一、引誘毛文龍到寧遠來。隻要他敢來，萬無一失。但是，毛文龍來不來，袁崇煥拿不準。即使他來了，殺了他，其屬下的人肯定不服，弄不好要發生兵變。他遠在寧遠，根本控製不了局麵。
二、袁崇煥帶人到皮島去。因為皮島是毛文龍的地盤，他不會對新任領導設防。隻要抓住機會，拿下毛文龍，公開宣布毛文龍的罪狀，讓他屬下意識到，他們的主帥的確罪不可赦，然後讓適當的人選接替，就不會出大亂子。但是，能不能拿下毛文龍，是個關鍵。
袁崇煥想來想去，覺得去皮島殺毛文龍，才是上策。於是，他設計出先麻痹、趁其不備再動手的殺人方案。
在出發之前，袁崇煥先派人通知毛文龍，說他5月底要到島上犒賞三軍，順便給他們帶去軍餉。毛文龍對此沒有拒絕，表示熱烈歡迎新領導下去視察工作。
1629年5月29日，袁崇煥乘船達到雙島，但他沒有直接上岸，派人通知毛文龍來接。第二天，毛文龍帶著酒肉迎接袁崇煥，表示歡迎領導下來視察工作。袁崇煥見到毛文龍，非常親切，噓寒問暖，說了很多表獎的話。
上岸之後，毛文龍還真以為新任領導犒賞三軍來了，自然得提點工作上的困難。他說：“我靠200人起家，在海外經營8年，雖想為國做貢獻，但缺糧少槍，心有餘而力不足啊。”
袁崇煥說：“這個沒關係，崇禎皇帝是個幹事的人，隻要咱們老哥倆齊心協力，我在陸地，你在水上，收複遼東，糧餉器械不是問題。隻要你好好配合我工作，有什麼困難盡管提。”
袁崇煥在島上視察幾日，餉銀也足額發到士兵的手中，沒有露出一絲兒要除掉毛文龍的跡象。這讓毛文龍放鬆了警惕。
6日，袁崇煥提出要考察士兵教射，要毛文龍陪他到山上觀看，毛文龍爽快地答應。其實，袁崇煥早以把他的衛隊埋伏在山上的大帳之外，隻等毛文龍前去。
在山上，袁崇煥順利拿下毛文龍及他帶領的幾個都姓毛的屬下，當眾宣布毛文龍的12大罪狀，請出尚方劍，要代崇禎鏟除大明的害群之馬。
毛文龍根本不承認那些拚湊成的12大罪狀。他隻想知道，到底是皇帝想殺他，還是袁崇煥想殺他。
其實，殺毛文龍，確實不是崇禎的意思，而是袁崇煥和東林黨圈子裏那群人的意思。在他們看來，凡是閹黨圈子裏的人，都得毫不客氣地斬盡殺絕。
袁崇煥不可能說他這次是擅殺大將，為了讓毛文龍屬下承認他的行為，他跪在地上，衝著北京方向說：“我今天誅毛文龍，隻因他獨霸一方，不受管製，以肅軍政，各鎮守將中如果再有如毛文龍者，照殺！臣5年不能平奴，求皇上亦以誅毛文龍者誅臣。”
警告、發誓之後，袁崇煥就命令水營都司趙可懷執禦賜尚方劍，在帳外砍了毛文龍。