王國維的這個反應，是羅振玉沒想到的。當羅振玉收到王國維的回信後，非常憤怒，要求他把書托人帶回天津。隨著羅振玉與鄭孝胥之間的鬥爭日趨激烈，他聯合升允並希望王國維一同來彈劾鄭孝胥。但王國維又一次拒絕了他，這是一直認為王國維非常聽從自己安排的羅振玉所不能接受的。兩人的關係就此出現了裂痕。
在馮玉祥發動政變後，王國維結束了南書房行走的工作，遂有崇仰他學問的胡適、顧頡剛等人推薦他擔任新成立的清華大學國學研究院院長，王國維推而不就院長職，僅任教職。講授《古史新證》及《說文》、《尚書》等課程，從事《水經注》校勘及蒙古史、元史研究，以其精深的學識、篤實的學風、科學的治學方法和樸素的生活影響了清華學人，培養和造就了一批文字學、曆史學、考古學方麵的專家學者。同時他自身的學術也更加精進，學術成果豐碩，達到了爐火純青的地步，其論殷周、釋甲骨、釋鍾鼎，處處卓絕，語語精到，皆出於自己的心得、發明和獨創。
人到中年的王國維，不幸遭遇了喪子之痛。他的長子王潛明當時在海關任職，待遇很不錯，誰知年僅二十六歲時就患不治之症而撒手人寰。在王潛明的喪葬上，羅振玉前來吊唁，在女婿入殮後，不告而別地帶走了自己的女兒。關於這件事，羅振玉的孫子羅繼祖回憶道：“潘夫人（王國維第二任妻子）處置善後偶爾失當，姑母泣訴於祖父，祖父遷怒於王先生，怪他偏聽婦言，一怒而攜姑母大歸……”王國維的女兒王東明女士則講道：“父親最愛大哥，大哥病逝，給父親很深的打擊，已是鬱鬱難歡，而羅振玉先生又不聲不響地偷偷把大嫂帶回娘家，父親怒道：‘難道我連媳婦都養不起？’並把來往信件點火焚燒……”正為中年喪子而極度傷心的王國維對自己的知己、兒女親家羅振玉無緣由地帶走自己的兒媳，表現出了極大的憤怒。
在兒子故去的善後處理方麵，王國維與羅振玉再次產生矛盾。王國維為兒媳羅孝純的將來考慮，把海關所給的撫恤金全部寄給羅孝純，然而王家兒媳卻出乎意料地拒絕接受丈夫的撫恤金。王國維幾次把彙票寄去，幾次又被退了回來，但在每次寫給羅振玉的書信中，他還是盡量做到語言委婉，生怕傷到了兩人的感情，可是羅振玉回信的言辭越來越激烈，最後竟寫了一封絕交的書信。信中說道：“弟公垂交三十年。方公在滬上，混豫章於凡才之中，弟獨重公之才秀，亦曾有一日披荊去棘之勞。此三十年中，大半所至必偕，論學無間，而根本實有不同之點。聖人之道，貴乎中庸，然在聖人已歎為不可能，固非偏於彼，即偏於此。弟為人偏於博愛，近墨；公偏於自愛，近楊。此不能諱者也。至小女則完全立於無過之地。不僅無過，弟尚嘉其知義守信，合聖人所謂夫婦所能，與尊見恰得其反。至此款，既承公始終見寄，弟即結存入銀行，而熟籌所以處之之策。但弟偏於博愛，或不免不遵從耳。”
在這份絕交信中，羅振玉以崇尚博愛的墨子來比喻自己，指出自己在三十年交往中一直無私援助王國維，從來沒有怨言，而卻把王國維比作主張“重己”的先秦哲學家楊朱，認為王國維很自私，知恩不報。這自然是王國維不能接受的。兩人長達三十年的友情，就此畫上了句號。
此時的王國維正是知天命之年，在經曆喪子和知己絕交的雙重打擊之下，悲從中來，於是便選擇了自沉頤和園昆明湖來結束這種了無生趣的人生。一顆學界巨星就此隕落了。
王國維的自殺，使羅振玉感到十分的愧疚與悲痛。他靜下心來為王國維整理了一些書稿，以慰藉自己為之不安的靈魂。但他同樣也做了一件不能讓人原諒的事情，那就是仿照王國維的筆跡來上奏溥儀說王國維是看到清廷的境地才自殺的，這為後世研究王國維是不是遺老問題蒙上了一層麵紗。
