使徒軍團的海上防禦堡壘中並沒有大廳一類的地方，可能是這裏沒有社交活動存在，或者進行軍事議會必要的原因。
黑龍號最終到達的地方，原先是一處用來培育生化獸的大型克隆工廠，臨時被瑪麗安娜清空了出來交由李墨陽作為駐紮地。
核子黑龍號將在這裏進行生命樹陣圖的布設工作，瑪麗安娜在與李墨陽匆匆交談幾句之後，便回去接著指揮外麵的戰鬥。
埃蒙?沙利曼對李墨陽突入海上防禦堡壘的行為感到不解，雖然不知道具體原因，但卻隱約察覺到一種危險的氣息彌漫。
他決定全力進攻使徒軍團，以免夜長夢多。哪怕多消耗點兵力也沒關係，隻要能完全掌握這個C級晶壁，就能利用蟲族的特殊手段，將之改造成完全受深淵屍章一族控製的Vajra高級蟲領。
《EVA》世界雖然不是正常的C級晶壁，但也能讓深淵屍章一足的勢力大大增加，也許僅僅需要十幾年的發展時間，部族的人口總量就能翻上十倍。
晶壁意識指揮著使徒軍團全線防守，依仗海上防禦堡壘的火力與大型A.T.力場護罩，將蟲族拒之門外。
李墨陽正按照預先製定的計劃，有條不紊地進行著生命樹陣圖的布設工作。
豐饒之樹的第四屬性被徹底激活，大片包裹著濃烈金光的根須從主控室的固定空間門接口中出伸出，快速蔓延攀爬，將整艘黑龍號纏繞成一枚巨大的藤球。
以這枚懸浮在空中的巨大藤球為核心，豐饒之樹將龐大的根係伸展過來。在數分鍾內，就將整個大型克隆工廠的空間布滿。
7架EVA機體與兩名劍之使徒也從傳送門中走出，按照預先安排的位置，被連接在龐大的根係之上。
這‘十大原質’的連接頗有講究，並非是每一個原質之間都有相連的路徑，總共隻有固定的22條，成為‘二十二徑’。
第六原質位於生命樹陣圖最核心的位置，與其他九大原質都有溝通，具有生命之力彙集之處、向整個宇宙傳輸生命力的意義。
第六原質的功能與卡巴拉生命樹各部分器官中的‘樹芯’功能頗為相似，也許就是因為豐饒之樹融合了完整的卡巴拉樹芯的原因，這一處原質竟然成為了第一個被點亮的原質，讓李墨陽頗為意外。
而位於這一位置的機體則是EVA七號機，由綾波麗擔任駕駛員。
開啟第三次衝擊需要將四柄鑰匙齊聚，而莉莉絲的空白靈魂現在的身份是綾波麗……這項激活便隻能交給她進行——除非剝奪了她的自主意識，也就是殺掉她，才能更換開啟者。
但這麼做毫無意義，補全計劃的控製權並不在於是誰開啟了第三次衝擊，而在於是誰立於生命樹陣圖的頂點，第一原質‘王冠’之上。
在第六原質這個生命樹陣圖的核心被點亮之後，緊接著是第十原質『凡人之路』，這是位於陣圖最下位的原質，是基礎中的基礎，是『物質的王國』。
然後是第九原質『前存的靈力』，再接著是第八原質與第七原質同時被點亮。從這一步開始，生命樹陣圖便分為『偉大之父』與『至高之母』左右兩條路徑，分別象征著‘智慧的不可控性’與‘生命本身的恩賜’兩條進化線路。
這兩條路徑各自包括三個原質，除了分支開始的第七、第八原質之外，還需要經過第五原質‘愛’與第四原質‘理性’的轉化，才能連接到第二原質『偉大之父』與第三原質『至高之母』，進而最終觸摸處於至高位置的‘王冠’。
李墨陽此刻所構建的生命樹陣圖，就是按照這個順序激活的。父神當年創造生命的順序剛好相反，卻是從生命的頂點讓‘王冠’崩碎，一步步衍生出物質性的‘凡人’。
李墨陽示意綾波麗可以開始了，將被鎮壓於豐饒之樹根係中的白色七目巨人、和亞當的退化胚胎雙雙送出，同時將他從渚薰的身體中抽取的靈魂‘果凍’也送到了綾波麗所在的第六原質位置。
亞當胚胎與莉莉絲的**，和作為莉莉絲空白靈魂的綾波麗，再加上已經被抹消了個人意誌的渚薰靈魂……四柄鑰匙之間立刻生出強烈的感應，金色的A.T.力場閃閃發光，然後快速向血色的光芒進行轉化。
在這一瞬間，大量的知識與記憶從冥冥中傳遞到綾波麗的腦中，這是莉莉絲與亞當的遠古意誌被召喚而來。
李墨陽急忙將這龐大的遠古意誌接入禦阪網絡之中，同時使用英靈殿的精神防護力量，將其中的感情碎片剔除。
自從將禦阪10086簽入英靈殿之後，接連不斷一個個突破了10點最低界限與李墨陽簽訂契約的禦阪妹妹慢慢增加到600多人。