紅30軍在打光了2個主力團後，終於擊退了馬家軍。西路軍繼續向祁連山中的康龍寺地區轉移，婦女獨立團卻在轉移途中被馬家軍截斷，全部覆滅。3月12日夜，陳昌浩、徐向前再次向中央告急。中央電示：西路軍一是衝向蒙古邊境，一是就地分散遊擊。
3月13日，西路軍經理部長鄭義齋率隊護送黃金到總部，突遇大批馬家軍。鄭義齋當機立斷，率十餘人掩護黃金保管員突圍。在阻擊敵人的戰鬥中，擔任掩護的十餘名紅軍戰士英勇犧牲，鄭義齋身中數彈後壯烈犧牲。同日，身負重傷的熊厚發率88師到達距康龍寺約七八裏的馬場灘時，馬家軍的騎兵又追趕上來。這一帶地勢平坦，便於騎兵作戰。熊厚發忍著傷痛，指揮紅264團、263團就地阻擊敵人。隨後，馬家軍傾其全力向紅30軍陣地壓縮，為掩護總部機關和傷病人員向祁連山轉移，紅30軍指戰員前仆後繼與馬家軍殊死搏鬥，戰鬥極為慘烈。紅264團全部壯烈犧牲，紅263團大部分指戰員也光榮犧牲。熊厚發率263團餘部且戰且走，搶占犛牛山後，才穩住了陣勢。
3月14日，西路軍到達康龍寺以南40裏的石窩一帶。拂曉，馬家軍的4個騎兵旅又追上來，後麵還跟著大批步兵，分數路向紅軍陣地撲來。擔任掩護任務的紅265團和267團與敵血戰，再次遭到重大損失，紅88師政治部主任張卿雲不幸犧牲。紅軍建製被馬家軍衝得七零八落，總指揮部能夠直接指揮的部隊僅有紅30軍尚成建製的近2000人，其餘紅軍部隊與總部失去聯係，隻得獨立作戰，但大多被馬家軍各個消滅，婦女獨立團在與總部失去聯係後，遭敵重兵包圍，大多壯烈犧牲！西路軍的處境更加危急了！傍晚，在前沿部隊打退馬家軍的最後一次進攻時，西路軍在石窩的山頭上召開了軍政委員會議。陳昌浩宣布了軍政委員會的決定：陳昌浩、徐向前回延安向中央彙報情況。徐向前認為，部隊都垮了，還回陝北幹啥！不如留下來穩定軍心。陳昌浩激動地說，這是軍政委員會的決定，你如果留下，目標太大。你不要再說了，個人服從組織。我們要回去和中央鬥爭去！徐向前不好再說什麼，隻得遷就了陳昌浩的意見。隨後，軍政委員會決定，將西路軍殘部分編成3個支隊就地遊擊。紅30軍餘部5個營及總指揮部直屬隊剩下的十幾名幹部共千餘人組成左支隊，由李先念、程世才、李天煥率領；紅9軍剩下的300多名步兵和100多名騎兵編成右支隊，由王樹聲、朱良才率領；傷病員及婦女、小孩千餘人，由紅5軍參謀長畢占雲率領。為便於統一領導，由李先念、李卓然、李特、曾傳六、王樹聲、程世才、黃超、熊國炳等成立了西路軍工作委員會，統一指揮部隊，李卓然任書記，李先念負責軍事領導。（徐向前《曆史的回顧》第550—551頁。）最後，參謀長李特強調：為縮小目標，減輕負擔，除留下一部電台和中央保持聯係外，其餘全部砸掉。把所有帶不走的武器全部砸毀，一支槍，一把刀也不能留給敵人！會後，左支隊和右支隊分別轉入祁連山區打遊擊。