但到了第二天，史尼斯又仍不甘心他心內的好奇得不到滿足，認為看不到牡丹變人是種缺憾，就又來了，到跟前對牡丹道：“堅強的牡丹，我知道你是被法青害苦了，天主知道，你的性格是堅強的，天主會幫你懲罰法青，你就變吧，變了天主會給你幸福和自由。”但史尼斯等了半天，最後還是失望的搖著頭死了心。
牡丹進了洋教堂，雖然再不受法青的摧殘和折磨，可是洋槍殘殺了她的妹妹荷靈玉，洋炮狂轟了靈灣和她的夜幻花園，靈灣岸上被炸上來的妹妹殘碎的根，和花園被狂炸的慘景及群花姐妹們一個個的慘死，讓她疼心疾首而難忘，而流幹眼淚。如今她雖然仍然還活在世上，但雖生猶死。她感到自己再不能為死去的姐妹們報仇而難過，她的身心在流血，加上枝體受到摧殘，加上她分娩不久在月子內的血戰和痛苦的煎熬，和心靈上受到的摧殘，再加上法青缽盂罩頭破其身氣，她已是體弱而心碎了，而已經感到身上再沒有一點力量。她如今感到出了自己再不變性節不能任由法青和洋教士的擺布之外，再無一點反抗之力，她在為死去的姐妹們而流淚，她又在為已經被法青送到官府獄中的李郎李俊成而擔心難過流淚，這一切，都在摧殘著她的心。
而被她牽掛在心中的李郎李俊成，這位義和團首領之後，在法青血洗花園，牡荷相繼遭難之時，他被和尚生擒後，在身落牢獄之後，知道自己將不久於人世，就在獄中的有限的幾天的夜裏，為報答牡丹荷花的知遇相救之恩，寫下了他自東入以來，在靈灣山下夜喝靈灣之水，在山中與牡丹荷花二花仙女相遇的前後經過，和乃至被法青殘忍血洗的前後經過，並在被殺的前一天的夜裏，半夜後將自己所記下來的手稿給了一個獄卒，獄卒得而偷著一看，覺著好看，後藏起來回家仔細觀看，一看便十分感動，後來那獄卒抄了數份，散落到民間。因那獄卒是一個落魄的書生，因為生活所迫在走投無路時才求友謀了獄卒的差事。至此，牡荷這段故事便傳到了民間。而清廷聞報拿住了拳匪要犯，恐在解往京師的途中發生變故，就下旨斬立決，隻將李俊成的首級星夜送進京師。
牡丹在洋教堂裏，從飛鳥的嘴裏聽到了李俊成被斬之時，口喊牡荷下世再報吧，和被斬時血流如柱慘到百鳥皆驚的景象，知道李郎已被慘害，悲傷難過流幹眼淚之際，於李俊成被殺的第二天夜裏，在夜深人靜之時，忽然發出一種悲蒼的聲音，“李郎！李郎！”聲音很是淒慘蒼涼，“我們都好命苦，我好想見到你，倘若有來世我們還在一起。靈玉妹妹，我的好妹妹，你讓姐姐把心都疼碎了，還有我們的那些好妹妹呀，你們死的都好慘，好慘，我好恨，我好怨，明天我就要被洋教士運到他們的國家裏去了，可我決不去，我不能離開你們，這裏是生我養我的地方，我們生是這裏的花，死是這裏的花魂，我要和你們生死在一起，靈玉妹妹，我們再也不分離了。”說著，就見整棵牡丹都在搖動。
守看著牡丹的三個洋教徒，一聽到牡丹說話，就忙讓一人去叫醒史尼斯。史尼斯一來見牡丹整身不停的自己搖動，非常驚駭，又聽了洋教徒向他說了牡丹剛才所說的話，內心便更加驚恐，正在驚慌失措時，就見整棵牡丹不一會連根搖出花盆，自斷根節枝葉落地而死。
史尼斯反應過來後，忙令人再將殘根殘枝往盆裏栽，但那根枝用手一拿已碎成粉。史尼斯一看自知讓牡丹活過來已不可能，就不由失望的感歎道：“沒想到我明日要運她走，她今夜就自殘而死，如此有靈性之花，這裏的花能尚且如此，又何況這裏的人，他們要比那些無用的官兵可怕十分。”
牡丹自毀根枝死在洋教堂裏，這事一傳十十傳百很快傳了開來。
由於當時洋教堂的一些教徒橫行鄉裏，一些地方的地皮無賴看著借洋教之名欺壓百姓挺好，也紛紛加入了樣教堂成了洋教徒，這些人加入後，更是四處打著洋教的名義，招搖撞騙，十分霸道，結起夥來無惡不作。本來他們在未成為洋教徒之前人們就對他們恨之入骨，如今見他們成為洋教徒之後，打著洋教的名義結起夥來互相壯膽，更是為所欲為無惡不作，便紛紛在憤恨他們之餘，對洋教堂產生了痛恨和反感。於是，便自發起來紛紛要把洋教趕走，特別是經過八國聯軍進入中國之後，而又傳出牡丹花仙子慘死在樣教堂裏，而又聽說洋教士勾結惡僧法青血洗了牡荷花園，槍殺了荷花仙子，便對洋教堂和僧廟產生了憤怒和疼恨心裏。於是一時間，就見整個膠東大地上，到處掀起了焚教堂，驅趕洋教士，和殺僧人之風暴。這就是曆史上所謂的膠東人民自發焚教堂驅洋人，殺和尚的一次自發民間運動。在這次運動中，膠東無一個教堂不被焚，有很多僧人被殺於民間，一些好的僧人也嚇的不得不離開膠東。一時間洋教士驚得就似驚弓之鳥，不得不也紛紛離開膠東，再不敢在那裏傳教。史尼斯洋教士也被迫隻好首當其衝的含淚離開膠東，他在離開膠東之時，看著這片土地和被焚的教堂，不無感慨的道：“我上了那個惡和尚的當了，這裏的花尚且這樣堅韌，又何況這裏的人民，我敢斷言，這個世界上任何一個國家也別想征服這個國家的人民。”說完，含淚不得不惋惜的離去。