正因大寧明軍的駐地位置及駐防規模到很大限製，而大寧都司轄管的又是朵顏三衛這樣胡悍虜。故而相較於遼東都司，大寧都司統方式中的羈縻色彩要濃重些。以朵顏三衛為，朵顏三衛本為政權的重要組成。洪武二十一年（公1388年），明將藍玉得捕魚兒大捷，大興嶺以東的蒙古諸部孤立無援迫投降明朝，劃歸大寧都司轄管，是為朵顏三衛。朵顏三衛地處偏遠為牧區，難以仿效遼東那樣通過不斷移民及派駐軍隊來嚴加控製。明朝隻能對朵顏三衛施行寬鬆的羈縻統，授封三衛首領為明朝官員並許其“各領其所部，以畜牧”。除了享有較高自權朵顏三衛還可擁有自己的部族武裝。既如此那該如何朵顏三衛能聽命於明朝哪！說來簡單，忘了朵顏三衛臥榻側駐有大寧都司八萬明軍。憚於明軍威懾，朵顏三衛也很識相老老實實地以朝廷“內屬”身份聽命於大寧都司調遣。
奴兒幹都司是明代東三都司中轄區麵積最為遼闊的，其轄境起鄂嫩河，東至庫頁島，達外興嶺，瀕日本和圖們江上遊。現黑龍江域、烏蘇裏江域及庫頁島在內的大片疆域，都歸屬奴兒幹都司管轄，同時奴兒幹都司也是三都司中建製設置最晚的。遼東都司於洪武四年（公1371年）設置，大寧都司於洪武二十年（公1387年）設置，而奴兒幹都司直到永樂年（公1409年）得以設置。看奴兒幹都司設置雖晚，可明朝對在東地區部建立統的嚐試卻一點都不晚。早在明太祖時，雄心勃勃的洪武大帝就曾在黑龍江域中下遊，設立三萬衛、兀者野人、乞列迷和女直軍民萬戶府。可惜因著種種原因，明太祖於洪武二十一年（公1388年），不得不從斡朵裏城撤三萬衛，並撤銷兀者野人、乞列迷、女直軍民萬戶府等機構。導致明太祖一番撤操作的諸多原因中，除了殘勢力威脅、當地野人女激烈反抗外。就是障這些駐於偏遠地區機構運行所耗費的統成本太高，用明朝的原話“糧餉難繼”。到明成祖時，進入永樂盛的明朝國力達至鼎盛巔峰，經濟繁榮、財政雄厚，史稱，“宇內富庶，賦入盈羨，米粟自輸京師數萬石外，府縣倉廩蓄積甚豐，至紅腐不可食”。憑借雄厚國力明成祖五征漠，退居塞外的勢力全壓製住，東地區女各部也鹹都稱服。明朝此前在東地區部力不從心的窘迫境況得到有效觀。在這種情況下，明朝在黑龍江域、烏蘇裏江域設置統機構的時機終於成熟了。。
永樂年（公1409年）明成祖正式設立奴兒幹都司，並由朝廷派遣官進駐奴兒幹都司。《明實錄》記載，“東寧衛揮康旺為都揮同，戶王肇舟等為都揮全事，統屬其眾”。永樂年（公1411年），明成祖派太監亦失哈為欽差“率官軍一餘人，巨船二十五艘”，浩浩蕩蕩地護送奴兒幹都揮同的康旺、都揮僉事王肇舟、經曆司經曆官劉興等前去赴，同時巡視所轄各衛所。出於懷柔奴兒幹當地諸部目的，明朝要求派去奴兒幹的官員必諳悉當地習俗，又要熟練掌握明朝相關民族政策。故而首批派往奴兒幹的官員大都出身女、蒙古，不然就是熟悉邊疆諸事的漢人。欽差太監亦失哈出身女，都司揮同康旺為出身遼東的蒙古人。朝廷派駐努爾幹的官中，佟達剌哈、王木哈裏、趙鎖古奴、王官音、哈赤白、李古、宋不、高歹都、李鈞、咬納、賽因塔、火羅孫、阿裏哥出、把剌答哈、康政、佟勝等都司主官們，也都是出身遼東的女人。從精心選派這些官員來看，明朝為奴兒幹都司的設立著實大費苦心。說亦失哈到達奴兒幹後立撫恤各部族，向奴兒幹、吉列迷、恒古河等衛首領宣朝廷“敕諭”，令其“皆節製”忠於明朝。
欽差太監亦失哈的出巡腳可沒有就此止住，從永樂年（公1411年）至宣德年（公1432年）的二十二年間。亦失哈率領少則一，多則三明軍官兵後十次出巡奴兒幹。一係列出巡得良好統效果，既提高明朝威望促進奴兒幹地區社會定，也鞏固了明朝對東邊疆地區的統。值得一提的是出巡奴兒幹間，亦失哈及其部下足跡遠及祖國邊陲的黑瞎子島、庫頁島，並在黑龍江入口附的奴兒幹城（俄羅斯尼古耶夫斯克特）修築了一座永寧寺。寺內後留有“敕建永寧寺記”和“宣德八年重建永寧寺記”兩塊石碑（現藏於俄羅斯參崴博物館）。這兩尊永寧寺石碑，就是明朝對黑龍江域、烏蘇裏江域及庫頁島實行統管轄的鐵，與此同時有力明了現俄遠東地區在明代為我國神聖疆土。