1895年初，日軍進犯山東半島，張之洞給山東巡撫立秉衡發急電，建議李“責成地方官多募民夫，迅速星夜多開壕塹，於要路多埋火藥，作地雷”，以阻止日軍進犯。並表示擬撥槍支彈藥支援山東守軍。在丁汝昌自殺殉國後，他曾建議將駐紮台灣的劉永福調來山東抗日，保衛煙台。當張之洞得悉清廷有割台海於日之說，於2月28日致電朝廷，曆陳利害，極力反對割台。並提出保台的“權宜救急之法”有二：一、向英國借巨款，“以台灣作保”，英必以軍艦保衛台灣；二、除借巨款外，“許英在台灣開礦一、二十年”，對英有大益，必肯保台。3月29日，張之洞致電唐景崧，一方麵鼓勵禦倭；一方麵建議起用百戰之將劉永福，同時致電劉永福，建議他“忍小任大，和衷共濟，建立奇功”。《馬關條約》簽訂後，張之洞於4月26日向清廷上奏，提出廢約辦法“惟有乞援強國一策”。5月20日，清廷諭令唐景崧“著即開缺，來京陛見。其台省大小文武各員，並著唐景崧令陸續內渡”。張之洞認為“此時為台之計，隻有憑台民為戰守，早遣無用客勇，以免耗餉，禁運銀錢內渡，以充軍實”。24日，張之洞從唐景崧來電中得悉“日內台民即立為民主國”之事，27日上奏，認為台灣“現自改為民主之國，以後籌械等事，自未便再為接濟，以免枝節”。6月3日，日軍攻陷基隆港。5日，張之洞仍致電唐景崧，希望他激勵士勇民眾堅守台北府，並鼓勵唐“自率大支親兵，獲餉械，擇便利駐紮，或戰、或攻、或守，相機因應，務取活便，方能得勢”。可是唐景崧辜負了台灣人民的期望，7日乘船退回廈門。最後隻剩劉永福在台灣領導軍民堅持抵抗日本侵略軍。但是“餉械奇絀”，多次向張之洞求援，張之洞雖有餉械，卻不敢接濟，10月19日，劉永福戰敗，退歸廈門。
1898年，張之洞作《勸學篇》反對變法改革。1900年，八國聯軍進攻北京時，張之洞參與“東南互保”，鎮壓兩湖群眾鬥爭，並鎮壓唐才常自立軍起義。1906年晉協辦大學士，有擢體仁閣大學士，授軍機大臣。1908年11月，以顧命重臣晉太子太保，次年病卒，諡文襄。
張之洞一生主要做了四件事：一辦新式教育，二辦實業，三練新軍，四抵外辱。
怪 癖
張之洞性情乖僻，起居無常，每日下午2時始入睡，到晚上10時始起床視事。幕府中人及臣僚有事，一般都在夜半請謁，甚至有候至天明始獲傳見者。總文案李文石每日入署辦公，皆在晚10時以後。與之洞商洽公務，往往至於翌晨。藩臬兩司於上午謁見，常值其神疲體倦之時，在門廳坐候，不即延入，動輒數小時之久。道府以下屬官，有待至數日不獲一見者。有時與客人談話未已，之洞忽然閉目假寐，甚至鼾聲大作，將客人擱置一旁。客人不好驚動，隻得退出。後來，大理寺卿徐致祥參劾張之洞辜恩負職，其中一條即為“興居不節，號令無時”。清廷諭令粵督李瀚章查明具奏。瀚章因之洞督粵時理財有方，自己繼任時應用裕如，心存感激，遂奏複：“譽之則曰夙夜在公，勤勞罔懈。毀之者則曰興居不節，號令無時。既未誤事，此等小節無足深論。”將此事敷衍過去。
張之洞與袁世凱