於是王國維為清室殉難的說法廣為流傳。當時主持清華大學國學研究院的吳宓曾為王國維治喪，他認為“世傳似是而非”，據他所知“王國維並不留戀清王朝，但看到很多士人在民國肇始之前，怒罵革命黨，穢詈萬端。等到民國建立，他們急轉彎剪辮子、穿西裝，高喊民主、共和。王國維深以為恥。為了表示對這種無恥投機的憤慨，他就以蓄辮子、穿馬蹄袖來表示品德之分……”
後來，末代皇帝溥儀著書澄清了這件事情。溥儀在其自述中說：“王國維死後，社會上曾有一種關於國學大師殉情的傳說。這其實是羅振玉做出的文章，而我在不知不覺中，成了這篇文章的合作者。過程是這樣：羅振玉給張園送來了一份密封的所謂王國維的‘遺折’，我看了這篇充滿了孤臣孽子情調的臨終忠諫的文字，大受感動，和師傅們商議了一下，發了一道‘上諭’說，王國維‘孤忠耿耿，深堪側憫……加恩予忠殻，派貝子溥劤即日前往奠綴，賞給陀羅經被並洋兩千元……’羅振玉於是一麵廣邀中日名流，學者，在日租界日本花園裏為‘忠殻公’設靈公祭，宣傳王國維的‘完節’和‘恩遇之隆，為振古所未有’，一麵更在一篇祭文裏宣稱他相信自己將和死者‘九泉相見，諒亦非遙’。其實那個表現著‘孤忠耿耿’的遺折，卻是假的，它的編造者正是要和死者‘九泉相見’的羅振玉。”
“那時我身邊的幾個最善於鉤心鬥角的人，總在設法探聽對手的行動，手法之一是收買對手的奴仆，因而主人的隱私，就成了某些仆人的獲利資本。在這上麵最肯下功夫的，是鄭孝胥和羅振玉這一對冤家。羅振玉假造遺折的秘密，被鄭孝胥通過這一辦法探知後，很快就在某些遺老中間傳開了。這件事情的真相當時並沒有傳到我耳朵裏來，因為，一則法業已賜了，誰也不願擔這個‘欺君之罪’，另則這件事情傳出去實在難聽，這也算是出於遺老們的‘愛國心’吧，就這樣把事情給壓下去了。一直到羅振玉死後，我才知道這個底細。近來我又看到那個遺折的原件，字寫得很工整，而且不是王國維的手筆。一個要自殺的人居然能找到別人代繕絕命書，這樣的怪事，我當初卻沒有察覺出來。”
溥儀回憶錄中提到的羅振玉編造的遺折是這樣寫的：“臣王國維跪奏，為抱國有心，回天無力，敬陳將死之言，仰祈聖鑒事。竊臣猥以凡劣，遇蒙聖恩。經甲子奇變，不能建一謀、畫一策，以紓皇上之憂危，虛生至今，可恥可醜！邇者赤化將成，神州荒翳。當蒼生倒懸之日，正撥亂反正之機。而自揣才力庸愚，斷不能有所匡佐。而二十年來，士氣消沉，曆更事變，竟無一死之人，臣所深痛，一灑此恥，此則臣之所能，謹於本日自湛清池。伏願我皇上日思辛亥、丁巳、甲子之恥，潛心聖學，力戒晏安……請奮乾斷，去危即安，並願行在諸臣，以宋明南渡為殷鑒。棄小嫌而尊大義，一德同心，以拱宸極，則臣雖死之日，猶生之年。迫切上陳，伏乞聖鑒，謹奏。宣統十九年五月初三日。”（《清廢帝溥儀檔》，存中國第一曆史檔案館）
這個“遺折”確實是羅振玉命其第四子羅福葆仿王國維的筆跡寫下的，他對此並不隱諱。其外孫劉蕙孫回憶說：“1929年我在旅順，雪堂先生（羅振玉號雪堂）對我說起他和靜安（王國維字靜安）的友誼，最後說：‘他最後覺得對我不起，欲以一死報知己。我也覺得那件事不免粗暴，對他不起。但死者不能複生，隻好為他弄個諡法。遺折是我替他做的。’”
王國維死後，羅振玉說過一句公道話：“靜安以一死報知己，我負靜安，靜安不負我。”這算是對這兩位國學大師恩恩怨怨幾十年的最好注腳了。