神功元年（697）68歲六月，調任河北安撫使，與婁師德、武懿宗分赴河北各地撫慰遭受戰爭摧殘的百姓，招納流亡，恢複生產。不久，調任幽州都督，負責安撫人心，恢複生產，整頓軍備。武則天賜予紫袍，上有“敷政術，守清勤，升顯位，勵相臣”十二字，以示勉勵。閏十月，入朝任鸞台侍郎、同平章事。這是他第二次入相。上疏主張從西域撤軍，以利休養生息，封西突厥貴族阿史那斛瑟羅為可汗，命其率眾鎮守安西四鎮。未被接受。
聖曆元年（698）69歲二月，武承嗣、武三思派人勸說武則天，立他們為太子。仁傑不同意，屢次諫武則天接回廬陵王，在王方慶、王及善、吉頊等人的配合下，終於使武則天決定從房州接回廬陵王。
三月，廬陵王回到神都洛陽。
八月，兼納言。武則天命宰相各舉一人為尚書郎，仁傑舉薦其子光嗣為地官員外郎，稱職，受到武則天的讚揚。
九月，立廬陵王為皇太子。任太子為河北道大元帥，仁傑為行軍元帥，率大軍擊突厥，突厥退出河北。
十月，任河北道安撫大使。奏請赦免了曾依附過突厥和逃竄於山澤的百姓，采取減輕賦稅、徭役，賑濟貧民，恢複生產，嚴禁軍隊騷擾百姓的措施，穩定了河北動蕩的局勢。
聖曆二年（699）70歲二月，隨武則天巡幸嵩山，謁王子晉廟。
八月，納言婁師德薨。師德曾力薦仁傑為相。
上表請求廢去安東都督府，以高麗王族高氏後人為君，恢複高麗政權。未被接受。
久視元年（700）71歲正月，任內史。
四月，武則天幸三陽宮避暑，仁傑隨行，並諫止胡僧邀車駕觀舍利的行動。
五月，隨武則天遊石淙山，作《奉和聖製夏日遊石淙山》詩。武則天賜宅一所。
七月，經仁傑力救免於死刑的契丹將領李楷國、駱務整，率軍掃平契丹叛逆軍隊，獻俘於含樞殿。武則天認為是仁傑之功，仁傑推辭拒不受賞。
閏七月，武則天欲在洛陽造大佛像。仁傑上疏堅決反對，認為有損於國力，有勞於百姓，阻止了這次行動。
九月，病死於洛陽私宅。武則天廢朝三日，贈文昌右相，諡曰文惠。然據《千唐誌齋藏石》中的《大周故袁（公瑜）府君墓誌銘》載，此誌為狄仁傑所撰，誌文中提到袁公瑜與夫人於久視元年十月廿八日合葬於洛陽北邙山。據此狄仁傑當不是死於這年九月，否則就不可能在這年十月撰寫此誌。至於他到底死於何時？尚不能確定，估計在十月之後不久，姑且仍依史籍所載，以俟後考。