清末漢族重臣有李鴻章、劉坤一、張之洞和袁世凱。李於1901年、劉於1902年相繼死去。張之洞和袁世凱便成為在清末政局中舉足輕重的人物。清末新政的重大舉措多是兩人聯銜上奏後得到清廷批準的。兩人堪稱清末新政的南北兩大支柱。袁世凱稱讚張之洞在湖北“規畫之宏達”，揚言“當今唯吾與南皮兩人，差能擔當大事”。一時之間，南張北袁，為國人所注目。
1902年，袁世凱從河南彰德返天津，繞道經漢口到南京，拜訪署兩江總督的張之洞。張之洞設宴款待，宴會後，又屏退左右密談二小時。當談得起勁時，張之洞卻倚椅低頭，進入夢鄉。袁悄悄告退，囑仆從不要驚動張大帥。清製，凡總督出和轅門須鳴炮致禮，袁身為直隸總督兼北洋大臣，自當鳴炮禮送。炮聲一響，將張之洞驚醒，自知失禮，急忙追至下關，向袁表歉意，想約後會有期。次年，張之洞從武昌入京覲見，途徑保定，袁世凱率北洋將領和屬官司設盛宴款待。當袁親自率領屬官舉杯為張祝酒時，張之洞又一次伏案呼呼入睡，使袁頗為難堪。
當時曾有人擬對聯嘲諷張之洞：“起居無節，號令不行；麵目可憎，語言無味。”
自張、袁同入軍機處後，朝野希望張之洞對袁世凱能有所製約，抑製官場爭權納賄之風。袁世凱為首的北洋集團已成為清末最有實力的軍事政治集團，不是張之洞這樣的儒臣所能製約得了的。當張之洞進入軍機處後，袁沒有把這位儒臣放在眼裏。有一次對德國駐華公使說：“張中堂是講學問的，我是講辦事的。”言下之事，張不過是一介書生。袁的幕僚將此話告訴辜鴻銘，以為袁的得意之語。辜氏也不客氣地回敬了一句：“誠然，然要看所辦是何等事，如老媽子倒馬桶，固用不著學問，除倒馬桶外，我不知天下有何事是無學問的人可以辦得好。”
不過，慈禧死後，攝政王載灃要殺袁世凱，此時倒是張之洞勸阻了一下，認為宣統剛登基，不宜輒殺大臣，算是保了袁世凱一條命。
張之洞作品精選
半 山 亭 記
萬山輻湊，一水碧瀠，雉堞雲羅，鱗原星布者，興郡也。城東北隅，雲峰聳碧，煙柳迷青，秋水澄空，紅橋倒影者，招堤也。緣是數裏，蒹葭蒼蒼，有閣巍然，峙於岩畔者，魁閣也。穿綠蔭，拂白石，禪房乍轉，畫檻微通，石碧一方，茅亭三麵者，半山亭也。做亭者誰？吾家大人也。翠蘿紅蓼，羅列於軒前；竹榭茅簷，欹斜於磯畔。太守之意，得之半山，而誌以亭也。
歲在壬寅，家大人先守是邦，文風雅俗，煥然一新，故常與民同樂者也。夫其得及則信孚，信孚則人和，人和則政多暇。由是常徘徊於此閣，以寄勝慨；而亭未有焉，然其煙雲萬狀，錦繡千重，早以畢具於目前。蓋天鍾靈於是，必待太守以起之也。愛乃建亭於閣之東偏，古徑半彎，危廊數轉，不崇朝而功成，易如也。
每當風清雨過，岩壑澄鮮，憑欄遠眺，則有古樹千紅，澄潭一碧，落霞飛綺，涼月跳珠，此則半山亭之大觀也。且夫畫欄曲折，碧瓦參差，昭其潔也。煙光悒翠，竹影分青，昭其秀也。鬆床坐奕，筠簟眠琴，昭其趣也。分瓜請戰，煮茗資談，昭其事也。若夫柳岸曉風，蘆花殘月，雲騰碧嶂，日落深林者，亭之朝暮也。水綠波澄，蓮紅香遠，月白風清，水落石出，亭之四時也。沙明荷靜，舞翠搖紅，竟秀於汀渚者，亭之晴也。柳眉煙鎖，荷蓋聲喧，迷離於遠岸者，亭之雨也。晴而明，雨而晦，朝而蒼翠千重，暮而煙霞萬頃，四時之景無窮，而亭之可樂，亦與為無窮也。