過了一段時間以後，原本團結如一家的港區變的分崩離析，艦娘們也紛紛離開了港區。
俾斯麥帶著提爾比茨走了，企業帶也著波特蘭海倫娜離開了，胡德光輝和半人馬也走了，港區裏的大家走了。
看著從前熱鬧的港區如今變得冷冷清清，長門下定了決心他要找到指揮官，隻要找到指揮官港區就會再次變回以前的樣子，變回以前那個其樂融融的港區。
因此在後來的時光裏，長門帶著重櫻的艦娘們，滿世界的找著李銘，但始終找不到。當她再次返回以前那個港區的時候，這裏已經變成了一片廢墟。
但是這個時候，因為塞壬突然入侵，塞壬的觀察者和淨化者降臨到了重櫻列島其先進的科技手段讓重櫻的艦娘們毫無抵抗之法。
所以，重櫻列島上很多艦娘都被淨化者黑暗化了，再加上重櫻的內部出現了以大和為首的投降派，她們主張向塞壬投降，並將觀察者和淨化者奉若神明，主動接受了塞壬的黑暗化改造，反正艦娘黑暗化力量以及身體各方麵的能力都成倍的增加，這種力量正好可以讓她們統一整個世界。
從此以後，她們由原本善良天真的艦娘變成了邪惡的黑暗化艦隊，她們無惡不作，所到之處寸草不生
發生了這種情況，長門和重櫻的艦娘們也不得不放棄尋找李銘的計劃，隻能返回重櫻列島與塞壬以及以大和為首的投降派戰鬥。
作為重櫻旗艦的長門，隻能帶著重櫻剩下的艦娘們組成抵抗部隊，與大和的黑暗化艦隊展開戰鬥，但是因為艦娘被黑暗化以後，不管是自身數據還是作戰技巧以及武器裝備都不是一般艦娘能比的。
但是長門帶領的艦娘，一直在拚死抵抗著，尤其是那幾個從港區裏走出來的艦娘，她們身上的裝備一起一般的艦娘要的多，放在前世的遊戲裏都是金色或者彩色裝備。比如長門身上的試作型410三連裝炮，翔鶴瑞鶴身上的海毒牙，金梭魚等等。
依靠著這些裝備長門帶領的部隊在與大和的艦隊的較量下，一直苦苦的堅持著，她們每個都異常的悍勇，哪怕站至最後一兵一卒也決不投降。
但是最後長門她們還是失敗了，因為在最終的決戰之時哪位塞壬的觀察者出手了，她身上的發出的萬道激光如同一支支利箭，將本來就處於強弩之末的重櫻抵抗部隊重創。如果沒有信濃和天城的拚死保護，也許現在的長門早已變成海中的沉船。但也因此信濃和天城落入了敵人的手裏麵。
“他們大概會被黑暗化吧，畢竟信濃可是噸位最大的航母啊。”故事說道這裏也就講完了長門和重櫻的艦娘們臉上早已掛滿了淚水。
李銘抱著長門，輕輕地撫摸著她那柔順的黑色長發，身邊的中係艦娘們一個個都安安靜靜的聽著，她們想不到自己的指揮官以前居然失憶過，而且還有這樣一群艦娘。