊戌，帝建旆東還，昭宗禦延喜樓送之，既醉，遣內臣賜帝禦製《楊柳詞》五首。三月戊午，至大梁。時以青州未平，命軍士休浣以俟東征。四月丙子，巡師於臨朐，亟命逼其城，與青州兵戰於城下，大敗之。是夕，淮將王景仁以所部援軍宵遁，帝遣楊師厚追及輔唐，殺千人，乘勝攻下密州。八月戊辰，以伐叛之柄委於楊師厚，帝乃東還。九月癸卯，師厚率大軍與王師範戰於臨朐，青軍大敗，殺萬餘人，並擒師範弟師克，即時徙寨以逼其城。辛亥，偏將劉重霸擒棣州刺史邵播來獻。播，師範之謀主也，帝命斃之。戊午，師範舉城請降。青州平。翼日，分命將校略地於登、萊、淄、棣等州，皆下之。由是東漸至海，皆為梁土也。帝複命師範權知青州軍州事，師範乃請以錢二十萬貫犒軍，帝許之。十月辛巳，護駕都指揮使朱友倫因擊鞠墮馬，卒於長安。訃至，帝大怒，以為唐室大臣欲謀叛己，致友倫暴死。十一月丁酉，青將劉鄩舉兗州來降。鄩，王師範之將也，師範令竊據兗州久之，及聞師範降，鄩乃歸命。帝以鄩善事其主，待之甚優，尋署為元帥府都押牙，權知鄜州留後。
天祐元年正月己酉，帝發自大梁，西赴河中，京師聞之，為之震懼。是時，將議迎駕東幸洛陽，慮唐室大臣異議，帝乃密令護駕都指揮使朱友諒矯昭宗命，收宰相崔允、京兆尹鄭元規等殺之。《歐陽史》雲：遣朱謙殺胤於京師，其與友倫擊鞠者皆殺之。又，邠、岐兵士侵逼京畿，帝因是上表，堅請昭宗幸洛，昭宗不得已而從之。帝乃率諸道丁匠財力，同構洛陽官，不數月而成。二月乙亥，昭宗駐蹕於陝，帝自河中來覲，謁見行營。因灑涕而言曰：“李茂貞等竊謀禍亂，將迫乘輿，老臣無狀，請陛下東遷，為社稷大計也。”昭宗命延於寢室見何皇後，麵賜酒器及衣物。何後謂帝曰：“此後大家夫婦委身於全忠矣。”因欷歔泣下。後數日，帝開宴於陝之私第，請駕臨幸。翼日，帝辭歸洛陽，昭宗開內宴，時有宮人與昭宗附耳而語。韓建躡帝之足，帝遽出，以為圖己，因連上章請車駕幸洛。《十國春秋》、《吳世家》，三月丁巳，唐帝遣間使以絹詔告難於我及西川、河東等，令糾率籓鎮，以圖匡複。詔有雲：“朕至洛陽，則為全忠所幽閉，詔敕皆出其手，朕意不得複通矣。”
三月丁未，昭宗製以帝兼判左右神策及六軍諸衛事。是時，昭宗累遣中使及內夫人傳宣，謂帝曰：“皇後方在草蓐，未任就路，欲以十月幸洛。”帝以陝州小籓，非萬乘久留之地，期以四月內東幸。閏月丁酉，昭宗發自陝郡。壬寅，次於穀水。是時，昭宗左右惟小黃門及打球供奉、內園小兒二百餘人，帝猶忌之。是日，密令醫官許昭遠告變，乃設饌於別幄，召而盡殺之，皆坑於幕下。先是，選二百餘人，形貌大小一如內園人物之狀，至是使一人擒二人，縊於坑所，即蒙其衣及戎具自飾。昭宗初不能辨，久而方察。自是，昭宗左右前後，皆梁人矣。甲辰，車駕至洛都，帝與宰相百官導駕入宮。乙卯，昭宗以帝為宣武、宣義、護國、忠武四鎮節度使。時帝請以鄆州授張全義，故有此命。五月丙寅，昭宗宴群臣，曰：“昨來禦樓前一夜亡失赦書，賴梁王收得副本，不然誤事，宰執不得無過矣。”是日宴次，昭宗入內，召帝於內殿曲宴，帝不測其事，不敢奉詔。又曰：“卿不欲來，即令敬翔人來。”帝密遣翔出，乃止。己巳，奉辭東歸。乙亥，至大梁。六月，帝遣都將朱友裕率師討邠州，節度使楊崇本叛故也。癸醜，帝西征，遂朝於洛陽。七月甲子，昭宗宴帝於文思鞠場。乙醜，帝發東都。壬申，至河中。八月壬寅，昭宗遇弑於大內，遺製以輝王柷為嗣。乙巳，帝自河中引軍而西。癸醜，次於永壽，邠軍不出。九月辛未，班師。十月癸巳，至洛陽，詣西內，臨於梓宮前，祗見於嗣君。辛醜，製以案此下有闕文。帝至自西征。十一月辛酉，光州遣使來求援。時光州歸款於帝，尋為淮人所攻，故來乞師。戊寅，帝南征渡淮，次於霍丘，大掠盧、壽之境，淮人乃棄光州而去。